Кроме того, как достраиваемые корабли, так и их атомные аналоги еще не были обеспечены основными комплектующими системами. Наибольшие сомнения вызывал зенитный комплекс М-3, находившийся только на проектной стадии. Поэтому пришлось пойти на использование комплекса М-2бис (морской версии сухопутного С-75М), дальность стрельбы которого уступала М-3. Кроме того, в нем применялись ракеты на высокотоксичных и агрессивных компонентах жидкого топлива, абсолютно неуместных на надводных кораблях, по основам своего применения должных выдерживать попадания снарядов и бомб противника с минимальным ущербом для боеспособности. Да и противокорабельный комплекс П-6 был фактически принят на вооружение только в 1964 г. Правда, задержка с его разработкой примерно соответствовала сдвигу сроков постройки подводных лодок – его носителей и, скорее всего, не слишком осложнила бы и ввод в строй достраиваемых крейсеров в том случае, если бы было принято соответствующее решение.
Еще менее реальным выглядело строительство атомных крейсеров: на все перечисленные проблемы накладывалось фактическое саботирование атомным ведомством всех работ по мощному реактору, необходимому для этого корабля. В результате от достройки крейсеров пр. 68бис-ЗиФ отказались, равно как и от строительства атомного корабля пр. 63.
Буйство фантазии отечественных корабелов в конце 1950-х гг. проявилось не только в разнообразии вариантов модернизации недостроенных крейсеров, но и в проработке воистину научно-фантастических проектов.
Одним из них был погружающийся скоростной ныряющий катер-ракетоносец пр. 662, вооруженный комплексом П-6. В лодочном ЦКБ-18 в 1958 г. были проработаны варианты такого корабля: основной, представляющий собой погружающийся катер водоизмещающего типа с надводной скоростью 32-38 узлов и модификация на подводных крыльях с увеличенной до 45-50 узлов скоростью и уменьшенной дальностью. Однако при подготовке судостроительной программы ныряющий катер сочли неперспективным, так как надводная скорость его основной версии не обеспечивала уверенный отрыв от надводных кораблей противника, а дальность варианта на подводных крыльях была недостаточна. Кроме того, подводная скорость ныряющего катера (5-6 узлов) оказалась слишком мала для выполнения боевых задач. Для сравнения провели проектную оценку и чисто подводного ракетоносца с соответствующим ныряющему катеру водоизмещением 220 т, оснащенного парогазовой турбинной установкой для обеспечения подводного хода 25 узлов. Нои чисто подводный вариант по всем статьям уступал более крупным субмаринам.
Несколько дольше продолжалась разработка надводных малых ракетоносцев пр. 901 и 902 водоизмещением 400-800 т со скоростью до 50 узлов, вооруженных 2-4 крылатыми ракетами П-6 или П-35. Будучи по вооружению всего лишь ракетными катерами-«переростками», они, тем не менее, должны были действовать за пределами ближней прибрежной зоны. Основным недостатком этих кораблей являлась слабость средств ПВО. В то же время дальность пуска ракет П-35, а тем более П-6, представлялась избыточной из-за невозможности размещения соответствующих средств приема целеуказания. Постановлением от 21 июня 1961 г. проектирование и строительство ракетоносцев пр. 901 и 902 прекратилось.
Однако к концу 1960-х гг. их замысел был все-таки претворен в жизнь в малых ракетных кораблях пр. 1234, хотя в качестве ударного вооружения приняли комплекс «Малахит» с меньшим диапазоном дальностей (до 120 км), что более соответствовало кораблям данного класса. При этом применение появившегося к тому времени зенитного ракетного комплекса самообороны «Оса-М» обеспечивало противовоздушную оборону от атак хотя бы единичных самолетов противника.
Какуже отмечалось, на начальной стадии разработки в качестве единственного типа носителя комплекса П-6 рассматривалась дизель-электрическая подводная лодка пр. 651. В то время в разной степени готовности находилось несколько проектов атомных подводных лодок, но практически все они предполагались в качестве носителей баллистических (пр. 658 и 639) или крылатых (пр. 659 и 653) стратегических ракет. Да и единственный атомоход пр. 627 без ракетного вооружения первоначально предназначался для решения стратегической задачи – доставки к вражеским берегам одной гигантской торпеды калибром 1,52 м с термоядерным зарядом. Ядерные энергоустановки в те годы были еще малочисленны и дороги. По-видимому, считалось, что их применения достойны только корабли-носители термоядерного оружия, предназначенные для выполнения стратегических задач.
Переход на ядерную энергетику подводных носителей противокорабельных ракет определялся несколькими обстоятельствами. Во-первых, весной 1958 г. впервые вышла в море первая отечественная АПЛ К-3 пр. 627. Все познается в сравнении. С этого момента моряки убедились в том, что, в отличие от своих ныряющих предшественниц, только атомоходы имеют право именоваться настоящими подводными лодками. Из чего-то неопределенного, граничащего с фантастикой, атомная энергетика перешла в повседневную реальность. Многократно расширились производственные мощности по изготовлению атомных реакторов и других элементов энергоустановок. Во- вторых, успехи в создании баллистических ракет и совершенствовании средств ПВО породили серьезные сомнения в перспективности крылатых ракет как средства поражения стратегических целей. В-третьих, в советском высшем военно-политическом руководстве наступило адекватное осознание угрозы со стороны авианосцев, а борьба с ними стала рассматриваться как особо приоритетная задача.