По требованию вооруженцев из Райт-Филда пришлось удлинить бомбовые отсеки, в результате длина самолета увеличилась на 1,5 м, теперь В-29 мог принимать большее количество бомб, и в различных комбинациях. Одновременно были увеличены размеры кабины кормового стрелка.
Для сохранения приемлемой центровки самолета при сбрасывании авиабомб из двух бомбовых отсеков, расположенных впереди и позади центроплана крыла, была разработана методика загрузки бомбардировщика бомбами, и механизмы системы сбрасывания бомб в полете.
Конструкторам удалось разработать достаточно легкое и прочное крыло двухлонжеронной кессонной конструкции, внутри которого располагались мягкие топливные баки. Фюзеляж полумо-нококовой конструкции имел одну технологическую особенность: его обшивка приклепывалась только к стрингерам. Подобная конструкция позволила сократить трудоемкость изготовления В-29 на несколько тысяч человеко-часов.
Большая часть успеха будущего В-29 приходилась на долю моторостроителей фирмы Райт, создавших на то время один из самых мощных двигателей в мире. На В-29 устанавливались 8 турбокомпрессоров, по два на каждый двигатель. Два турбокомпрессора на одном двигателе были вынужденной мерой: в то время не имелось ни одного турбокомпрессора, способного дать этому двигателю необходимое количество воздуха.
Было введено автоматическое управление турбокомпрессорами: в системе предусмотрена возможность выключения одного турбокомпрессора на крейсерском режиме полета на определенных высотах.
А как спроектировать приводные турели с пулеметами, из которых может стрелять человек, находящийся в герметическом отсеке? - вот та проблема, с которой столкнулись инженеры фирмы Боинг при создании системы оборонительного вооружения "Сверхкрепости". К декабрю 1941 года был накоплен большой опыт по пулеметным установкам, управляемым вручную, при этом пулеметы могли перемещаться как по вертикали, так и по горизонтали, обеспечивая наибольшую возможную площадь обстрела. Опыт войны в Европе показал, что турели с многопулеметными установками являются более предпочтительными. Анализ различных схем установок и систем управления огнем привел создателей В-29 к мысли, что наиболее предпочтительным вариантом будет наружная установка пулеметных турелей с дистанционным управлением стрелком, находящимся в герметичной кабине. Кроме того, в систему управления огнем необходимо было ввести вычислитель, который бы помогал наводить пулеметы на цель с достаточной точностью. USAAC в лице Авиационной эксплуатационно-технической службы предлагали для установки перископический прицел Сперри, который исключал применение блистеров, и тем самым улучшал аэродинамику самолета; но подобный прицел имел существенный недостаток - он не обеспечивал достаточного поля обзора. В декабре 1941 года военные потребовали ставить на В-29 турели с местным управлением каждой турелью. Это был удар по аэродинамике самолета. С этим Боинг не мог согласиться. В конце концов пришли к следующему решению: стрелковое вооружение будет дистанционно-электроуправ-ляемое, управление - осуществляться с постов в блистерах. От перископических прицелов отказались.
Разработка системы стрелкового вооружения проводилась фирмой Дженерал Электрик, фирмой Боинг и Авиационной Технической службой USAAC. В основу стрелкового вооружения В-29 был положен принцип - получить максимальный эффект при располагаемом числе бортовых стволов. Это достигнуто при помощи нескольких турелей, управляемых с различных стрелковых постов (станций). Подобная система допускала управление любым стрелком (за исключением хвостового) больше, чем одной турелью из всех пяти турелей "сверхк-репости" в одно и то же время. Каждый стрелковый пост имел основное управление определенными турелями, а другими турелями управляли при помощи дополнительного управления. Стрелок с основным управлением турели первым приводил ее в действие, но он мог передать ее управление другим стрелкам при помощи дополнительного управления. Таким образом, на В-29 была возможность передавать цель (вражеский истребитель) из зоны видимости одного стрелка к другому, причем каждый раз концентрировать на противнике максимум стволов. Подобная система давала возможность сохранения боеспособности при поражении одного или несколь-ких постов.
Централизованная система стрелкового вооружения допускала различные комбинации управления турелями, например: верхняя и нижняя передние турели; верхняя и нижняя задняя турели, и т. д.
Концентрируя более точный огонь на большом расстоянии, вне зоны действия огня существовавших в то время истребителей, система стрелкового вооружения давала возможность В-29 летать без сопровождения истребителей.
Мозгом стрелковой системы являлся небольшой черный ящик - вычислитель, который обеспечивал встречу пули с вражеским самолетом. Вычислитель выполнял все операции по введению поправок стрельбы на внешние факторы, за исключением дальности до цели, которую в систему вводил сам стрелок при помощи нитей сетки оптического прицела.
Подобная система позволила уменьшить размеры турелей и улучшить условия работы стрелков, за исключением хвостового стрелка, который управлял двумя пулеметами калибра 12,7 мм и 20 мм пушкой с приводной турелью. Все прицельные станции для стрелков располагались вместе с прицелами у блистеров на фюзеляже.