Начиная с 1962 г. ракеты КСР-2 и КСР-1 1 сменили в серийном производстве ракеты КС.
Развитие и совершенствование средств нападения вероятного противника выдвинуло на одно из первых мест требование к мобильности авиационных частей. Взвесив, в пределах своего разумения различные факторы, пришли к тривиальному выводу, что базирование авиации и, в частности, МРА должно обеспечивать возможность нанесения ударов по целям на возможно большем удалении от побережья и в то же время обеспечить наименьшую уязвимость частей на аэродромах.
Поскольку требования были прямо противоположными, пришлось выбирать компромиссный вариант. Выглядело это так: аэродромы МРА располагать в прибрежной зоне на расстоянии 200-300 км от воды и в удалённых районах – до 1500 км. При этом исходили из предположения, что аэродромы постоянного базирования в прибрежной зоне противнику известны, необходимая для их функционирования живучесть не обеспечивается,
поэтому следует расширять сеть запасных и полевых аэродромов. Однако для содержания полевых аэродромов в готовности на них пришлось построить командные пункты, хранилища для ракет, склады горюче-смазочных материалов, помещения для технико-эксплуатационной части, укрытия для личного состава и ряд других помещений, не считая хозяйственно-бытовых. И такие сооружения возводились, подводились линии связи, коммуникации, создавались комендатуры, которые должны были находиться на аэродромах постоянно и охранять их.
По принятым (неизвестно кем придуманным) нормам считалось, что каждый мрап должен иметь не менее двух полевьх аэродромов, предпочтительно с твердым покрытием. Исходя из этих соображений каждой МРАД из двух полков, следовало иметь пять-шесть аэродромов. Это было настолько несбыточным, что постоянно подвергалось сомнениям, неоднократно выдвигались предложения о строительстве укрытий для самолётов.
Учитывая наличие запасных грунтовых аэродромов в 1960-1980 г. части приступили к обучению лётного состава полётам с них.
На основании данных испытаний длина разбега самолёта Ту-16К с максимальным взлётным весом и подвешенной ракетой К-ЮС с грунтового аэродрома достигала 2000-2500 м.
Взлёт самолётов Ту-16КС обеспечивался только с использованием тяги запущенных двигателей ракет КС и длина разбега при взлётном весе 74 700 кг составляла 2300-2400 м. При взлёте с одной ракетой КС и слабом ветре длина разбега увеличивалась до 2500-2600 м.
Штабы авиации флотов постоянно изыскивали меры, направленные на снижение сроков подготовки МРА к вылету по тревоге. За первые десять лет освоения ракетных комплексов сроки подготовки мрап сократились в четыре-пять раз и достигли своеобразного критерия: три вылета составом дивизии в ракетном варианте в течение тридцати шести часов. Кроме того, удалось настоять, чтобы численность штатных экипажей в мрап увеличить на 15 % по сравнению с количеством самолётов.
Основные усилия командования и штабов были направлены на совершенствование тактики боевых действий МРА и, в первую очередь, на сокращение размаха залпа, обеспечение дохода ракет. Первоначально в авиации всех флотов отрабатывался полёт ракетоносцев к цели в рассредоточенных боевых порядках, несколькими параллельными маршрутами, с использованием для контроля места самолётов в боевых порядках станций наведения ракет. Вне зоны средств ПВО кораблей производилось маневрирование, чтобы создать условия для одновременного пуска ракет. Рассматривался также способ нанесения последовательных ударов через определённые промежутки времени. Изучался и способ действий «свободная охота».
К этому времени уже сложились более-менее обоснованные требования к обеспечению МРА. Пришли к выводу о необходимости предусматривать различные тактические группы, как ударные, так и обеспечения (доразведки и наведения, уничтожения и подавления кораблей радиолокационного дозора, демонстративных действий и др.). Для нанесения удара с необходимой плотностью и обеспечения развертывания частей в заданные секторы и направления атаки было принято назначать рубеж (зону) боевого развертывания авиационных полков и ударных групп.
Истребительное прикрытие самолётов МРА на полный радиус ее действия обеспечить невозможно, поэтому экипажам приходилось рассчитывать только на свои силы. В связи с этим обратили внимание на оборудование самолётов средствами РЭБ.
В начале 1960-х годов части 5-й мрад авиации СФ имели на вооружении всего по одному самолёту Ту-16Е, оборудованному устаревшими неавтоматическими станциями шумовых помех и автоматом сбрасывания дипольных отражателей семи кассетного варианта, а также до трёх Ту-16Т снабжённых автоматами сбрасывания четырех- кассетного варианта.
Не лучше обстояли дела в авиации других флотов. Подобное положение посчитали ненормальным и решили оборудовать 30 Ту-16Т станциями шумовых прицельно-заградительных помех. Однако из-за несвоевременной поставки аппаратуры произошла задержка и к середине 1963 г. оборудовали только 18 Ту-16Е опять таки устаревшими СПС. Основным способом их применения считалось размещение впереди боевых порядков тактических групп на временных интервалах 2-5 мин и с превышением 300-600 м. По опыту учений самолёты-постановщики сводились в группы обеспечения из трёх-четырёх самолётов, следовавших в боевом порядке "пеленг" с интервалом по фронту 1500-2000м.