Работа с ядерным снаряжением ракет занимала должное место в боевой подготовке, однако в полках всегда велась с использованием специальных имитаторов и учебно-боевых изделий, оснащенных всеми необходимыми системами, но без ядерного заряда, позволяя отработать все операции по подготовке и применению спец-БЧ.
При выполнении зачетных пусков X-20М комплектовались учебной БЧ с фугасным зарядом, дававшим заметный взрыв и «отметину» на месте падения, позволявшую судить о точности поражения цели. В ходе боевой подготовки с января по октябрь 1962 года экипажи Ту-95К произвели 19 пусков X-20М, из которых 15 были признаны успешными. Ко времени принятия на вооружение К-20 являлась вполне эффективной системой. По тогдашней оценке, вероятность перехвата крылатой ракеты силами истребителей ПВО не превышала 0,02…0,05%, это подтверждали и проведенные ученья с пуском реальной Х-20, прошедшей через зону объектовой ПВО над одним из полигонов. Даже после ее обнаружения РЛС не удалось осуществить наведение зенитных ракет и перехватчиков на сверхзвуковую высотную цель - в передней полусфере те были неэффективны, а вдогон настичь скоростную ракету не представлялось возможным.
Вместе с тем уже через несколько лет возможности К-20 выглядели недостаточными. В первую очередь это было обусловлено растущим уровнем ПВО, насыщавшейся зенитными комплексами зональной обороны с большой дальностью и высотностью, а также сверхзвуковыми истребителями, способными перехватывать и самолеты-снаряды, и сами ракетоносцы на удаленных рубежах до 1000-1200 км. Задачи поражения стратегических целей отходили к межконтинентальным баллистическим ракетам, выглядевшим тогда абсолютным оружием. В декабре 1959 года были образованы РВСН, куда согласно Приказу МО СССР от 31 декабря 1959 года и директиве ГШ ВВС из прежних 18-й, 48-й и 50-й ВА ДА были переданы ракетные части, соединения и два управления армий. По мере постановки частей РВСН на боевое дежурство к ним стали отходить многие задачи ДА,
Находившиеся в строю ВВС полки с системой К-20 во все большей степени ориентировались на решение задач на море - поражение военно-морских баз и охоту за АУГ. Обеспечивая их выполнение, экипажи ракетоносцев привлекались также к ведению разведки на море, действуя в паре с разведчиками Ту-95МР. В ходе эксплуатации комплекса удалось снизить время подготовки и трудоемкость. Пуски по морским целям выполнялись на Каспии, где полигон с соответствующим телеметрическим и трассологическим оборудованием обеспечивал контроль за полетом ракет (при необходимости, в случае отказа и схода с траектории, - их подрыв). Случалось всякое - однажды в 1983 году, после десятилетней эксплуатации комплекса, ошибка экипажа при тактическом пуске привела к непроизвольному сбросу ракеты. Та сошла с подвески с работающим двигателем и, догнав самолет, ударила его в фюзеляж. Экипаж успешно добрался домой на поврежденном самолете, а Х-20М рухнула в море, где ее потом долго и безуспешно искали моряки Каспийской флотилии.
Надежность комплекса по мере службы росла, достигнув приемлемого уровня. При последних стрельбах, проведенных в 1006-м ТБАП в 1987 году, из пущенной дюжины ракет все отработали штатно, поразив условные цели на полигоне. Однако это был уже прощальный аккорд - боевая эффективность комплекса К-20, созданного по требованиям 1954 года, выглядела малоутешительной, а шансы выполнения реальной боевой задачи в условиях современной ПВО, оснащенной системами раннего обнаружения, воздушными пунктами ДРЛО, новейшими ЗРК и перехватчиками (а палубные «Томкэты» с ракетами «Феникс» появились именно в ответ на угрозу советских ракет) -совершенно несостоятельными.
Тем не менее со списанием Ту-95К не торопились - долгое время дальним машинам с ракетами воздушного базирования не было полноценной замены. Основной упор делался на развитие других составляющих ядерной триады, а в создании стратегических самолетов и ракетного вооружения для них качественные перемены произошли лишь в начале 80-х годов, когда на вооружение поступили крылатые ракеты большой дальности Х-55. Часть Ту-95КМ, пройдя переоборудование под более современный комплекс К-22, осталась в строю. Продолжали числиться в составе ВВС и прежние Ту-95К - к осени 1990 года полтора десятка таких машин находились в Украинке, еще один оставался в Узине. Эти самолеты пошли на слом только после подписания Договора о стратегических наступательных вооружениях СНВ-1 в 1991 году. Тем самым, срок службы комплекса К-20 в ВВС составил более 30 лет.
Их зарубежные аналоги сошли со сцены много раньше. Американская крылатая ракета AGM-28 «Хауннд Дог», принятая на.вооружение практически одновременно с Х-20, во многом была подобна отечественному самолету-сна
ряду. «Хаунд Дог» оснащался ТРД в подфюзеляжной гондоле и нес мега-тонную БЧ. Однако более компактное высокотехнологичное оборудование позволило ограничить массу ракеты 4600 кг, обойдясь бесфорсажным двигателем и меньшим запасом топлива. Удачное решение заряда Мк-28, весив-шиго чуть более тонны, при всего лишь 50-см поперечном размере, обеспечило при этом дальность в 1250 км и скорость, более чем вдвое превышавшую звуковую. Основным преимуществом «Хаунд Дога» была современная инер-циальная система наведения, обеспечивавшая большую дальность и автономность (участие носителя завершалось на этапе ввода целеуказания и астрокоррекции).