В январе 1928 г. из названия школы было убрано имя Троцкого, теперь она именовалась просто Школой морских летчиков. Но уже в марте 1930 г. альма-матер становится Школой морских летчиков и наблюдателей, а с августа 1930 г. – Военной школой морских летчиков и летчиков-наблюдателей ВВС РККА имени Сталина. К этому же времени, кроме обучения летчиков, в ней началось обучение авиационных техников, а также переподготовка летчиков с сухопутных самолетов на гидросамолеты.
К началу 1930-х гг. становится ясно, что выдержать всех Севастопольская бухта не сможет, ведь к этому времени она стала основной базой Черноморского флота. Поэтому принимается решение о переводе школы на новое место. Уже в ноябре 1930 г. в Ейске и окрестностях началось строительство, а в мае 1931 г. школа стала обживаться в Приазовских степях. На побережье Ейского лимана и Таганрогского залива были построены причалы и скаты для гидросамолетов, за Ейском строился новый аэродром, новые учебные корпуса, жилые постройки. Окончательный перевод школы прошел в июле 1931 г. с перелетом авиационной части, на новое место. К этому времени уже был построен новый аэродром, а на Ейской осе – бетонные причалы и спуски, ангары, пункты управления и классы. Кроме того, в 1931 г. в обязательном порядке стало освоение парашюта, с которым моряки познакомились еще в Севастополе.
В 1934 г. школа выпускает первых штурманов широкого профиля. В 1935 г. в РККА вводятся персональные воинские звания, школу это тоже не обошло стороной: в ноябре того же года в учебном заведении состоялся первый выпуск лейтенантов.
На следующий год учебное заведение снова переименовывается. Новым названием стало Военная школа летчиков и летнабов морской и сухопутной авиации им. И.В. Сталина.
В 1937 г. наступает переломный момент, с этого дня школа стала Военно- морским авиационным училищем имени Сталина с передачей под командование Военно-морского флота.
К началу Великой Отечественной войны училище обладало 7-ю учебными эскадрильями: двумя бомбардировочными, четырьмя истребительными и одной морской, а впоследствии и двумя эскадрильями переподготовки и одной обучения «слепого самолетовождения». К концу лета 1941 г. начали поступать новые типы самолетов: Як-1, МиГ-3, Ил-2, ЛаГГ-3, Пе-2. Для прикрытия Ейского аэродромного узла и города от наступающих войск противника, была создана 9-я отдельная эскадрилья истребителей, которая смогла сбить до 30 самолетов противника.
Самара. У баржы «Евпраксия». Попытка организации полетов со снега, 1920 г.
Курсанты училища перед прыжком с парашютом с самолета ТБ-1, 1932 г.
В сентябре 1941 г. было принято решение о перебазировании училища, вместе с имуществом, личным составом и их семьями, в Моздок. Тогда удалось перебросить по воздуху 293 самолета (во время перелета был потерян лишь один УТ-1). Для получения боевых навыков, на фронт постоянно откомандировывались отряды инструкторов. Система обучения была подвергнута реорганизации: срок обучения сократился с 2 лет, до 5-10 месяцев, была урезана теоретическая часть. В это время до окончания училища, курсанты в среднем налетывали 15-20 ч.
В августе 1942 г. фашисты начали прорываться к Моздоку. Принимая эту ситуацию, училище вновь эвакуируют, в этот раз в село Борское Куйбышевской области. К весне 1943 г. систему обучения выровняли. На одних аэродромах летали на «партах» У-2 и УТ-2, на других аэродромах проходили более углубленную подготовку на И-16, Як-7, Ла-5. Был проведен эксперимент по подготовке летчиков сразу на боевые самолеты: курсантов в течении 20 летных часов вывозили на Як-7В. В систему обучения (с учетом боевого опыта) были введены сложный пилотаж, патрулирование, полеты строем, групповой воздушный бой. Указом Президиума ВС СССР от 24 июля 1943 г., за успехи в подготовке летных кадров, училище было награждено орденом Ленина.
В ноябре 1943 г. началась поэтапная передислокация летной школы домой, закончившаяся в мае 1944 г. Вернувшись в Ейск, авиаторы, не отрываясь от обучения курсантов, участвовали в противовоздушной обороне города, морских баз Азовского моря, помогали в восстановлении города. За тяжелые военные годы училище подготовило 3517 летчиков, 157 штурманов, в части морской пехоты и парашютно-десантных войск было отправлено более 400 курсантов. На базе ВМАУ сформировано 9 авиационных полков, 18 эскадрилий. На фронт было отправлено до 400 самолетов, более 300 летчиков из кадрового состава.
После окончания войны в системе организации учебы отказались от поточного обучения летчиков, необходимого для скорейшей подготовки как можно большего количества пилотов. Стране стали нужны высококвалифицированные кадры. В конце 1940-х гг. курсант учился уже 3 полных года с получением при выпуске квалификации «пилот-техник». На вооружение стали поступать самолеты новых типов, в том числе Як-18 и Ла-9 уже послевоенного выпуска. В 1946 г. вновь был образован морской учебный полк, в котором обучение проходило на самолетах МБР-2, Бе-4, «Каталина». В 1949 г. морской полк провел крайний выпуск, в последующем он был переучен на самолеты Ли-2.