Стартовала крылатая ракета «Буря» вертикально с лафета-установщика и, в соответствии с заданной программой, проходила разгонный участок траектории, на котором управление ракетой сначала осуществлялось с помощью газовых рулей, а затем переключалось на воздушные (газовые сбрасывались). После того, как скорость полета достигала определенного значения и СПВРД ры-ходил на режим максимальной тяги, производилась расцепка ускорителей и маршевой ступени. Полет второй ступени происходил с постоянной скоростью, соответствующей числу М=3,1-3,2 и с постоянным аэродинамическим качеством. На маршевом участке полет корректировался с помощью системы автоматического астронавигационного управления «Земля». При приближении к конечной точке маршрута ракета автопилотом переводилась в пикирование (конечная высота полета превышала высоту отделения на 7 - 8 километров). На этом режиме осуществлялся сброс головного конуса с ядерным боезарядом.
С конца 40-х годов в США велись работы по межконтинентальным крылатым ракетам «Snark» с дозвуковой скоростью полета (фирма «Northrop Согр») и сверхзвуковой «Navaho», аналогичной советским МКР (фирма «North American Aviation»). Летные испытания ракеты «Snark» были начаты в марте 1951 г., а завершены в 1958 г. Ее приняли на вооружение Air Force. Сверхзвуковая ракета также вышла на летные испытания, но в войска не поступила. С самого начала ее преследовали неудачи. При первом полете, состоявшемся 6 ноября 1956 г., возникли неполадки в системе управления и ракета была уничтожена, во втором - обнаружена ненормальная работа ускорителей, а в третьем и четвертом -трудности с зажиганием СПВРД. В итоге заказчик ракеты US Air Force закрыл программу 11 июля 1957 г. Оставшиеся семь ракет были использованы при реализации программы RISE (Reseah in Supersonic Environment), для проведения замеров температур и давления на скорости, соответствующей числу М=3. Более-менее удачным стал пятый пуск, проведенный 12 августа 1957 г. Последний - одиннадцатый - пуск «Nava-ho», состоялся 18 ноября 1958 г. Несмотря на то, что летные испытания «Бури» начались почти также, как и испытания «Navaho», специалистам ОКБ С. А. Лавочкина удалось добиться гораздо больших успехов, чем их американским коллегам.
После целой серии наземных испытаний 1 сентября 1957 г. был произведен первый пуск ракеты «350» (если не считать попытки пуска, состоявшейся 31 июля того же года). Однако он оказался неудачным - при старте произошел преждевременный сброс газовых рулей и ракета через несколько секунд упала и взорвалась. Затем последовали еще три пуска, в которых нормальный полет прервался еще до расцепки ступеней: во втором - на 31-й секунде, в третьем - на 63-й и в четвертом - на 81-й секундах. Только 22 мая 1958 г. в пятом от начала испытаний пуске успешно прошла расцепка и был запущен СПВРД маршевой ступени. И вновь - три не очень удачных пуска…
Сроки поджимали, успехи, достигнутые ОКБ-1 МОП на пути создания МБР Р-7, оставляли все меньше и меньше шансов для ее крылатых конкурентов. Уже в конце 1957 г. были прекращены работы по мясищевско-му «Бурану», который так и не успел совершить ни одного полета. Переломным в ходе испытаний ракеты «Буря» стал состоявшийся 28 декабря 1958 г. девятый пуск. В этот раз продолжительность полета составила 309 секунд. В десятом и одиннадцатом пусках получили рекордные для того времени результаты: дальность полета 1350 км при скорости 3300 км/ч и 1760 км при скорости 3500 км/ч. Ни один еще летательный аппарат в Советском Союзе не летал в атмосфере так далеко на скоростях, близких к М=3. На следующей ракете впервые установили астронавигационную систему наведения. К сожалению, этот пуск оказался неудачным. В тринадцатом пуске ракета «350» испытывалась уже в новой компоновке с модернизиро-ванными ускорителями с ЖРД С2.1150 вместо прежних С2.1100 и маршевым СПВРД с укороченной камерой сгорания - РД-012У. На этот раз обошлись без системы астронавигации. Полет продолжался около десяти минут и обеспечил следующий пуск в полной комплектации, состоявшийся 2 декабря 1959 г. и впервые позволивший проверить работу системы астронавигации. После выполнения программы полета ракета была развернута на 210° и дальше летела по радиокомандам. Ее дальность составила 4000 километров. Испытания по короткой трассе (около 2000 км) завершились.
К этому времени на вооружение стали поступать межконтинентальные баллистические ракеты Р-7. Преимущество МБР над МКР было очевидным: способность преодолеть любую противовоздушную оборону, большая скорость полета, относительно простая конструкция и т.д. Недостатки баллистических ракет оказались менее значимыми. Уже в 1959 г. то обстоятельство, что «Буря» как носитель боевого заряда не в состоянии конкурировать с МБР, стало ясным практически для всех, включая ГКАТ, ОКБ-301 и самого генерального конструктора С. А. Лавочкина. Однако крылатые ракеты могли найти и другое применение, например, в качестве беспилотных фоторазведчиков, а также ракет-мишеней. В вышедшем 5 февраля 1960 г. Постановлении ЦК КПСС и Совмина СССР о прекращении работ по основному варианту «Бури» разрешалось, тем не менее, провести еще пять пусков для отработки варианта «Бури» для фоторазведки. Эти работы начались в ОКБ-301 еще в 1958 г.