С началом Великой Отечественной войны многие соединения и части, дислоцированные на Дальнем Востоке, были переброшены на Западный фронт. В их числе - 29-й Краснознаменный истребительный авиаполк. Приказом НКО от 5 июля 1941 г. полк по железной дороге передислоцирован в Свердловск, а в середине июля перелетел в Действующую армию Северо-Западного фронта составом 42 самолетов. 59 самолетов было сдано в ВВС Уральского военного округа. С 12 июля
полк вошел в состав 31-й смешанной авиадивизии, базировавшейся в районе Калинина (ныне Тверь). Управление полка, 1-я (9 И-16 тип 17, 4 И-16 тип 24) и 3-я эскадрильи (10 И-16 тип 24) дислоцировались на аэродроме До-мославль (район Вышнего Волочка). 2-я эскадрилья (10 И-153) дислоцировалась на аэродроме Торжок, 4-я (9 И-16 тип 24) - на аэродроме Будово (район Вышнего Волочка). Началом боевых действий полка, согласно Историческому формуляру, является 13 июля 1941 г.
Летчики полка выполняли, в основном, задачи прикрытия районов комплектования и сосредоточения частей 29-й армии - выполняли патрулирование на высоте 1000 - 2000 м над Вышним Волочком, станцией Бологое, Осташковом, Андреаполем, Селижа-ровом, Фирово, Торжком, Кувшиново. Первая победа в воздушном бою занесена на боевой счет полка 16 июля 1941 г. В этот день пикирующий бомбардировщик Ju-87 пулеметным огнем обстрелял аэродром Торжок. На перехват поднялся дежурный истребитель И-153, пилотируемый младшим лейтенантом И.Л. Юхимовичем. В 20-25 км южнее Селижаро-ва Юхимович нагнал и сбил самолет противника, один член экипажа которого выпрыгнул с парашютом. К сожалению, Ju-87 стал вторым самолетом, сбитым летчиками полка. В первый день боевых действий 13 июля командир полка капитан Д.К. Лешко и летчик А.В. Попов атаковали ДБ-ЗФ, ходивший по кругу над аэродромом. Бомбардировщик сгорел, члены экипажа успели покинуть самолет на парашютах. Первый блин вышел не садке капитан Лешко забыл выпустить закрылки, ушел на второй круг, но тут «обрезал» мотор. Самолет упал в лес, летчик получил переломы ноги и ключицы. 15 июля другой ДБ-ЗФ в районе Домославля обстрелял старший лейтенант Толмачев, но промахнулся.
С 13 по 22 июля 1941 г. полк потерял одного летчика и три самолета: два И-16 тип 24 разбиты, один И-153 отправлен на завод для ремонта. Погиб старший лейтенант М.И. Фошкин, погиб обидно… 18 июля летчик на И-16 тип 24 в составе пары (пилот второго истребителя младший лейтенант Журавицкий) атаковал в районе ж.д. станции Бологое два самолета «противника», которыми на самом деле являлись Пе-2 и МиГ-3. Видимо, причиной данного воздушного боя послужил МиГ-3, запомнить силуэт которого у пилота «Ишака» имелись веские основания: 14 июля самолета Фошкина был обстрелял именно пилотом МиГ-3. Тогда И-16 получил четыре пробоины. И вот теперь, Фошкин «увлекшись атакой врезался в землю». Не исключено, что атака Фошкина, к несчастью, оказалась результативной: Пе-2 все-таки получил повреждения, а при посадке на аэродроме Едрово скапотировал, после чего сгорел.
МиГ-3 перед боевым вылетом, зимой 1942-1943 гг.
И-153 получил повреждения при вынужденной посадке младшего лейтенанта П.Т. Радченко 22 июля по причине полной выработки горючего. Кстати, по причине полной выработки горючего в полку с 13 по 22 июля случилось четыре вынужденные посадки: «…молодые летчики увлекались догоном и, не имея возможности догнать самолет противника, по израсходованию горючего шли на вынужденную посадку».
Авиация противника в зоне ответственности полка в первую неделю боевых действий почти не появлялась, «производила преимущественно одиночные разведывательные полеты на высоте не ниже 4000 - 5000 м».
16 июля в командование полком вступил выпускник Командно-штурманской академии, участник боев на Халхин-Голе майор А.П. Юдаков.
К исходу дня 22 июля 1941 г. эскадрильи полка перебазировались на новые аэродромы: штаб полка (1 И-16 тип 24), 1 -я АЭ (9 И-16 тип 17) и 3-я АЭ (9 И-16 тип 24) - Андреаполь, 2-я АЭ (11 И-153 тип 34) - Дулово (район Селижарово), 4-я АЭ (9 И-16 тип 24) -Луги (Андреапольский район). Формально к этой дате полк состоял всего из двух эскадрилий, так как указанием Командующего ВВС Калининского фронта от 16 июля 1941 г. из 29-го Краснознаменного иап были выделены две эскадрильи и организовано два полка - 29-й Краснознаменный иап и 247-й иап. Однако уже в августе, приказом командира 31 -й сад от 14.08.41, часть личного состава и вся уцелевшая матчасть 247-го иап опять влилась в состав 29-го Краснознаменного иап. Основанием послужил приказ командующего Западным фронтом от 12 августа 1941 г. о переводе 29-го Краснознаменного иап на 3-х эскадрильный штат. 26 августа в состав полка прибыла эскадрилья из 139-го иап (6 И-1 6 тип 10, 1 И-16 тип 17).
С 23 июля по 30 августа 2-я эскадрилья базировалась в Андреаполе, 4-я - в Лугах. Полк с 22 июля по 30 августа работал в интересах 29-й и 22-й армий. Летчики полка сопровождали бомбардировщики, штурмовали войска противника в районе Демидов, Ве-лиж, Невель, Усмынь, Но-восокольники, озеро Щучье. Выполнялись полеты на прикрытие наземных войск в районах выгрузки и сосредоточения на станциях Старая Торопа, Западная Двина, на прикрытие сухопутных войск на переднем крае в районе Севастьянова, Петрово, Устье. Разведка противника велась в районе Усмынь, Велиж, Усвяты, а также на ж.д. станциях Невель, Великие Луки, Новосокольники. В воздушных боях было сбито 46 самолетов противника и один привязной аэростат. В журнале боевых действий полка указаны следующие типы сбитых самолетов противника (орфография сохранена): МЕ-109 - 12, МЕ-110 - 4, Ю-88 - 6, Ю-97 - 5, ХЕ-123 - 10, КАПРОНИ - 2, ПЗЛ-24 - 2, ХЕ-111 - 1, ДО-215 - 1. Рассеяно и уничтожено 10 мотомехколонн, две колонны кавалерии, две артиллерийских колонны, 11 цистерн с горючим, артиллерийская батарея, одна штабная палатка и легковой автомобиль. Штурмовки проводились группами от шести до 16 самолетов.