Зрозумівши, що слідчі гнуть свою лінію, фактично стали на захист гетьмана, генеральний суддя взяв вину на себе.
Не знаючи про перебіг розслідування, побоюючись викриття і арешту, І. Мазепа вживав додаткових заходів для утримання своєї влади. У лютому-березні 1708 року, аби сплутати плани опозиції, він заохочує ряд старшин призначеннями на відповідальні уряди. Реєнти Генеральної військової канцелярії Пилип Орлик та Василь Чуйкевич стають відповідно генеральним писарем і генеральним суддею. Київським полковником він призначає Федора Коровченка, а стародубським — Івана Скоропадського.
Орієнтовно у кінці квітня або на початку травня генеральний обозний І. Ломиковський, полковники Д. Апостол, Д. Горленко, Д. Зеленський після отримання від царя депеші, що донощикам «никакая вера не подастся», звернулися до гетьмана з проханням, «чтоб и о своей и о общой всіх цілости промышлял, обіщая, при его достоинстві и при обороні прав и волностей войсковых до крове стоять, и в наиболшом нещастю не отступать его, яко вожда и рейментара своего». Старшинами була складена присяга, яку гетьман особисто відредагував. У Білій Церкві вони присягнули йому «с цілованием креста и Евангелия святаго», а потім він їм. Ми бачимо, що генералітет, змирившись з реаліями, вирішив продовжити розпочату справу з Мазепою, підбурюючи його діяти активніше, наступальніше.
Гетьман, якого вони підозрювали у страхопутстві, непростимій нерішучості, у переломний момент вибору, в жовтні 1708 року, в гніві показав їм універсал С. Лещинського, листи канцлера Яблоновського, підканцлера Великого Князівства Литовського Щуки, засвідчуючи цим, що вів таємні зносини про майбутнє України задовго до приходу шведів.
Грубість, різкість, підвищений невдоволений тон І. Мазепи при обговоренні з полковниками питання про відхід від Петра І («а для чого Вам о том прежде времени відать? спуститеся вы на мою совість и на мое подлое розумішко, на котором вы не заведетеся болш»; «вы не совітуєте, токмо о мні переговоруете, бери вас чорт!») вказує не тільки на напруженість ситуації, але й на те, що промовець уже знав через депеші Г. Головкіна основних замовників доносу Кочубея, а тому й допускав до них дещо зневажливе ставлення.
1708 рік об’єднав радикалів і великого конспіратора-обережника на вирішення національних завдань. Особисті образи, з’ясування стосунків гетьмана з опозицією відійшли на задній план заради інтересів України.
Очікуваного імпічменту Мазепи не сталося. Натомість, за наказом царя 14 липня 1708 року, в Борщагівці В. Кочубея та І. Іскру стратили>16. Важко погодитися з думкою, що це були «жертви Мазепи». Генеральний суддя, швидше за все став жертвою ініціаторів зміни гетьмана, їх і його переоцінок реалій та власних можливостей. Фактично як урядовець він був маловідомий Петру І, а тому і його зверненням останній не надав великого значення.
Категорична думка історика Я. Тинченка, що «у загибелі української держави Івана Мазепи було також повинне захоплення гетьмана шістнадцятирічною>17 дівчиною — це факт» ефектна, але не відповідає істині.
Не донос Кочубея став детонатором організації анти-московського повстання в Україні, а брутальний наступ московського абсолютизму на українську автономію. Гетьман, занепокоєний майбутнім краян, посилає таємних уповноважених до С. Лещинського, шведів у другій половині 1707 року. Генеральний суддя ж свідчив про Мазепу на допитах лише у квітні 1708 року. До того ж, виступ проти Москви планувався, готувався, організовувався значно раніше. Він був своєрідним планом-максимумом життєдіяльності Івана Мазепи та й багатьох його співпрацівників.
Донос, а ще вірніше — слідство щодо його правдивості, лише обтяжило реалізацію цього задуму, фактично примусив гетьмана приймати вирішальне рішення в умовах, коли обставини складалися не на користь стратегічного плану. Але якщо б у 1708 році І. Мазепа залишився союзником Петра І, то ім’я гетьмана згадувалося б у іншому контексті. Загибель Батурина надовго зруйнувала надію на визволення та створення самостійної держави.
Водночас виступ мазепинців показав Московії, що Україна — не губернія, в якій можна правити губернаторами. Це — край, в якому поважають волю, традиції, беруться за зброю, якщо ігноруються, нищаться права людності.
Царизм не випадково наважився ліквідувати автономний устрій не в 1708–1710 роках, як намічалося, а в кінці ХVІІІ століття. І в цьому хоча й не велика, але перемога, а не поразка мазепинців.
