В конце декабря 2019 года в китайском городе Ухане, 15-миллионной столице провинции Хубей, разразилась эпидемия атипичной пневмонии.
Как быстро стало ясно, речь шла о коронавирусе, или, точнее, бета-коронавирусе. А если еще точнее — о сарбековирусе, бета-коронавирусе, вызывающем SARS-подобное заболевание*.
Два бета-коронавируса, хорошо известные людям, это OC43 и HKU1. Они вызывают (в числе прочих) обычную простуду. Также бета-коронавирусами являются SARS-CoV и MERS-CoV, они перескочили на человека недавно, в 2002 и 2012 году соответственно.
30 декабря образцы нового вируса получил Уханьский институт вирусологии (УИВ). По счастливому совпадению, эти образцы попали в правильное место: Уханьский институт — крупнейший в Китае центр по изучению коронавирусов, а его база данных коронавирусов — крупнейшая в мире. В тот самый день, когда институт получил образец нового вируса, эта электронная база данных вдруг была переименована, а потом (или практически тут же) удалена из доступа. При попытке ее скачать обнаруживается пустой файл.
УИВ обладает первоклассным оборудованием, которое позволяет расшифровать геном коронавируса максимум за два дня. Однако институт не спешил. Геном нового вируса был опубликован лишь 10 января, и не Уханьским институтом, а Шанхайским общественным медицинским клиническим центром.
Через день после этой публикации, 12 января, Шанхайский центр был закрыт, а Уханьский тоже объявил о расшифровке генома вируса и официально передал его во Всемирную организацию здравоохранения (ВОЗ).
Вирусологи обычно называют новые вирусы по месту происхождения. Так появились «вирус Зика», «лихорадка Западного Нила», «марбургский вирус», «вирус Эбола» и т.д. По аналогии легко было себе представить, что новый вирус будет называться уханьским. Однако ВОЗ в середине февраля 2020 года назвала вирус иначе. Она назвала его SARS-CoV2 — сложным именем, которое предполагало его родство с предыдущим SARS-CoV1, а сама болезнь получила название COVID-19. Названия «уханьский вирус» и тем более «кунг-флю», вызвавшие недовольство компартии Китая, очень быстро были объявлены расистскими и выведены из употребления.
Некоторое время ими еще пользовался президент Трамп, а потом все стали говорить «ковид», а в России — еще и «корона».
С самого начала Китай, ВОЗ и крупнейшие вирусологи мира объявили, что эпидемия имеет естественное происхождение. В их объяснениях речь шла о вирусе, носителями которого были летучие мыши. Потом он перешел на какое-то животное (им называли панголина), а с этого животного — на человека. Это случилось на мокром рынке** в китайском городе Ухане. Китайцы — они ведь вечно едят бог знает что…
Китайский мокрый рынок. Фото: In Pictures Ltd. / Corbis / Getty Images
Это было вполне правдоподобное объяснение. Именно так, например, перешел на людей в 2002-м уже упомянутый SARS-СоV, и это тоже произошло в Китае. Тогда вирус с летучих мышей перескочил на циветт, циветту продали на мокром рынке, и понеслось.
Санитарный врач на ферме по выращиванию циветт в Китае. Фото: China Photos / Getty Images
То же самое произошло с другим коронавирусом, MERS, в 2012-м в Саудовской Аравии, только MERS перешел с летучих мышей на верблюдов.
Но ни MERS, ни SARS не привели к глобальной эпидемии — они плохо передаются от человека к человеку. Так, спайк-белок SARS1 связывается с человеческим рецептором ACE2 в 10–20 раз хуже, чем это делает «ковидный» SARS2.
Смертность от обоих вирусов очень высока. У MERS она достигает 30%, у ARS — около 10%, причем те, кому за 60, страдают гораздо серьезней.
Среди этой категории населения смертность — 50%. Против MERS начали делать вакцину, потому что Саудовская Аравия — страна богатая, против SARS прививки не делали, потому что вирус исчез: как уже говорилось, он не был оптимизирован под связь с человеческими рецепторами.
SARS-CoV1 и наш SARS-CoV2, который вызывает ковид, идентичны на 80%, что для вируса не очень много (они быстро эволюционируют), но ученые быстро нашли куда более близкого родственника SARS2. 3 февраля 2020 д-р Ши Чжэнли из Уханьского института вирусологии и ее коллеги опубликовали в Nature статью, в которой говорилось, что в морозильниках института обнаружился вирус, который на 96,2% совпадал с вирусом SARS-CoV-2.
Этот вирус д-р Ши и ее коллеги добыли в полутора тысячах километрах от Уханя, в пещерах в провинции Юньнань, в 2013 году. Это был вирус летучих мышей-подковоносов Rhinolophus Affinis.
Летучая мышь-подковонос. Фото: De Agostini / Getty Images/ De Agostini / Getty Images
Пещера называлась Тун Гуан, и вирус назвали RaTG13. Геном RaTG13 и SARS2 различаются на 3,8%, и это довольно большая разница. В естественном мире это означало бы, что оба вируса имели последнего общего предка 20–50 лет назад.
Вирусолог д-р Петер Дашек объяснил известному научному журналисту Дональду МакНилу, что нет ничего странного в том, что Уханьский институт так быстро нашел RaTG13. В его морозильниках хранились сотни вирусов, многие из них — включая RaTG13 — даже не были полностью секвенированы. Вместо этого у них был секвенирован только один ген, RdRP, который редко меняется и служит в генных банках чем-то вроде закладки. После начала эпидемии ученые начали искать по сусекам, увидели, что RdRP RaTG13 похож на SARS-CoV-2, разморозили его и секвенировали до конца.
