В системе стыковки и внутреннего перехода приводы стыковочного механизма и герметизации стыка заменены на приводы с дублированными электродвигателями, что позволило повысить надежность выполнения режимов стягивания и герметизации стыка.
Вместо существующей аппаратуры сближения и стыковки "Курс-А" на корабле "Прогресс МС" применена система "Курс-НА" на современной элементной базе отечественного производства. Она обладает улучшенными массогабаритными характеристиками и позволяет исключить из состава оборудования корабля одну из трех радиоантенн.
Также в состав бортовой аппаратуры внесены изменения, связанные со снятием с производства аналогового оборудования. Аналоговый блок управления перемещениями и ориентацией из состава аппаратуры резервного ручного управления причаливанием и стыковкой заменен на современный цифровой.
В контур управления движением и навигации введена система спутниковой навигации (определяет параметры движения корабля на борту по сигналам от спутников ГЛОНАСС и GPS), а также исключена устаревшая аппаратура радиоконтроля орбиты. Установлен модернизированный блок датчиков угловых скоростей, а также современная светодиодная фара. Доработки позволили улучшить определение координат и скорости на орбите без привлечения дополнительных наземных средств.
Вместо аналоговой телевизионной системы "Клест-М" использована цифровая, которая позволяет поддерживать связь между кораблем и станцией посредством межбортовой радиолинии. Современный цифровой передатчик кодирует видеоизображения в формате MPEG-2. Доработка направлена на снижение влияния помех на качество принимаемого изображения.
Бортовая радиотехническая система "Квант-В" с антенно-фидерными устройствами заменена на новую единую командно-телеметрическую систему с дополнительным телеметрическим каналом, работающую в S-диапазоне, с возможностью использования спутникового канала связи, который обеспечивает передачу команд управления и массивов цифровой информации на борт корабля без привязки к зонам связи наземных пунктов.
Дистанционное управление при декабрьском запуске "Прогресса МС" впервые велось через спутники-ретрансляторы системы "Луч", которая позволяет проводить сеансы приема-передачи информации на участках полета корабля вне зон радиовидимости российских наземных средств управления.
"С транспортным грузовым кораблем связь через спутник была установлена впервые в истории, — сообщил заместитель руководителя научно-технического центра РКК "Энергия" Игорь Бродский. — До этого момента ни с пилотируемыми "Союзами", ни с грузовыми "Прогрессами" такого опыта у нас не было. Мы задействовали спутник на первом витке полета. Примерно через 10 минут после отделения от третьей ступени ракеты-носителя корабль выполнил разворот для построения ориентации на "Луч-5Б", находящийся на геостационарной орбите в точке 16° западной долготы".
Старт ракеты-носителя "Союз-2.1а" с новым грузовым кораблем "Прогресс МС". Байконур, 21 декабря 2015 г.
"Прогресс МС" сближается со стыковочным модулем "Пирс" Международной космической станции, 23 декабря 2015 г. Снимок сделан с борта МКС
Система состоит из трех геостационарных космических аппаратов серии "Луч-5" и трех наземных пунктов ретрансляции — в Королеве, Железногорске и Углегорске. Оператор системы — компания "Спутниковая система "Гонец".
Уже сейчас новая командная радиолиния значительно увеличивает зоны радиовидимости кораблей — до 70% от длительности витка, что при задействовании всех трех спутников "Луч-5" обеспечивает покрытие до 83% суточного полета.
Игорь Бродский отметил, что несмотря на подключение ретрансляторов, для передачи команд на борт и приема телеметрии по-прежнему используется наземный контур управления. Также в бортовой вычислительный комплекс заложена программа, предусматривающая автоматическую выдачу команд на подъем орбиты для организации автономного полета корабля в течение 12 суток в случае отсутствия связи с Землей.
У "грузовика" появился дополнительный внешний отсек для установки четырех пусковых контейнеров, с помощью которых могут быть выведены на орбиту до 24 спутников стандарта CubeSat. Запуски корабля серии "Прогресс МС" будут осуществляться с помощью ракет-носителей "Союз-У" или "Союз-2.1а".
Следует отметить, что это был первый полёт "грузовика" на "Союзе-2.1а" после прошлогодней весенней аварии, когда 28 апреля 2015 г. не вышел на расчетную орбиту "Прогресс М-27М". Из-за резонансных явлений, возникших при выключении двигателя третьей ступени ракеты- носителя, имела место разгерметизация топливных баков ступени и механическое воздействие на корабль, который получил серьезные повреждения, не позволившие продолжить штатную работу. Оставшись на промежуточной орбите, "Прогресс М-27М" десять суток совершал неуправляемый полет и 8 мая сгорел в плотных слоях атмосферы.
По результатам расследования инцидента третью ступень носителя доработали, но два последующих грузовых корабля ("Прогресс М-28М" и "Прогресс М-19М") выводили на орбиту с помощью "старых" ракет "Союз-У".
Необходимость доработки ракеты-носителя, а также дополнительных проверок матчасти привели к переносу даты запуска первого корабля "Прогресс МС" с первоначально планировавшегося 21 ноября на 21 декабря 2015 г. Пуск прошел успешно, корабль вышел на низкую опорную орбиту с близкими к расчетным параметрами. Сближение с МКС производилось по классической двухсуточной схеме. Отказ от "быстрой" шестичасовой схемы в этот раз был связан с необходимостью отработки в автономном полете комплекса новых бортовых систем корабля.