Перед следующей экспедицией «Геофизика» прошла доработки. Затем в декабре 1998 – январе 1999 гг. состоялись две серии испытательных полетов, которые проводились с аэродромов Раменское и Форли (Италия). Пилотировал самолет летчик-испытатель О.А. Щепетков. При перелете в Италию ему довелось столкнуться с отказом обеих УКВ-радиостанций. Произошло это в воздушном пространстве Австрии, и вплоть до завершения полета пришлось обходиться без радиосвязи. В Италии самолет дооснастили новыми научными приборами. Аппаратуре стало «тесно» в отсеках М-55, и для размещения некоторых элементов оборудования пришлось установить дополнительные контейнеры на фюзеляже и под крылом.
12 февраля 1999 г. управляемый О.А. Щепетковым М-55 отправился из Италии в свою вторую научную экспедицию. Путь предстоял не близкий – новым местом базирования был выбран аэропорт Виктория на о. Махе (Сейшельские острова). Добраться одним махом до затерянного в Индийском океане архипелага «Геофизика» не могла. Потребовалось совершить две промежуточные посадки в Аммане (Иордания) и в Джибути на востоке Африки. Только 14 февраля М-55 благополучно приземлился на Сейшелах.
Во второй экспедиции самолет пилотировали летчики-испытатели О.А. Щепетков и А.Г. Бесчастнов. До 11 марта они выполнили 7 полетов над океаном, и во всех «Геофизику» сопровождал «Фалкон» центра DLR. М-55 поднимался на высоту до 21000 м. Один из полетов по переменному профилю (набор-снижение) продолжался 6 ч, что позволяет рассчитывать и на более продолжительные полеты. Миссия на Сейшелах принесла новую информацию об атмосфере Земли. Так, на высотах 16000-17000 м удалось зафиксировать абсолютный минимум температуры в атмосфере -92°С! Несмотря на такой запредельный холод, все системы самолета, включая силовую установку, работали штатно.
М-55 заруливает на приангарную стоянку. Аэродром Кируна (Швеция), начало 2010 г.
Подготовка «Геофизики» к очередным научным полетам. Кируна, начало 2010 г.
Отработав на Сейшелах, «Геофизика» вернулась в Италию для прохождения очередных доработок. После их завершения О.А. Щепетков выполнил на М-55 два испытательных полета. Программа второго из них, проходившего 24 марта, полностью выполнена не была, т.к. самолет по команде диспетчера был возвращен на аэродром Форли из-за начала операции НАТО в Югославии. Через 2 дня «Геофизика» благополучно вернулась в Россию после более чем трехмесячных странствий.
Осенью того же года М-55 побывал в еще одной экспедиции. На сей раз главной целью миссии стало исследование антарктической «озоновой дыры» и других атмосферных особенностей юга нашей планеты. Базироваться предстояло на о. Огненная Земля в аэропорту самого южного на Земле города Ушуайя (Аргентина). Перелет из Раменского на другую сторону «шарика» начался 3 сентября и занял 11 дней. Было совершено 4 промежуточные посадки, включая на о. Сал (республика Кабо- Верде) и в бразильском аэропорту Ресифи. На различных этапах перелета самолет пилотировали А.О. Щепетков и А. Г. Бесчастнов.
Появление необычного самолета на Огненной Земле вызвало у островитян живейший интерес, и 16 сентября, в День города Ушуайя, по просьбе его мэра был выполнен 10-минутный демполет с показом максимального угла набора высоты сразу после взлета, проходом над городом, виражами и горками с углом 35-40° над территорией аэропорта.
В собственно исследовательской программе принимали участие 70 ученых из 11 стран мира, включая Аргентину, Великобританию, Италию, Германию, Россию, США. До 12 октября состоялись 6 научных полетов на высотах 18000-20000 м, общей продолжительностью более 30 часов. Была получена ценнейшая научная информация, включая сведения о влиянии различных химических веществ на состояние озонового слоя. Исследования проводились и во время перелетов из России в Аргентину и обратно. Домой М-55 вернулся 29 октября.
Согласно планам, «Геофизике» предстояло принять участие в программе вместе с европейским спутником ENVISAT, запустить который предполагалось в 2002 г. Таким образом, появилось время для проведения ремонта двигателей самолета, очередного комплекса доработок и оснащения его новым оборудованием. В том числе'на М-55 установили два подкрыльевых контейнера, в одном из которых находилась аппаратура HALOX-A для измерения содержания в атмосфере соединений брома и хлора, а в другом – SIOUX для измерения концентрации в атмосфере окислов азота.
Прежде чем начать новую научную миссию, в июле 2002 г. «Геофизика» под управлением О.А. Щепеткова и Р.П. Тас- каева прошла серию испытательных полетов в Италии с аэродрома Форли. В ночном полете 18-го числа, который выполнял О.А. Щепетков, произошло непредвиденное. При снижении для захода на посадку самолет попал в грозовой фронт, «пробить» который удалось только с третьей попытки. Это привело к перерасходу топлива. В результате при заходе на посадку, когда до ВПП оставалось 14 км, из-за малого остатка горючего выключился левый двигатель. Летчик, понимая, что в любой момент может остановиться и второй двигатель, выполнял заход с повышенной глиссадой планирования и выпущенными тремя парами тормозных щитков, рассчитывая в случае самовыключения двигателя убрать их и попытаться дотянуть до аэродрома. К счастью, второй двигатель работал без перебоев, и посадка прошла благополучно.