Так как работы по адаптации двигателя воздушного охлаждения была проведена на Ju 88В, ожидаемые доработки были минимальными, и Технический департамент согласился с созданием истребитель, которому присвоили обозначение Ju 88С-1. Самолет был оснащен двигателями BMW 801 MA и получил две 20-мм пушки MG FF и два курсовых 7,9-мм пулемета MG 17. Так как двигатель BMW 801 в первую очередь требовался для Fw 190, ни одного экземпляра Ju 88С-1 так и не было закончено. Зато работы по J и 88 V7 позволили довести дело до войсковых испытаний, и РЛМ заказало переделку нескольких Ju 88А-1 в истребители Ju 88С-2.
Ju 88С-2 получил тот же состав вооружения, что и Ju 88 V7, но не имел остекления носовой части, за которой установили бронеперегородку толщиной I 1-мм, обеспечивающую защиту экипажа и крепление пушек. Задний бомбо-отсек был сохранен. В нем можно было подвесить десять 50-кг бомб. С двумя двигателями Jumo 211 В-1 самолет достигал скорости 470 км/ч на высоте 5500 м. Дальность полета с дополнительным баком на месте переднего бомбоотсека составляла 1800 км. Максимальный взлетный вес был I 1000 кг.
Однако возможности широкого использования Ju 88С-2 в качестве ночного истребителя не предусматривалось. Тому был ряд причин: в октябре 1940 г. государственный секретарь Мильх посетил бомбардировочную группу, вооруженную J и 88 А и составил о самолете довольно отрицательный доклад. В нем, в частности, говорилось: "Полет по приборам очень сложен, особенно на большой высоте, очень тяжело садиться ночью, самолет плохо летит на одном моторе, общее мнение летчиков группы: пилоты военного времени с трудом осваивают эту машину и несут больше потерь от врожденных пороков самолета, чем от противника…" В результате основным ночным истребителем был выбран Мессершмитт Bf 110, a Ju 88С в основном предназначался для действий в качестве перехватчика над морем, где требовалась его большая дальность полета, или в качестве блокиров-щика аэродромов противника в составе ночных истребительных групп.
В течение 1940 г выпуск истребителя составил только 3% от производства бомбардировщика. В качестве первой части для получения Ju 88С-2 была выбрана эскадрилья в составе KG 30, базировавшаяся в Тронхейме с Ju 88А-1 и Bf 110. Тем временем бомбардировочное командование британских ВВС преступило к стратегическим бомбардировкам, начавшимся в ночь на 16 мая налетом на Рур, что привело к срочному формированию ночной истребительной авиации. В ее число включили и группу ночных дальних истребителей -Fernnachtjagd. Эта часть - II/NJG 1 была сформирована в июле 1940, вобрав в себя в качестве основы истребительную эскадрилью 30-й эскадры. В сентябре 1940 г группа была переименована в I/ NJG 2 и имела две эскадрильи с Ju 88С-2. Вместе с истребителями Do 17Z-10 "Кауц"-П из 4./NJG 1 они приступили к действиям против баз бомбардировочного командования англичан. Большинство полетов проводилось с аэродрома Гильце-Рейн.
Довольно долгое время I/NJG 2 оставалась единственной частью с Ju 88С. До конца 1940 г на их основе были сформированы третья, а потом и четвертая эскадрильи. Впрочем, последняя была скорее учебной частью со смешанным составом из Ju 88С-2, Do 17Z-10 и Bf 1 ЮС, в которой проводилась отработка техники ночного перехвата, испытывались различные системы наведения и прицеливания. До конца года люфтваффе приняли только 62 Ju 88С-2 из 2184 Ju 88 всех типов, выпущенных в тот год. Это было совершенно неадекватно даже боевым и эксплуатационным потерям в I/NJG 2, которая имела под конец года только 24 самолета, из которых боеспособными были семь.
I/NJG 2 практически в одиночку проводила ночные рейды на английские аэродромы. Ее Ju 88С-2 действовали с аэродрома Гильце-Рейн волнами. Первая волна наводилась на цель по команде центра радиоперехвата. Сразу после того, как радисты британских бомбардировщиков включались для проведения предстартовой проверки аппаратуры, специально подготовленные радисты в Гильце-Рейн передавали сообщение на командный пост, который информировал первую волну. В случае удачи первая волна подходила к английским аэродромам как раз в момент взлета бомбардировщиков. В случае отсутствия информации радиоперехвата Ju 88С-2 действовали самостоятельно. Если британские бомбардировщики поднимались в воздух, стартовала вторая волна, которая должна была вести перехват над Северным морем. Наконец поднималась и третья волна, которая атаковала уже возвращающиеся самолеты, добавляя паники, сбрасывая осколочные бомбы на освещенные посадочные полосы.
Несмотря на то, что генерал-майор Йозеф Каммхубер - глава ночной истребительной авиации - настаивал на важности таких действий, никаких измепений в производстве истребителей Ju 88С в следующим году не произошло. Было выпущено только 66 самолетов. Тем не менее к 26 июля 1941 г I/NJG 2 имела 57 самолетов, включая несколько Do 17Z-10, из которых боеспособными были только 29. По мере совершенствования английской ПВО потери росли, а 12 октября 1941 г Гитлер приказал прекратить ночные рейды над Британию. Через два месяца I/NJG 2, перевооруженная на Ju 88С-4, была послана на Средиземное море, где она первоначально действовала из Катанья на Сицилии, а потом направила свои подразделения в Северную Африку.
