Общий вес металлической и прозрачной брони на самолете вместе с креплениями был равен 1918 кг.
Носовая часть фюзеляжа крепилась к передней бронестенке бронекорпу-са. В ней размещались шесть пушек НР-23 калибра 23мм конструкции А.Э. Нудельмана и А.А.Рихтера, а также передняя стойка шасси в убранном положении и часть оборудования. Пуш
ки имели темп стрельбы 800 выстрелов в минуту и устанавливались по три с каждого борта. Концы их стволов выступали наружу, боезапас состоял из 900 снарядов - по 150 на пушку.
Хвостовая часть фюзеляжа, крепившаяся к задней бронестенке броне-корпуса, несла вертикальное оперение, на половине высоты которого устанавливалось неподвижное горизонтальное оперение. Кроме того, здесь размещались агрегаты специального оборудования самолета. По бокам и снизу хвостовой части имелись три больших тормозных щитка с перфорированной поверхностью, которые могли открываться в полете на угол до 50 градусов. Боковые щитки делали это традиционно - против потока, а нижний имел особенность -он открывался по потоку. Тормозные щитки улучшали характеристики маневренности самолета надполем боя, облегчая атаку наземных целей с пикирования.
Завершалась хвостовая часть фюзеляжа подвижной кормовой пушечной установкой Ил-К10, дистанционно управляемой из кабины стрелка. Она была предназначена для защиты задней полусферы самолета от атак воздушного противника и для поражения наземных целей после выхода штурмовика из атаки. Установка имела одну пушку НР-23 с боезапасом 200 снарядов, которая с помощью электрогидравлического следящего привода могла отклоняться на 55° вверх, 40° вниз и на 60° вправо и влево. Максимальные угловые скорости вращения оружия составляли 42 град./сек (по горизонтали) и 38 град/ сек (по вертикали). Носовая и кормовая пушечные установки создавались в подразделении В.А.Федорова. Техническую документацию на дистанционное управление кормовой установкой выпускал А.П. Журавленке Трапециевидное в плане крыло площадью 52,3 м2 имело аэродинамическую компоновку из профилей ЦАГИ: CP-10с-12 с относительной толщиной 18,44% у корня и CP-11-12 с относительной толщиной 12,86% на конце.
Оно состояло из центроплана, неразъемно соединенного с бронекорпусом, и двух отъемных частей. На центроплане имелся отклоняемый посадочный щиток, а на отъемных частях устанавливались выдвижные закрылки типа ЦАГИ. Конструкция крыла и взлетно-посадочной механизации разрабатывалась под руководством Е.И.Санкова.
Большая относительная толщина крыла позволила не только убрать туда главные ноги шасси, но и создать там четыре небольших бомбоотсека - для внутренней подвески в каждом бомб массой до 100 кг. Кроме того, под центропланом и отъемными частями крыла устанавливались четыре балочных держателя, на которые могли подвешиваться или две бомбы массой до 500 кг, или реактивные орудия типа ОРО с неуправляемыми снарядами ТРС-132 и ТРС-82, или подвесные топливные баки на держателях под центропланом общей емкостью 1100 литров.
Нормальная бомбовая нагрузка Ил-40 в соответствии с постановлением правительства и ТТТ заказчика равнялась 400 кг, а в перегрузочном варианте самолет мог нести 1000 кг бомб. Имелась возможность в счет перегрузки установить реактивные орудия с восемью ТРС-132 и двенадцатью ТРС-82. Над бомбовым вооружением работали специалисты под руководством Д.И.Коклина.
Стабилизатор и киль самолета - двухлонжеронные, рули имели весовую балансировку и осевую аэродинамическую компенсацию, а также триммеры. Ведущим конструктором оперения был Н.И.Максимов.
Управление рулями высоты и поворота выполнялось жестким, из трубчатых тяг, дублированным на всем протяжении - от кабины до качалок в хвостовой части фюзеляжа. Проводка к элеронам была смешанной и состояла из тросов в бронекорпусе и трубчатых тяг в крыле. В систему управления элеронами и рулем поворота включались обратимые гидроусилители (бустеры), располагавшиеся в бронекорпусе.
Передняя нога шасси имела колесо 660x285 мм и убиралась в направлении «по полету». Главные ноги оснащались колесами 1100x400 мм, уборка производилась в направлении «против полета» с поворотом колес вокруг своих амортизационных стоек на угол 90° против часовой стрелки - как это было сделано ранее на бомбардировщике Ил-28. Колеса укладывались в меж-лонжеронное пространство крыла и закрывались створками, которые все время были замкнуты, открываясь лишь для пропуска колес при уборке и выпуске шасси. Это повышало надежность работы шасси при эксплуатации самолета на грунтовых или снежных аэродромах с размокшим покрытием.
Нормальный выпуск и уборка шасси производились от гидросистемы,аварийный выпуск - от воздушной системы. Гидросистема имела рабочее давление 110 атмосфер и с ее помощью производились также торможение колес, управление автоматом торможения, выпуск и уборка тормозных щитков, закрывание створок бомбоотсеков. Воздушная система с рабочим давлением 150 атмосфер предназначалась для перезарядки оружия и подзарядки гидроаккумуляторов. Кроме того, она обеспечивала аварийное торможение колес, аварийное закрытие тормозных щитков, открывание кабин летчиков. В бою самолет должен был сохранить живучесть благодаря тому, что все трубопроводы гидравлической и воздушной систем прокладывались по разным бортам фюзеляжа.