Техническая документация по системе управления самолетом, шасси, гидравлической и воздушной системам выпускалась в подразделениях В.Н.Семенова и А.Я.Левина.
Специальное оборудование самолета гарантировало боевое применение оружия и использование Ил-40 днем и ночью, в простых и сложных метеорологических условиях. В носках крыла, стабилизатора и киля, воздухозаборников двигателей были установлены воздушно-тепловые противообледенители, горячий воздух в которые отбирался от компрессоров двигателей. Лобовые стекла кабины пилота имели электрообогрев.
В состав пилотажно-навигационно-го и радиосвязного оборудования входили навигационный индикатор НИ-50И, авиагоризонт АГИ-1, гирополукомпас ГПИ-48, автоматический радиокомпас АРК-5 и компас ЛГМК-ЗМ, командная радиостанция РСИУ-ЗМ и связная - РСБ-5, переговорное устройство СПУ-5, радиовысотомер РВ-2, маркерный радиоприемник МРП-48П, ответчик госопознования «Барий», аэрофотоаппараты НАФА и АФА.
При ведении пушечного огня, стрельбе PC и при бомбометании летчик использовал коллиматорный прицел ПБП-6, позволявший производить бомбометание при горизонтальном полете на различных высотах, а также с пикирования.Определение момента сбрасывания бомб и само сбрасывание осуществлялось прицелом автоматически - с помощью электрического бомбосбрасывателя ЭСБР-ЗП. Контроль за результатами боевой работы производился бортовым аэро-фотооборудованием для дневного и ночного фотографирования. Прицельная стрельба из кормовой пушечной установки велась с помощью прицела СПБ-40.
Установкой специального оборудования на самолете занимались В.И. Смирнов, А.В.Шапошников, М.И.Никитин, Б.Я.Каплиенко.
Работы по созданию самолета Ил-40 шли очень быстрыми темпами. Тут сказывались как организаторские способности С.В.Ильюшина, так и большой опыт и высокая квалификация конструкторского коллектива. Уже через три с половиной месяца после выхода в свет постановления правительства комиссия ВВС во главе с боевым летчиком-штурмовиком генерал-майором авиации А.Д.Рейно ознакомилась с макетом Ил-40 и дала положительный отзыв.
В феврале 1953 г. завершили постройку опытного самолета Ил-40. После непродолжительной аэродромной отработки бортовых систем и оборудования 7 марта 1953 г летчик-испытатель В, К. Коккинаки поднял Ил-40 в воздух. Вместе с ним в программе испытаний участвовал инженер А.П. Виноградов, который во время полетов находился в кабине стрел ка-радиста. Ведущим инженером по заводским летным испытаниям Ил-40 назначили А.И.Жуковского.
В первых испытательных полетах оценивались и получили «добро» пилота летно-технические данные самолета, характеристики его устойчивости и управляемости.
В конце марта 1953 г. Коккинаки вылетел на полигон «Фаустово» для испытания передней пушечной установки стрельбой по наземной цели.
Опытный летчик подошел к полигону на высоте 5000 метров, ввел самолет в пологое пикирование, нажал гашетки пушек и… сразу же перестал видеть цель - вырывавшееся из стволов пушек пламя ослепило его. Одновременно самопроизвольно резко сбавили обороты, а затем и отключились двигатели. Коккинаки прекратил стрельбу, сумел снова запустить двигатели (благодаря запасу высоты) и вернулся на базу. О случившемся сразу доложили Ильюшину, который приказал срочно разработать программу проведения исследований неустойчивых режимов работы двигателей при стрельбе из передней пушечной установки самолета Ил-40. Затем была выпущена техническая документация по установке на стволы пушек двух типов надульников, а также восьми типов различного рода насадков, отводивших пороховые газы в стороны от воздухозаборников.
Испытания по этой программе начались 1 апреля 1953 г. Ведущим инженером назначили опытного специалиста-вооруженца М.Г.Овчинникова. Стрельба в тире при работающих двигателях (с одновременной высокоскоростной киносъемкой процессов, происходящих на дульных срезах пушек) и в полете показала, что применение надульников и насадков не дает положительных результатов - двигатель сбрасывает обороты уже при стрельбе только из одной пушки очередью в 5 - 10 снарядов. Исследования в этом направлении прекратились. Кроме того, при испытаниях выяснилось, что помимо пороховых газов к неустойчивой работе двигателей приводят изменения давления и температурные неравномерности в потоке на входе в воздухозаборники.
Решили заменить шесть пушек НР-23 четырьмя более мощными и скорострельными пушками ТКБ-495А, у которых при таком же калибре (23 мм) темп стрельбы был в полтора раза выше - 1300 выстрелов в минуту. При этом вес ТКБ-495А по сравнению с весом НР-23 возрос всего на 4 кг. Пушки ТКБ-495А проектировали под руководством Н.М.Афанасьева и Н.Ф.Макарова в Тульском конструкторском бюро. Позднее их приняли на вооружение советских ВВС под обозначением АМ-23. На Ил-40 каждая пушка имела в боезапасе по 225 снарядов. Мощь огня четырех ТКБ-495А была равноценна мощи огня шести НР-23. Пушкой ТКБ-495А оснастили и кормовую пушечную установку самолета.
Для передних пушек ТКБ-495А сконструировали газоотводную камеру, являющуюся одновременно носовой частью штурмовика. Камера предназначалась для отвода во внешний поток газов, образующихся при стрельбе. Она представляла собой изолированный от фюзеляжа съемный отсек, выполненный из листовой жароупорной стали, в нижней части которого имелся люк с двумя створками. Их открытие блокировалось с системой управления огнем пушек. При стрельбе пороховые газы должны были через люк выходить из камеры наружу, минуя воздухозаборники двигателей.