Биологическая война (Часть 3) - [44]

(Домарадский И. В., 1998).

М. Achtman et al. (1999) высказали предположение, что Y. pestis является клоном Y. pseudotuberculosis. Аллели Y. pestis были идентичны или почти идентичны таковым у 12 штаммов Y. pseudotuberculosis. Согласно таксономическим стандартам, Y. pestis можно рассматривать как Y. pseudotuberculosis, но из-за больших различий в проявлениях болезни и роли Y. pestis в истории эпидемий, этой классификации не придерживаются. А. P. Anisimov et al. (2004) считают, что различия в плазмидном составе и, возможно, другие небольшие генетические различия, ответственны за особенности эпидемиологии и патогенеза инфекций, вызываемых Y. pestis и Y. pseudotuberculosis.

Филогенетическое древо Y. pestis, построенное М. Achtman et al. (2004) на основе сопоставительного анализа нуклеотидных последовательностей, включает три ветви: 0, 1 и 2. Большинство изолятов биовара Orientalis соответствуют монофилетической группе, обозначенной как 1.0RI. Большинство штаммов биовара Medievalis соответствуют второй монофилетической группе — 2.MED. Изоляты биовара Antiqua находят среди штаммов обеих ветвей —1 (1.ANT) и 2 (2.ANT). Штаммы Y. pestis биовара Pestoides кластированы вдоль ветви 0 (0.РЕ1-0.РЕ4). Биохимические различия между биоварами и регионы их выделения показаны в табл. 3.7; филогенетическое древо приведено на рис. 3.28.

>Таблица 3.7. Биовары Y. pestis , идентифицированные на основе ферментации глицерина, восстановления нитратов и окисления аммония [15]

_{Биовар | Различие | Регион, в котором был выделен штамм | Ферментация глицерина | Восстановление нитратов | Окисление аммония | Активность уреазы | Ферментация мелибиозы}

Antiqua | + | + | + | — | — | Центральная Африка, Центральная и Северная Азия, Китай (Маньчжурия), Монголия

Medievalis | + | — | — | — | ± | Бывший Советский Союз (регион Каспийского моря)

Orientalis | — | + | ± | ± | — | Бирма, Южный Китай, Индия, Южная Африка, Южная Америка, Калифорния

^{Рис. 3.28. Схематическое изображение филогенетического древа Y. pestis. Вдоль каждой ветви указаны снипсы, использованные для его построения. По М. Achtman et al. (2004)}

S. Haensch et al. (2010), используя ДНК, выделенную из останков людей, умерших от чумы во время второй пандемии (двое — из Англии, 6 — из Голландии, один — из Франции), показали, что генотипы Y. pestis, индентифицированной в археологических образцах XIV в., отличаются от современных Orientalis (1.ORI), Medievalis (2.MED), Antiqua (1.ANT, 2.ANT) (см. рис. 3.28). Можно предположить, что в работе S. Haensch et al. (2010) описаны штаммы Y. pestis, поддерживающиеся в неизвестных первичных резервуарах очагов чумы европейского континента, угасших в начале XIX в.

Молекулярная эпидемиология Y. pestis более точно устанавливается методами MLVA-анализа. Полученные этим способом данные представлены на рис. 2.29 и 3.30.

^{Рис. 3.29. Дендрограмма Y. pestis, основанная на 25 локусах VNTR. Псевдотуберкулезному микробу соответствует черный круг в левом верхнем углу дендрограммы. В правой части дендрограммы указаны новые биовары Y. pestis. Цифровые и буквенные обозначения очагов чумы соответствуют приведенным в табл. 3.9 и на рис. 3.30. По Li Y. et al. (2009)Рис. 3.30. Географическое распределение штаммов возбудителя чумы различных биоваров. Подписаны очаги, включающие штаммы биовара Microtus. Цифровые и буквенные обозначения очагов чумы соответствуют приведенным в табл. 3.9 и на рис. 3.30. По Li Y. et al. (2009)}

УY. pestis под разными названиями описаны три типовые плазмиды: 9,5 т. п. о. (pPst, pPla, pPCPl или pYP: кодирует пестициногенность, фибринолизин и плазмокоагулазу); 70–75 т. п. о. (pCDl, pCad, pVW, pYV или pLcr: определяет зависимость штамма от кальция, синтез VWa и других поверхностных белков); и 100–110 т. п. о. (pFra/Tox, pFra, рТох, pMTl или pYT: кодирует F1, «мышиный» токсин). Плазмидные профили у штаммов, выделенных в различных природных очагах чумы, можно сравнить между собой по электрофоретической подвижности в агарозном геле, а выделив отдельные плазмиды, сравнить их по результатам рестрикционного анализа.

^{Рис. 3.30. Географическое распределение штаммов возбудителя чумы различных биоваров. Подписаны очаги, включающие штаммы биовара Microtus. Цифровые и буквенные обозначения очагов чумы соответствуют приведенным в табл. 3.9 и на рис. 3.30. По Li Y. et al. (2009)}

Для штаммов, полученных в России и Азии, характерна значительная изменчивость плазмидного состава. До 18 % изолятов из Волго-Уральского песчаного очага (очаг 16)[16] и 43 % изолятов из Таласского очага (очаг 40) содержали криптические плазмиды, обычно с ММ 20 мДа. У некоторых штаммов из Таласского, Центрально-Кавказского и Прибалхашского очагов (очаги 40, 1 и 30 соответственно), а из Сенегала, Шри-Ланки и Индонезии обнаружены криптические плазмиды с ММ 1,6—31 мДа. У отдельных штаммов отмечалось отсутствие одной или двух типовых плазмид (Anisimov А. P. et al., 2004).

Кроме того, размер плазмид может изменяться, что затрудняет получение ответа на вопрос о том, является ли плазмида, идентифицированная в клиническом изоляте, природным вариантом или же генно-инженерным вариантом с возможными дополнительными факторами вирулентности. Понимание причины изменений размера плазмид, обнаруженных у различных изолятов