Внутри института также складывались непростые отношения. За время руководства Костикова сменилось 7 заместителей директора, по 4 начальника отдела кадров и ОРС. Неуверенность в собственной творческой значимости и компетентности заставила Костикова организовать "инициативное" письмо группы его подчиненных в ЦК ВКП(б) с заверениями, что именно он, а не Бисноват, фактически является главным конструктором самолета "302".
На все это накладывались до боли знакомые и нашим современникам проделки типа строительства дачи стоимостью 300 тысяч рублей, обещаний наградить орденом должностное лицо, способствовавшее оформлению этой постройки в личную собственность Костикова - термин "приватизация" в те годы еще не обрел широкого употребления.
Возможно, все это и сошло бы Костикову с рук, не вступи он в конфликт со своим "замполитом" -парторгом ЦК ВКП(б) Фокиным. Оскорбленный заявлением директора и главного конструктора о том, что ему "не нужен такой парторг", Фокин 11 ноября 1943 года направил курировавшему авиапромышленность члену ГКО Георгию Максимилиановичу Маленкову жалобу на Костикова с предложениями освободить его от должностей как директора, так и главного конструктора (как неспособного сработаться ни с каким директором).
Для наведения порядка Фокин предложил передать институт в какой-нибудь наркомат, несколько пугающим, на современной взгляд, уточнением , что - "более подходящим будет НКВД", а также порекомендовал изъять из института создание ракетного самолета в целом, оставив только разработку ЖРД.
Высшие органы отреагировали на "сигнал" парторга ЦК. В попытке оправдания Костиков направил Вячеславу Михайловичу Молотову свои соображения по возможным путям исправления положения, коррекции технического курса института.
В них содержалось немало разумного - например, при сравнении жидкостных ракетных, воздушно-реактивных моторокомпрессорных и турбореактивных двигателей отмечалась наибольшая перспективность применения в авиации ТРД. Для обеспечения ускоренного развития реактивной техники предлагалось создание специального комитета во главе с достаточно полномочным руководителем - членом Государственного комитета обороны. Для эффективного использования перехватчиков с прожорливыми ЖРД предлагалось заблаговременно доставлять их на высоту боевого применения на подвеске под "авианосцами" (самолетами-носителями). Как известно, в дальнейшем эта идея была реализована применительно к экспериментальным самолетам с ЖРД.
Однако, все эти предложения уже не могли заинтересовать высшее руководство и 18 февраля 1944 года последовало Постановление ГКО №5201, по которому ГИРТ был преобразован в Научно-исследовательский институт реактивной авиации (НИИРА) и передан в систему Наркомата авиационной промышленности. Костиков лишался всех занимаемых должностей, во главе института ставился Владимир Исаакович Поликовский, а его заместителем по научной части назначался Генрих Наумович Абрамович.
Для рассмотрения состояния дел в бывшем ГИРТ была создана комиссия во главе с заместителем Наркома авиапромышленности А.С. Яковлевым, включавшая наряду с представителями промышленности также заведующего отделом ЦК ВКП(б), члена военного совета гвардейских минометных частей Льва Михайловича Гайдукова - инженера по образованию, человека, достаточно компетентного как в организационных, так и в технических вопросах.
Спустя неделю комиссия пришла к выводу о том, что бывший ГИРТ "находится на недопустимо низком уровне… в части научно-исследовательской и конструкторской работы". Были оформлены разгромные заключения по состоянию дел по основным направлениям работы института. Для самого Костикова, согласно написанному Ярославом Головановым жизнеописанию "Королев", дело закончилось привлечением к суду с вынесением сравнительно мягкого приговора.
После приобщения к наркомату авиапромышленности институт в соответствии с новым наименованием быстро переориентировался на решение задач создания реактивной авиации. В состав института в качестве филиала № 1 ввели авиационный завод №293, а Болховитинов был назначен первым заместителем начальника института приказом наркома авиапромышленности № 364 от 29 мая 1944г, по которому во главе института был поставлен Петр Иванович Федоров. Поликовского, объявив благодарность, послали руководить ЦИАМ.
Основные задачи института, получившего литерно-цифровое обозначение НИИ-1, были определены Постановлением ГКО № 5946 от 22 мая 1944 о разработке реактивных самолетов и двигателей. Этим документом предусматривалось создание модификаций Як-9, Ла-5 и Су-6 с ускорительным ЖРД РД-1, постройка "чисто ракетных" самолетов в ОКБ Яковлева и Поликарпова, экспериментального самолета Лавочкина с ТРД, а также истребителей с воздушно-реактивными моторокомпрессор-ными двигателями в ОКБ Микояна и
Сухого. В НИИ-1 в обеспечение этой программы велась работа по жидкостным ракетным двигателям Исаева и Душкина. На более дальнюю перспективу была ориентирована разработка турбореактивного двигателя А. Люльки.
На фоне всего этого собственно ракетная тематика начала отодвигаться на второй план - к концу года разработчики реактивных снарядов переместились в филиал №2 во Владыкино на бывшую территорию КБ В.М. Мясищева.
