Между тем, еще в 1938 в НИИ-3 были выполнены собственные проектные проработки по ракетному перехватчику. Костиков обратился в правительство с соответствующими предложениями. После встречи Костикова с высшим руководством страны Постановлением ГКО (Государственного комитета обороны) №2105 от 26 июля 1942г ему поручили создание перехватчика, получившего наименование "302". По сравнению с БИ предусматривалось существенное увеличение продолжительности полета за счет применения комбинированной двигательной установки из двух подкрыльевых прямоточных воздушно-реактивных двигателей (ПВРД) и жидкостного ракетного двигателя в фюзеляже. Для выполнения задания НИИ-3 Постановлением ГКО № 2046 от 15 июля 1942г преобразовали в Государственный институт реактивной техники (ГИРТ), выведя его из наркомата боеприпасов (НКБ) в непосредственное подчинение Совету народных комиссаров (СНК). Костикова назначили начальником ГИРТ, в состав которого включили авиационные заводы № 55 и №462. Разработка собственно самолета велась Матусом Рувимовичем Бисноватом.
На этом период удач для Костикова закончился. Из-за отсутствия двигателей разработка самолета "302" затянулась и грозила полным срывом.
Несмотря на то, что в середине января 1943 руководителям авиапромышленности был представлен макет самолета с комбинированной двигательной установкой, в постройку пришлось запустить два экземпляра самолета, оснащенных только ЖРД. в однокамерном исполнении. Начиная с 4 октября 1943 года первый экземпляр самолета осуществил несколько десятков безмоторных полетов, поднимаясь в воздух на буксире за бомбардировщиком СБ. Эти полеты позволили выявить автоколебания руля направления, который и доработали с введением сервокомпенсатора. Уже на этой стадии стало ясно, что при отсутствии ПВРД, исходя из уточненных расходных и тяговых показателей жидкостного ракетного двигателя, продолжительность полета на высоте 8 км со скоростью 800 км/час составит всего одну минуту вместо заданных в Постановлении ГКО двадцати.
Второй экземпляр самолета фактически дублировал первый, но его удалось довести только до стадии окраски. Разработка ПВРД не поспевала и к постройке третьей и четвертой машин, которые планировали оснастить более экономичным двухкамерным ЖРД для увеличения продолжительности полета на заданной высоте до 3,5 мин, хотя и этого явно не хватало для полноценного боевого самолета. Третья машина к началу 1944 года находилась на стадии сборки фюзеляжа и центроплана, а четвертая даже не запускалась в производство.
Ключом к обеспечению заданных характеристик было создание работоспособного ПВРД. Хотя работы по ПВРД велись с 1938 года, не было создано ни одного, пусть даже экспериментального образца двигателя. Результат был вполне закономерным, так как Костиков выделил на решение этой принципиально новой задачи всего 7 человек, включая только двух инженеров!
Ситуация с разработкой ЖРД тоже не радовала. В 1941 году двигатель для БИ с тягой 1100 кг в "сыром" состоянии был передан в КБ Болховитинова, где его доводкой пришлось заняться Исаеву, постепенно превратившемуся из самолетчика в выдающегося конструктора - двигателиста. Предназначенный для самолета "302" двигатель Душкина на стендовых испытаниях развивал тягу примерно вдвое меньшую требуемых 1400кг.
После принятия на вооружение М-8 и М-13 ГИРТ постепенно утратил ведущую роль и в области создания реактивных снарядов для систем залпового огня. Созданный ГИРТ снаряд М-20 из-за большого удлинения боевой части не обеспечивал должного фугасного действия, а пришедший ему на смену более удачный М-30 был разработан группой офицеров Главного управления вооружения Гвардейских минометных частей (ГУВ ГМЧ) без участия института.
Позднее ГИРТ совместно с ГУ В ГМЧ принял участие в создании оснащенного более мощным ракетным двигателем снаряда М-31, но важнейшие работы по улучшению кучности М-13 и М-31 за счет про ворота в полете осуществлялись уже без привлечения ГИРТ, все тем же ГУВ ГМЧ в содружестве с ЦАГИ, где работы велись под общим руководством Сергея Алексеевича Христиано-вича.
Помимо абсолютизации ранее полученных результатов, одной из причин недостаточной результативности работ было распыление сил института по крайне обширной тематике. В отделе реактивных снарядов в ГИРТ под руководством Рувима Евелича Соркина силами 60 человек одновременно велись работы по 33 объектам, включая ракетные двигатели для бетонобойных бомб, установки для глубинных бомб, стартовые ускорители для самолетов и аэросаней.
Общим недостатком работ был сугубо эмпирический подход, практическое отсутствие теоретических исследований. В институте работало только 8 кандидатов наук, да и имевшиеся научные кадры не использовались должным образом. Крупнейший специалист в области пороховых ракет, Юрий Алексеевич Победоносцев был практически отстранен от работ, а Михаил Клавдие-вич Тихонравов - загружен тривиальными аэродинамическими расчетами по перспективным ракетным самолетам.
Кроме того, Костиков, оказавшись в прямом подчинении Совнаркому, повел себя непривычно - если не сказать неприлично - независимо, испортив отношения как с руководством Наркомата авиапромышленности, так и с командованием ГМЧ. При этом контакты его подчиненных со смежными организациями им не поощрялись и крайне затруднялись введенной Костиковым практикой заказа пропусков в ГИРТ только с его личного разрешения. Эта практика привела к скандальному случаю -председателя госконтроля СССР Гущина пропустили на территорию только после телефонного звонка Костикову управляющего делами Совнаркома Я.Е. Чадаева.