Холбрук завершил свою миссию в начале октября, а 20 числа вступило в силу перемирие между сербами, хорватами и боснийцами. Через месяц были подписаны Дейтонские соглашения, положившие конец войне и открывшие сухопутным войскам НАТО дорогу на Балканы. 20 декабря 1996 г. считается днем создания сил IFOR, 5-е тактическое авиационное командование стало воздушной компонентой IFOR. Самолеты НАТО продолжали патрулировать воздушное пространство Боснии в целях предотвращения возможного проявления активности авиации недавних противников. Самолеты НАТО следили за соблюдением Дейтонских соглашений и были готовы оказать при необходимости поддержку контингенту IFOR.
За время войны в Боснии ВВС Республики Сербской выполнили 17 300 вылетов (боевых и небоевых). Вертолеты перевезли 15 880 пассажиров, 4029 раненых и 910 т грузов. На боевой работе вертолетов введение « No-fly zone» практически не отразилось. Боевые потери составили пять истребителей-бомбардировщиков «Орао» (только три потери боевые), шесть «Ястребов» (пять сбиты, один столкнулся с горой в полете на сверхмалой высоте при выполнении боевого задания), три вертолета -два Ми-8 и «Газель». Еще несколько вертолетов получили повреждения от огня МЗА и пулеметов. Силы ПВО Сербской Краины сбили три самолета НАТО («Си Харриер» авиации ВМС Великобритании, F-16C ВВС США и «Мираж-2000К1» ВВС Франции), пять беспилотных летательных аппаратов, два истребителя МиГ-21 ВВС Хорватии, украинский Ан-26 (самолет пытался доставить оружие боснийцам в районе Бихача), боснийский вертолет Ми-17.
Одна страна, две армии
После окончания Боснийской войны и подписания в конце 1995 г. Дей-тонских мирных соглашений на территории Боснии и Герцеговины образовались две местные армии; вооруженные силы Боснийской и Хорватской федерации (Vojske Federalije) и вооруженные сипы Республики Сербской (Vojska Republika Srpska). Согласно соглашениям все полеты были запрещены, за исключением перелетов вертолетов с площадок, на которых их застало новость о прекращении войны, в места постоянной дислокации. Для выполнения тренировочных полетов разработали специальную процедуру. Время, маршрут и профиль каждого полета предварительно проходил согласование в штабе SFOR минимум за 72 ч до запланированного времени взлета. Первый учебный полет самолета ВВС Республики Сербской после окончания военных действий состоялся 25 апреля 1996 г.
Численность боевой компоненты ВВС боснийских сербов была ограничена 21 самолетом и семью противотанковыми вертолетами. На момент окончания войны в ВВС имелось 23 истребителя-бомбардировщика. С двух машин под контролем офицеров SFOR были демонтированы пилоны, предназначенные для подвески вооружения, а самолеты переклассифицировали в учебно-тренировочные. С «дополнительных» «Газелей/Гам» сняли пилоны и лазерные дальномеры-целеуказатели. Из-за ограничений, наложенных SFOR, и недостатка финансирования реактивные самолеты в воздух практически не поднимались. В 1997 г. посол США в Сараево Чарлз Кроуфорд сообщил, что общий налет всех реактивных самолетов ВВС Республики Сербской составил всего 2 часа.
Первые крупные учения вооруженных сил Республики Сербской, к которым привлекались ВВС, прошли 28 октября 1998 г, на полигоне Маняеца, В учениях «Sadejstvo» («Содействие») приняли участие сухопутные войска численностью до бригады, включая танки Т-55 и БМП М-90, Авиация была представлена двумя самолетами SOKO J-22 «Орао» и двумя самолетами J-21 «Ястреб». На учениях присутствовали представители ОБСЕ. По их словам, самолеты не несли практических авиабомб (их использование на учениях запрещено действующими по отношению к Республике Сербской соглашениями), однако проход истребителей-бомбардировщиков на малой высоте выглядел впечатляюще.
В мае 1998 г. 92-я авиационная бригада стала именоваться «892-й», а войска в целом - «Ratno vazduhoplovstvo protiwazdushna odbrana».
Полученные Боснией из США вертолеты UH-1H используются, в том числе, и в качестве поисково-спасательных
На протяжении всей воздушной кампании НАТО против Югославии в 1999 г. в воздух не поднялся ни один из летательных аппаратов этих ВВС, а накануне войны «союзники» предприняли ряд мер, направленных на недопущение «дезертирства» ветеранов воздушной войны над Боснией из числа лиц сербской национальности в Югославию.
Кооперация между ВВС Республики Сербской и ВВС Югославии была самой тесной. Тесной настолько, что впору говорить о единых ВВС. До 28 февраля 2002 г. все офицеры и сержанты ВВС Республики Сербской одновременно проходили службу в 30-м Центре личного состава вооруженных сип Югославии! Подготовка офицерского состава велась в Военной академии вооруженных сил Югославии в Белграде. Достаточно тесные связи поддерживались с ВВС Греции и минимальные - с ВВС Боснии и Герцеговины.
К серьезным изменениям во внешнеполитической ориентации ВВС боснийских сербов привел ряд скандалов, имевших место в 2002 Г. В мае инспектора SFOR обнаружили, что средства радиотехнической разведки вооруженных сил Республики Сербской вели прослушивание переговоров иностранных вооруженных подразделений, а в октябре разразился скандал, связанный с нелегальным ремонтом двигателей для истребителей МиГ-21 и МиГ-23 ВВС Ирака. Командование ВВС после этих скандалов заменили. Новое руководство под давлением Вашингтона взяло курс на интеграцию ВВС боснийских сербов в ВВС Боснии и Герцеговины, точнее -на их ликвидацию. В целом руководство сербских ВВС ничего не имело против интеграции на стратегическом уровне, но хотело оставить за собой «тактическую автономию».