Великую Отечественную войну Бондарец встретил в Севастополе. Затем воевал в Донбассе. В мае 1942 года под Харьковом, командуя 302-м отдельным противотанковым дивизионом, капитан Бондарец, будучи раненным, попал в окружение и в плен. Бондарец был в гитлеровских лагерях в Проскурове, Владимир-Волынске, Нюрнберге, Вольгасте, Лодзи, Моосбурге. В июне 1944 года Бондарец, как политзаключенный, подозреваемый вместе с другими советскими офицерами в организации Братского сотрудничества военнопленных, был брошен гитлеровцами в концлагерь Дахау. Весной 1945 года после освобождения из плена Бондарец прибыл на Родину, в N-скую стрелковую дивизию, откуда в конце 1945 года был демобилизован по болезни в прежнем звании лейтенанта, так как документы о присвоении ему следующих званий погибли в окружении.
После демобилизации Бондарец вернулся на учебу в Харьковский инженерно-строительный институт. В 1948 году у него был обнаружен туберкулез легких. Учебу пришлось оставить. Поселившись в Донбассе, он работал в Сталинском товариществе художников. В 1950 году уехал лечиться в санаторий на Карпаты и остался там жить, работая в Станиславском товариществе художников.
В. Бондарец был принят в Союз советских художников.
В феврале 1955 года Бондарец переехал в Ялту. Работал архитектором в проектной мастерской «Гипроград». Летом 1956 года оставил работу по болезни. Будучи инвалидом 1-й группы, Владимир Бондарец написал документальную повесть «Военнопленные» (Записки капитана).
Болезнь, полученная В. Бондарцом в гитлеровских концлагерях, прогрессировала и довела его до постели, с которой он уже не вставал. В июне 1959 года В. И. Бондарец умер, не закончив своей второй документальной повести.
