В 1989 г. в училище были расформированы 108-й авиационный полк и части обеспечения, дислоцирующиеся в городе Шадринске. Сложным для училища стал 1990 г.: серьезные изменения общественно-политической обстановки в стране наложили отпечаток на работу всего личного состава училища. Директивой Главного штаба ВВС в 1992 г. продолжилось сокращение частей училища – был расформирован 607- й учебный авиационный полк и части обеспечения на аэродроме Упрун. В 1995 г. расформировали две эскадрильи учебного авиационного полка авиагарнизона Шагол, в 1998 г. – батальон курсантов и 605-й учебный авиационный полк с частями обеспечения в городе Каменск-Уральск, а также авиационный полигон в Туринске.
Слушатели ЧВВАУШ из Алжира на занятиях
Занятия по навигации
Курсанты набора 1989 года (1 курс) по профилям не распределялись, с ними проведены занятия по двухмесячному курсу общевойсковой подготовки. Летную практику курсанты 3 и 4 курсов обучения проходили в авиационных полках училища, курсанты 2-го курса – в учебных авиационных полках Оренбургского и Тамбовского ВВАУЛ. Курсанты 1-го курса выполнили по одному ознакомительному полету на самолете Ту- 134ш. Средний налет курсантов 2-го курса на самолетах Ту-134УБЛ – 82 часа, 3-го курса на самолетах Ту-134LLI – 80 часов. Курсанты 4-го курса специализации ДА в количестве 184 человек, ФБА – в количестве 98 человек выполняли полеты на самолете Ту-134ш с налетом 75 часов; курсанты 4-го курса специализации МРА в количестве 98 человек выполняли полеты на самолете Ту-16 с налетом 79 часов на курсанта.
В 1990 г. курсанты набора 1990 года уже были распределены по профилям, с ними проведены занятия по двухмесячному курсу общевойсковой подготовки. Летную практику курсанты 3-го и 4-го курсов обучения проходили в авиационных полках училища, курсанты 2-го курса в учебных авиационных полках Оренбургского и Тамбовского ВВАУЛ. Практика курсантов 3-го курса была организовано на аэродроме Шагол составом 12-15 человек в летной группе; летнОе обучение на четвертом курсе проводилось на аэродромах Каменск-Уральский (профиль ДА и МРА) и Упрун (профиль ФБА); состав летной группы 2-4 человека. Курсанты 1-го курса выполнили по одному ознакомительному полету на самолете Ту-134ш. Средний налет курсантов 2-го курса на самолетах Ту-134 УБЛ составил 81 час, 3-го курса на самолетах Ту-134ш – 85 час. Курсанты 4-го курса специализации ДА и ФБА выполнили полеты на самолете Ту-134ш с налетом 75 часов, кроме того 82 человека проходили стажировку в частях дальней авиации с налетом 60 часов на самолете Ту-16 и МРА в частях ВВС морской авиации с налетом 60 часов на самолете Ту-95. В октябре 1991 года произведен выпуск штурманов-инженеров для ВВС в количестве 317 человек, из них 87 штурманов было подготовлено для ГВФ. 6 человек училище закончили с отличием.
В 1993 г. была изменена программа подготовки курсантов. При этом курсанты с 1-го по 3-й курс занимались только теоретической подготовкой. Курсанты 4-го курса, сдав комплексный государственный экзамен по тактической и тактико-специальной подготовке, с июля по сентябрь проходили войсковую стажировку и летную практику в строевых частях ВМФ и ДА. Выпуск состоялся в октябре. В этом же году была успешно решена задача по переподготовке 63-х офицеров-летчиков на штурманскую специальность.
Работа курсанта с бомбардировочным прицелом
Летная практика в салоне Ту-134Ш
В 1994 г. выпуск штурманов из училища не производился в связи с переходом на пятилетнее обучение курсантов. Курсанты 1, 2, 3 и 4 курсов в этом учебном году занимались только теоретической подготовкой, курсанты 5-го курса наряду с теоретической подготовкой выполняли планы летной подготовки в учебных авиационных полках училища. Такая подготовка осуществлялась вплоть до 1997 г. В 1995 г. в основные подразделения (роту курсантов) были включены курсанты – военнослужащие СНГ (Республики Казахстан).
В 1996 г. во время празднования 60- летия училища в небе над ЧВВАКУШ на бреющем полете впервые пролетели современные боевые машины: Ту-160, Ту-22МЗ, Ту-95МС.
В связи с переформированием с 1 января 1997 года Управления Командующего резерва и подготовки кадров в Управление Военно-Воздушных Сил Приволжского военного округа, Челябинское военное авиационное училище штурманов включено в состав ВВС ПриВО. В 1997 учебном году в училище проходили летное обучение 321 курсантов- штурманов 4 и 5 курсов, из них 128 курсантов 4 курса, 193 курсанта 5 курса, средний налет за период обучения составил 51 час и 120 часов, соответственно. Подготовка осуществлялась в соответствии с Курсом учебно- летной подготовки. 75 курсантов прошли войсковую стажировку и летную практику с 9 января по 24 апреля 1997 г. в частях ВВС РФ. По результатам стажировки средний налет на курсанта составил 100-120 часантов по профилю истребительной авиации ПВО на базе самолёта МиГ-31.
В 1998 г. Челябинское высшее авиационное Краснознаменное училище штурманов имени 50-летия ВЛКСМ переименовано в Краснознаменный филиал Балашовского военного авиационного института. До 1998 г. 604-й уап учебный авиационный полк работал составом 2-х авиационных эскадрилий, в июне была сформирована третья авиационная эскадрилья на самолетах Ту- 134ш.