За сокращением штатов, под различными предлогами, неминуемо наступал период, когда снова происходило их расширение. Некоторые иллюстрировали это так. Забор вокруг дома плотно заняла стая ворон. Из дома выходит человек
и взмахивает палкой. Стая взмывает, некоторое время с возмущёнными криками носится в воздухе. Дождавшись закрытия дверей, вороны вновь рассаживаются по своим местам. Сокращения и расширения проходили примерно по такой схеме, только старые заслуженные вороны, боявшиеся, разучившиеся или не умевшие каркать по-современному, иногда заменялись более молодыми. Однако процесс этот особой логикой не отличался, и всё отдавалось на откуп руководства. Следует отметить, что служба в крупных штабах не была столь радостным событием, как многим кажется, несмотря на некоторые привилегии. Это видно из следующего: в штабе ВВС и отделах рабочий день начинался в 10-11 ч и координировался в соответствии с прибытием в Кремль И.В. Сталина. Его окончание также зависело от этого всесильного и короткого на расправу руководителя. По каналам связи передавалось сообщение о его убытии на отдых, и все вздыхали с облегчением. Рабочий день ограничений по времени не имел, выходные и праздничные дни не всегда соблюдались, даже День Победы стал считаться нерабочим днём только в 1964 г.
Если в штабах и управлениях иногда удавалось ограничиваться перестановками и передвижками, то аморфную систему ВВС флотов следовало привести в соответствие с послевоенными задачами. Во время войны, под предлогом лучшей организации взаимодействия с силами флота, изменялись имеющиеся формирования, создавались новые и т.п. В итоге сложилась довольно сложная, запутанная и, как уже отмечалось, плохо управляемая организация. Задача руководства состояла в том, чтобы её упростить, сделать более управляемой. Начались сокращения, впрочем, руководство морской авиации не всегда выступало их инициатором, отдавая отчёт; чем внушительнее организация, тем выше статус и штатно-должностные оклады и категории.
К середине 1946 г. морская авиация состояла из ВВС пяти Военно-морских флотов: Северного, Северо-Балтийского, Юго-Балтийского (решением Советского правительства от 25 февраля 1946 г. из состава БФ сформированы Юго-Балтийский и Северо-Балтийский флоты, которые с января 1947 г. переименованы в 8 и 4 ВМФ), Черноморского и Тихоокеанского; шести флотилий: Днепровской, Дунайской, Каспийской, Камчатской, Сахалинской, Амурской; авиации морских районов: Кольского, Беломорского, Владивостокского, Южного (Гензан, Северная Корея), кроме того, существовала авиация Порт-Артурской ВМБ и 389-я смешанная авиационная дивизия.
Непосредственно в распоряжении Главного штаба ВМС находилась 19 мтад, командования ВВС ВМС – 65-й тап на аэродроме Измайлово в Москве (впоследствии на месте ликвидированного аэродрома построили Щелковский универмаг); 39-я авиационная эскадрилья ночных бомбардировщиков на самолётах «Бостон» в Сарабузе (Крым), 11-е авиационное звено при училище ПВО в Таганроге, 20-е учебно-артиллерийское авиационное звено при училище береговой обороны ВМС в Риге.
Управлению инженерно-авиационной службы ВВС ВМС подчинялся находившийся в Риге Лётно-испытательный институт ВВС ВМФ, преобразованный в 1 947 г. в Научно-испытательный институт №15 ВМФ ( НИИ №-15 ВМФ), и 33-й отдельный авиатехнический батальон.
В боевом составе ВВС флотов и Сахалинской флотилии числилось 10 полков штурмовой авиации. Почти сразу после войны началось их сокращение. Они родились в огне войны и после её окончания оказались ненужными. Не миновала такой же участи и разведывательная авиация, нельзя же было всерьёз считать МБР-2 самолётом-разведчиком.
Тихоокеанский флот в январе 1947 г. разделили на две неравные части и назвали их 5-м и 7-м Военно-морскими флотами. Командующим ВВС 5-го ВМФ остался генерал-лейтенант авиации Е.Н. Преображенский, командующим ВВС 7-го ВМФ назначили генерал-май- ора авиации И.Т. Шарапова, до этого исполнявшего должность начальника Военно-морского авиационного училища в Николаеве. Таким образом, количество флотов, а следовательно и ВВС флотов, увеличилось до шести.
Военно-воздушные силы Днепровской военной флотилии (эскадрилья связи, место базирования Фюрстенберг); ВВС Дунайской флотилии (отдельный авиационный отряд, Будапешт) расформировали в 1947 г. На ВВС эти мелкие подразделения явно не тянули, так как состояли из самолётов По-2 и Ут-2, использовались для связи, и с их сокраще- нием боевые возможности морской авиации не пострадали.
В 1948 г. прекратили существование ВВС Каспийской военной флотилии (79-я отдельная ближнеразведывательная эскадрилья на МБР-2 в Баку и 19-й авиаотряд); авиация Кольского, Беломорского, Владивостокского, Южного морских районов. Авиация Порт-Артурской ВМБ продержалась до 1954 г., а затем её части пополнили ВВС 5-го флота и СФ.
После войны приступили к строительству и восстановлению служебного и жилого фонда, обживались новые места базирования. Подобная участь миновала ВВС 5-го ВМФ, который мест базирования не менял, сложнее было с ВВС 7-го флота и авиацией Западных флотов, которые осваивали новые места базирования.