Инженеры фирмы стремились закончить проектирование таким образом, чтобы можно было с максимальной скоростью запустить откорректированный проект самолета в массовое производство. Требовалось провести сотни изменений по результатам летных испытаний: переставить горловины бензобаков; добавить перегородки и усилить вентиляцию по передней кромке крыла; изменить дренаж и вентиляцию в мотогондолах; ввести противопожарное уплотнение нервюр и переднего лонжерона; улучшить охлаждение обтекателя выхлопного патрубка; обеспечить защиту от пожара и вентиляцию электрооборудования; изолировать отсеки бензобаков; ввести запорный кран в систему вентиляции пилотской кабины; уменьшить лобовое сопротивление мотогондол посредством снижения гидравлических потерь охлаждающих потоков внутри двигателя и уменьшения угла открытия створок; установить модернизированные двигатели. Большая часть изменений, процентов на 90, касалась смежников или напрямую, или косвенно, поэтому все надо было делать корректно, но с необходимой настойчивостью.
После катастрофы, чувствуя опасность программе В-29, генерал Арнольд возложил на одного из своих способнейших сотрудников - бригадного генерала Кеннета Б. Вульфа, начальника производственного отдела Управления материальной части (теперь Управление воздушно-технического снабжения - Райт-Филд, Дейтон, Огайо) - руководство производством бомбардировщика В-29 "Суперфортресс".
Со свойственной ему энергией и прямотой Вульф издает приказ о том, что впредь летные испытания В-29 будут производиться силами USAAF. Одновременно в июне 1943 года он становится командиром 58-го BW (бомбардировочное крыло), которое затем вошло в XX ВС (бомбардировочное командование). Задача 58 BW - готовить В-29 к боевой работе, обучать летный и технический состав. Так, производство В-29 разворачивалось, и было ясно, что вышедшие с серийных заводов самолеты придется дорабатывать, прежде чем они попадут в руки военных. Их необходимо модифицировать, первоначально - на заводах фирмы Бэлл и в Уичито, на Боинге. Прорабатывался вопрос о создании специальных модификационных центров В-29, подобный опыт уже имелся по В-17.
Первый экземпляр предсерийного самолета YB-29.
Для организации летных испытаний В-29 Вульф привлек отдел ускоренных боевых испытаний в Райт-Филде. Это была небольшая организация летчиков-испытателей и инженеров, обеспечивавшая летные испытания в Райт-Филде. Для выполнения летных испытаний Вульф назначил летчиков-испытателей полковника Леонарда Хармана и подполковника Абрама Олсона.
В июне 1943 года в Сиэтле летчики-испытатели USAAF подняли в первый полет третий опытный ХВ-29 (серийный номер 41-18335). На нем предстояло выполнить основной объем испытаний, который не успел выполнить экипаж Эдди Аллена. Первый опытный ХВ-29 в дальнейшем использовался для испытаний и доводок оборудования и самолетных систем. Он получил даже собственное имя, которое гордо красовалось в носовой части фюзеляжа: "The Flying Guinea Pig" ("летающая морская свинка").
На третьем ХВ-29 были установлены улучшенные двигатели, и это почувствовалось уже в первых полетах Через 21 день экипаж перегнал ХВ-29 на базу в Уичито, выбранную генералом Вуль-фом для проведения летных испытаний. Эмоциональный полковник Харман телеграфировал той же ночью генералу Вульфу, что В-29 - наилучший самолет, на котором ему приходилось летать.
Тем временем в Уичито, на заводе Боинг, полным ходом шла постройка 14 предсерийных YB-29, предназначенных для испытаний и обучения персонала USAAF (конкретно, 58 WB). Серия YB-29 оснащалась улучшенными двигателями R-3350-21, и имела полный комплект оборонительного вооружения. Первый YB (серийный номер 41-36954) был готов 15 апреля 1943 года. В июле месяце самолет, пилотируемый экипажем во главе с летчиком-испытателем Олсоном, совершил первый полет. Этот полет заставил многих на земле поволноваться. Из двигателя YB-29 повалил черный дым, Олсон тут же посадил машину на аэродром; оказалось, ничего страшного: ослабла прокладка: дефект сборки. Этот урок был унесен тысячами работников Уичито на свои рабочие места.
Программа летных испытаний в Уичито предусматривала сотрудничество фирмы Боинг с USAAF в области летных испытаний, необходимых для оценки скорости, дальности полета и охлаждения двигателей; обслуживания самолета аэродромными командами фирмы; обучение персонала фирмы летчиками USAAF, позволявшего Боингу создать свой летно-испытательный штат для полета на новых В-29, сходящих с конвейера завода в Уичито.
В августе - сентябре 1943 года, благодаря такту, уму и инженерному опыту инженера фирмы Боинг Н. Шувалтеру, занимавшегося летными испытаниями в Уичито, было продемонстрировано духовное возрождение Боинга после февральской катастрофы. Работая в тесном контакте с людьми из Райт-Филда, Шува-лтер и его коллеги получили большое количество точных и ценных данных о поведении В-29. Так как на В-29, выполняя программу летных испытаний, работала смешанная команда, - USAAF - Боинг, Вульф снова поручил фирме Боинг проведение большинства летных испытаний.
Самая большая взлетно-посадочная полоса в Уичито не позволяла проводить испытания при максимальных взлетных массах, и полковник Олсон перегоняет четыре В-29, участвующих в испытаниях, на базу USAAF в Сэл и не, штат Канзас. В числе этих машин были 10, 15-й и 16-й самолеты YB-29, В-29 первой серии, построенные в Уичито, и третий ХВ-29, получивший условный номер "963".