Радиолокационная прицельная подсистема включала в себя поисковую доплеровскую РЛС фирмы Рейтеон в носовой части фюзеляжа, которая могла использоваться и для коррекции текущих координат самолёта. Обеспечивались девять режимов бомбометания, основным из которых являлся режим с использованием заранее заданной вынесенной точки прицеливания. Имелась на борту и аппаратура радионавигационной системы TACAN.
В состав связного оборудования фирмы Магнавокс входили коротковолновая радиостанция AN/ARC-58, две командные УКВ-радиостанции, аварийная радиостанция, а также запросчик и ответчик системы «Свой-чужой».
Оборонительный комплекс средств РЭБ составляли: станция AN/ALR 12 для предупреждения о радиолокационном облучении с четырьмя антеннами, обеспечивавшими круговой обзор, автоматически управлявшая выбросом дипольных отражателей, 10 пакетов которых располагались в верхних крыльевых обтекателях ниш основных стоек шасси; станция разведки и постановки помех; аппаратура противодействия ракетам с тепловыми системами наведения.
В-58А борт 59-2458, на котором был выигран Кубок Бендикса. В 1984 г. самолёт был тщательнейшим образом восстановлен и стал экспонатом Музее ВВС США (авиабаза Райт-Пэттерсон, г. Дэйтон, штат Огайо)
Активная защита В-58А от нападения спереди не рассматривалась в принципе, было решено ограничиться оборонительным вооружением в задней полусфере. В 1953–1954 гг. изучалось использование УР А-3 «Насти» с обратным стартом и поворотом на угол до 90° после пуска. Эта ракета исследовалась фирмой Норт Америкен в рамках проекта бомбардировщика МХ-1601. После отмены программы МХ-1601 было решено ограничиться на В-58А кормовой артиллерийской установкой (на ТВ-58А она не использовалась). Вначале предпочтение отдавалось пушке калибра 30 мм, затем для уменьшения массы и занимаемого объема выбрали 20-мм пушку Дженерал Электрик М61 «Вулкан» (установка Т-171ЕЗ), турель и систему управления огнём MD-7 для которой разработала фирма Эмерсон. Пушка устанавливалась в «жале» — обтекателе в хвостовой оконечности фюзеляжа, а управляющая РЛС — у основания киля. Турельная установка (полная масса 840 кг с боекомплектом 1200 снарядов) имела дистанционное управление и обеспечивала зону обстрела с углом конусности 60° и поражение целей на дальности до 1400 м. Это была первая система, обеспечивающая стрельбу назад при сверхзвуковой скорости носителя, то есть в условиях, когда выпущенный снаряд движется в обратном направлении относительно окружающего воздуха, поскольку начальная скорость снаряда меньше скорости самолёта.
Наступательное вооружение «Хаслера» размещалось на внешней подвеске, в большом обтекаемом контейнере. Самолёт изначально предназначался для доставки ядерного оружия с большой высоты и не имел внутреннего отсека вооружения. Эволюция программы привела к тому, что в конце 1953 г. предполагалось использование боевых подвесных систем двух типов: так называемых баков-контейнеров МА-1 и МВ-1, каждый из которых содержал одновременно ядерную БЧ и топливо для самолёта-носителя. В конфигурации разведчика самолёт вместо боевых МА-1 и МВ-2 должен был нести баки-контейнеры МС-1 и MD-1 с разведывательной аппаратурой. Однако намеченные планы не были полностью реализованы ни в отношении разведывательных контейнеров, ни в отношении боевых подвесок.
Наиболее сложным в техническом отношении оказался «управляемый бомбовый контейнер» МА-1С, представлявший собой крылатую ракету схемы «утка» массой 12295 кг с расчётной дальностью пуска около 260 км и высотой полёта после пуска до 32900 м. Она была снабжена ЖРД Белл LR81-BA-1 (6800 кгс), инерциальной системой наведения, складывающимся нижним и выдвижным верхним вертикальным оперением и передним горизонтальным оперением. Ракета несла ядерную боеголовку, а также запас топлива для двигателей самолёта-носителя. После пуска на высоте от 10700 до 18300 м она должна была резко набирать высоту под углом 20°, затем планировать с углом наклона траектории 7°, а на финальном участке пути пикировать на цель под углом 70°. Работы по МА-1С начались в 1953 г., но в мае 1957 г. были прекращены (после израсходования $66 000 000), главным образом из-за существенного уменьшения скорости (до дозвуковой) и дальности В-58 с подвешенной ракетой. Проекты модернизированных самолётов В-58В и В-58С, которые должны были сочетать ракетное оружие с высокой дальностью, также не получили поддержки.
Единственная серьезная попытка использовать на В-58 баллистическую УР была связана с проектом создания на его основе первого противоспутникового комплекса — то есть с задачей, не требовавшей большой дальности полёта. Этот проект явился следствием запуска в СССР в 1957 г. первого искусственного спутника Земли. Потенциальное военное значение спутников было очевидно. Уже в 1958–1959 гг. в США по программе «Хай Вирго» прорабатывался противоспутниковый комплекс, включающий носитель В-58 и баллистическую ракету фирмы Локхид. Выполнили четыре экспериментальных пуска противоспутниковых ракет, из которых два оказались полностью неудачными. Дальнейшие работы по этой тематике продолжались до 1980-х годов.