С апреля 1944 г. выпускали очередную серию самолета – Me 410В с более мощными двигателями DB 603G по 1900 л.с. каждый. Модификации В-1, В-2 и В-3 были идентичны А-1, А-2 и А-3 .
На Me 410B-2/U-4 с 50-мм пушкой ВК 5 оставили и две 20-мм MG 151, пулемёты MG 17 заменили парой пушек МК 103 калибра 30 мм. Различное вооружение можно было подвешивать на «Шершни» в полевых условиях. Так появились варианты с добавлением буквы «R» («Rustsatzen» – доработка в полевых условиях). Подвеска R-2 состояла из двух пушек МК 108 (30-мм), R-3 – из пары МК 103 (20-мм),
a R-5 – из четырёх MG 151 (20-мм). После установки любой из этих подвесок в бомболюк самолёт получал обозначение с добавлением индекса «U-2» и индекса «R» с соответствующей цифрой – например, Me 410B-2/U-2/R2. На «Шершне» с подвеской R-4 к штатному вооружению добавлялись две MG 151 в бомболюке и ещё две таких пушки размещались в специальной гондоле за бомболюком. Эту гондолу с обозначением «Waffenbehalten»151 ставили не в полевых условиях, а в заводских.
Весной 1944 г. проходил испытания вариант Ме 410 с орудием ВК 3,7 (37-мм), но до серии дело не дошло. Ещё одним экзотическим оружием, облётанном на «Шершне», стал барабан из шести ракет калибра 21 см. Барабан с ракетами имел револьверную конструкцию и подвешивался в бомболюке, выступая снизу. После отстрела ракеты он поворачивался, после чего можно было пускать следующую. Испытания со стрельбами начались на полигоне в феврале 1944 г. Были выявлены значительные повреждения силовых элементов конструкции от нагрузок при выстреле, поэтому от применения столь необычного оружия отказались.
Me 410A-3, захваченный в Италии, проходит испытания в Англии (лето 1944 г.)
Для авиации рейха врагом номер один оставались самолёты союзников. В мае 1944 г. руководство Люфтваффе принимает решение все скоростные бомбардировщики Ме 410 А-1 и В-1 переделать в вариант истребителей A-1/U-2 и B-1/U-2. Единственными боевыми частями, где несли службу бомбардировочные модификации «Шершней», оставались группы I/KG51 и II/KG51 во Франции. В конце войны эскадра KG51 перевооружилась на реактивные Ме 262.
Использовали «Шершни» и в качестве ночных перехватчиков, после того как весной 1944 г машины поступили в эскадры ночных истребителей I/NJG1 и I/N.JG5, базирующиеся в Германии. А группы 1/ZGI и 2/ZGI на аэродромах Лориент и Ваннес во Франции получили новую модификацию Me 410В-5 для борьбы с кораблями противника. На варианте В-6 появился радар FuG 200 с антеннами в носовой части. Огонь по судам велся из шести пушек – двух MG 151, двух MG 131 и двух МК 103.
Осенью 1944 г. министерство авиации Германии вынуждено было пересмотреть свою самолётостроительную программу, оставив в производстве лишь самые необходимые машины. Вместе с другими боевыми самолетами прекратили выпускать Ме 410. К тому времени успели собрать 1160 «Шершней» – из них 258 поставил завод «Дорнье». Потери в частях теперь восполнить было нечем, и к концу года единственной полноценной боевой частью, имевшей на вооружении Ме 410, оставалась группа IV/ZG26 в Норвегии. Ещё некоторое количество «Шершней» продолжали служить в разведывательных эскадрильях.
Естественно, что остановились все работы по доводке очередных модификаций «четыреста десятого». Например, на проходившем испытания Me 410В-5 с радаром FuG200 оставили лишь пару пушек MG 151, чтобы можно было поднимать на внешней подвеске противокорабельные бомбы. Для увеличения дальности вместо задних оборонительных турелей размещали внутренний топливный бак на 700 литров и ещё одну ёмкость на 650 литров вешали в бомболюке. А под фюзеляжем крепились две бомбы ВТ 400 (400- кг) или ВТ 200 (200-кг). Во втором варианте ещё пару ВТ 200 вешали под крыльями.
Для противокорабельного Me 410В-5 испытали другое бомбардировочное и торпедное вооружение, поднимая его на серийном Me 410А. Сначала на полигоне в Померании сбрасывали вращающуюся бомбу SB 800RS «Kurt» (780-кг); затем испытали SB 1000/410 (1000-кг) со стабилизирующим парашютом и закончили программу опробованием планирующей торпеды L10 (950-кг).
Для дневной и ночной разведки и фотографирования проектировались варианты Me 410В-7 и В-8, но они остались лишь на бумаге.
Наиболее радикальные изменения в конструкцию внесли на модификациях Ме 41 ОС и D. Самолёты должны были получить новое крыло с размахом 17,97 метров и площадью 20,45м 2 , а также мощный двигатель DB 603JZ с турбокомпрессором TKL 24/26. По-другому выполнялось остекление кабины, основные стойки шасси имели по два колеса. Оба варианта задумывались как ночные истребители, и на них планировалась установка радаров «Lichtenstein» С-I и SN-2. Единственным отличием Ме 410D от Ме 41 ОС было использование в конструкции законцовок крыла из дерева в целях экономии дефицитного дюралюминия. Ни один прототип в воздух так и не поднялся, хотя двигатель DB 603JZ успели облетать на Ме 410А.
Последним в длинном списке модификаций «Шершня» стоит высотный вариант Ме 41 ОН. В целом он был идентичен Me 410В-2 с DB 603G, но имел крыло с огромным размахом 22,97 метров и площадью 46,5 м