С началом войны часть преподавателей ушла на фронт, а кафедра вместе с академией была эвакуирована из Москвы в Ташкент, что не могло не вызвать на некоторое время спад научной активности.
Вместе с тем, наряду с решением главной задачи – подготовки кадров для танковых и механизированных войск Действующей армии – личный состав кафедры совместно с другими коллективами академии вел большую военно-хозяйственную работу. В частности, в содружестве с кафедрами горючесмазочных материалов и автомобилей была решена научно-практическая задача оборонного значения по возможности использования ферганской нефти и нефтепродуктов для армии и страны. Была определена целесообразность разработки ферганского месторождения нефти и возможность применения (технология) омыляемых мазутов в качестве смазочных материалов для двигателей внутреннего сгорания танков и использования местных теплив для танков и автомобилей отечественных и зарубежных марок.
Великая Отечественная война поставила ряд новых задач и проблем во всех аспектах производства, боевого применения, организации эксплуатации и ремонта БТВТ в соответствии с характером и масштабами войны.
С целью улучшения организации эксплуатации БТВТ в январе 1943 г. в составе ГБТУ было создано Управление эксплуатации танков Красной Армии, начальником которого назначили опытнейшего и пользующегося большим авторитетом среди инженерно-технического состава генерала Ф.Ф. Печеникина, бывшего начальника кафедры эксплуатации академии.
После возвращения академии в Москву (сентябрь 1943 г.) кафедра активно включилась в решение неотложных задач, поставленных Управлением боевой подготовки (УБП) и ГБТУ.
В эти же годы была решена одна из важнейших проблем – обеспечение запуска танкового дизеля в условиях низких температур. С этой целью были разработаны и внедрены паро-сифонный и паро-динамический танковые подогреватели, одновременно созданы новые усовершенствованные образцы ПРЗС и ремонтных мастерских (ТРМ-А и ТРМ-Б).
В содружестве с кафедрой двигателей были спроектированы опытные образцы оборудования для подводного вождения танков Т-34 и проведены первые опыты по их переправе через водные преграды путем буксирования по дну. Этот способ форсирования прошел государственные испытания и был рекомендован для использования в войсках.
При участии преподавателей кафедры, выезжавших на фронтовую стажировку, были разработаны и внедрены в практику войск ряд памяток и пособий для механиков-водителей, экипажей танков и заместителей по технической части (введенных в штат в 1944 г.) по вопросам освоения, технического обслуживания, вождению и поддержанию боевой готовности БТВТ в боевых условиях.
Великая Отечественная война заставила не только пристальнее и шире посмотреть на уже известные аспекты эксплуатации, но и выдвинула новые требования к сущности и организации эксплуатации ВВТ на послевоенный период.
После Великой Отечественной войны и до середины 1950-х гг. начальниками кафедры были Б.О. Берзин, И.В. Трофимов, Г.В. Герасимов и П.И. Иванов.
В послевоенные годы для кафедры основными задачами стало улучшение эксплуатационно-технических свойств БТВТ, совершенствование организации эксплуатации в войсках и системы обучения, а также повышение качества подготовки инженерных и научных кадров.
Кафедра являлась основным профилирующим подразделением академии при подготовке выпускников-инженеров к практической деятельности в войсках на должностях заместителей командиров по технической части (ЗКТЧ) частей и соединений, а позднее – заместителей командиров по вооружению (ЗКВ). В получаемых выпускниками дипломах указывалось, что они являются «инженер-механиками» по профилю «Эксплуатация и ремонт бронетанковой техники».
Высокий уровень подготовленности офицеров к работе в войсках достигался в зни-чительной мере за счет того, что кафедрой была создана богатая учебная база. Она находилась как в основном здании академии и в учебном парке, так и в полевом учебном центре академии в Сенеже. В этом центре при активнейшем участии преподавателей кафедры были созданы и использованы для учебных занятий: полковой танковый парк, послуживший образцом для танковых парков в войсках; два хорошо оборудованных танкодрома, на которых проводились занятия по вождению с офицерами всех профилей обучения; учебный комплекс с бассейном и классами, где проходили занятия по преодолению водных преград, – вододром, а также полевой танковый парк. Кроме большого объема практических занятий в полевом учебном центре как в зимнее, так и летнее время, кафедра была организатором проведения войсковых стажировок слушателей на должностях, к исполнению которых они готовились.
Вышка, классы и тренажерный комплекс на танкодроме №1.
Обучение преодолению водных преград под водой. Учебный центр «Сенеж».
Полковник В.А. Мельник со слушателями на танкодроме №1.
Обобщая опыт эксплуатации танков, в первые послевоенные годы на кафедре были разработаны теоретические основы эвакуации танков, образцы комплектов оборудования и средств эвакуации, – «Руководство по эвакуации» (Л.В. Мирошников), а также создано зарядно-обогреваю-щее устройство, ставшее в последующем прототипом всех форсуночных подогревателей для танков (В.М. Голосов, В.В. Цикурин); были заложены основы теории и методики обучения личного состава вождению танков (Л.В. Мирошников, Е.И. Иванов, А.И. Кукарин, К.В. Кузенев).