В 1966 г. к освоению Ту-124 приступила одна эскадрилья 604-го уап: В 1966 г. в училище были проведены экспериментальные полеты на Ту-124 с целью отработки бомбометания с предельно малых высот. В 1967 г. руководящий состав училища приступил к испытанию серийного учебного самолета Ту-124ш для обучения курсантов. За активное участие в разработке, испытание и внедрение в серийное производство самолета Ту-124ш, приказом МО СССР от 9 сентября 1967 г., объявлена благодарность и награждены денежной премией начальник училища генерал-майор авиации Бельцов, старший штурман училища полковник Выск, штурман 605-го уап майор Данилов.
В 1964 г. впервые лучшим выпускникам училища была присвоена квалификация «Военный штурман 3-го класса». Необходимо отметить, что с 1961 г. в училище проводилась подготовка штурманов-инженеров на заочном отделении, где обучалась большая группа штурманов из строевых частей, не имеющих высшего образования. На выпускных экзаменах штурманы-заочники показали высокую теоретическую подготовку и умение грамотно эксплуатировать авиационную технику. В связи с уточнением потребности в подготовке летных кадров в Челябинском высшем военном авиационном училище штурманов наряду с подготовкой летного состава по профилю Дальней и фронтовой авиации с 1964-65 учебного года была организована подготовка штурманов для авиации Военно-Морского Флота.
В 1966 г. командованию училища была поставлена задача по оказанию помощи в организации новых военных училищ для ВВС. Так для формирования Курганского высшего военно-политического авиационного училища и Ворошиловоградского высшего военного авиационного училища штурманов из Челябинска были направлены офицеры, которые составили в новых училищах костяк формируемых кафедр и способствовали быстрому становлению новых коллективов и выполнению задач по подготовке новых кадров для ВВС.
Самолет Ту-124Ш
9 мая 1975 г. у входа в училище установлен самолет Ил-28, состоялся митинг личного состава. На снимке участники Великой Отечественной войны, выпускники училища: Герой Советского Союза полковник Гунбин Н.А., полковник Брагин И.М., Герой Советского Союза генерал-майор авиации Яловой Ф.С., генерал- майор Сафонкин Н.К., полковник Савчившкин В.В., генерал-майор авиации Степин П.Н., генерал-лейтенант Башилов И. П., Герой Советского Союза генерал-майор авиации Лакатош В. П.
По инициативе Челябинского обкома ВЛКСМ и политотдела в январе 1966 года при училище на общественных началах создана школа «Юных космонавтов им. Г.С. Титова» в которой обучается 110 учащихся средних школ г. Челябинска. 2 августа 1966 года с неофициальным визитом училище посетил лётчик-космонавт Герой Советского Союза П.И. Беляев.
Наиболее тяжёлым происшествием явилась катастрофа самолёта Ил-28 12 января 1966 года в 909-м уап по причине грубого нарушения правил руководства полётами, в результате которой погибли лётчик-инструктор капитан Потманцев В.И. и штурман-инструктор лейтенант Сманцер М.Г.
Летную практику в 1967 г. проходили курсанты 2 и 3 курсов. Курсанты 2 курса – на самолетах Ли-2. Курсанты профиля ДА и ВМФ налетали по 26 часов 46 минут; курсанты профиля ФБА и ВТА налетали по 34 часа 43 минуты Курсанты 3 курса профиля ДА и ВМФ летную практику проходили на самолетах Ту-124 и налетали: ДА – 50 часов, ВМФ – 43 часа 20 минут. Профиль ФБА и ВТА летал на самолетах Ли-2. Курсанты профиля ФБА сделали по 10 полигонных бомбометаний. Курсанты 4-го (выпускного) курса профиля ВТА проходили летную практику на самолетах Ан- 12 и сдавали Государственные экзамены по летной подготовке при 7-й военно-транспортной авиационной дивизии в Мелитополе, налетав по 90 часов. С 1967 г., в связи с формированием Луганского ВВАУШ, в Челябинске прекратили готовить штурманов для ВТА.
В 1967 г. 909-й уап одной эскадрильей принимал участие в учениях Сухопутных войск Уральского военного округа, производя бомбометание по целям с малых высот боевыми бомбами ФАБ-250. За отличное выполнение задания Командующим войсками УрВО и авиации УрВО поощрены ценным подарком майор Балабердин и капитан Фадеев, 21 человек получил благодарность.
За заслуги в деле защиты Родины, высокие показатели в боевой и политической подготовке и в честь 50-летия Великого Октября училище было награждено Памятным знаменем ЦК КПСС, Президиума Верховного Совета СССР и Совета Министров СССР, которое оставлено на вечное хранение. За высокие показатели, достигнутые в социалистическом соревновании, и в ознаменование 50-летия ВЛКСМ, приказом Министра обороны СССР училищу было присвоено почетное звание – имени 50-летия ВЛКСМ, К концу шестидесятых годов в частях ВВС сложился некомплект штурманского состава. В 1968 г. эскадрилья самолетов Ли-2 604-го полка была перевооружена самолетами Ту-124ш, а в 1969 г. училище получила дальние бомбардировщики Ту-16, поступившие на вооружение двух эскадрилий 605-го уап. С 1970 г. курсантов-штурманов профиля ДА начали готовить на Ту-16. Полностью перевооружение 605-го полка самолетами Ту-16 (четыре эскадрильи) завершилось в июне 1970 г.; полк был перебазирован в Каменск-Уральский.