Бортовой аппаратурой самолета- снаряда «Комета-1» (К-1) занималось СБ-1, являвшееся и ответственным исполнителем по системе в целом. Постановлением правительства предусматривались жесткие сроки создания системы – уже через год, осенью 1948 года, надлежало представить проект аппаратуры носителя и снаряда, а к концу года – и системы в целом. В СБ-1 был сосредоточен сильный конструкторский коллектив, включавший ряд репрессированных «инженеров-вредителей» (к которым в свое время принадлежал и сам Куксенко), а также вывезенных из Германии специалистов. Применение нашли также трофейные разработки, образцы аппаратуры и агрегатов, в первую очередь, рулевые приводы, автопилоты, радиолокационная и электронная техника (благо, в советской зоне оккупации в числе 600 авиационных предприятий оказались и 15 ведущих в этих направлениях заводов: «Сименс», «Цейс», AEG и «Аскания», откуда в адрес ЦАГИ вскоре отправили целый эшелон с образцами высокотехнологичной аппаратуры).
Вместе с тем, доведенной и работоспособной системой радиолокационного наведения немцы не располагали, лишь собираясь внедрить ее в ракетах А-4 (ФАУ-2) и «Вассерфаль», и весь объем разработок со всей степенью новизны и технического риска предстояло осуществить создателям «Кометы». Под стать государственной важности задания были и меры секретности: привлекавшиеся к проекту специалисты предупреждались, что разглашение будет пресекаться без суда и следствия.
Бортовая аппаратура самолета- носителя «Комета-2» (K-II) создавалась на основе РЛС «Кобальт» – практически единственного тогда на вооружении «бомбардировочного» радиолокатора, представлявшего собой американскую станцию AN/APQ-13, заимствованную с В-29, освоенную и производившуюся Ленинградским электромеханическим заводом. Она работала в 3-см диапазоне и позволяла обнаруживать крупные цели с дальности до 100 км, определяя координаты с точностью +100 м по дальности и ±2 град, по азимуту, ее плоская веерная диаграмма обеспечивала одинаковую интенсивность облучения поверхности на всех дальностях, а для более контрастного выделения объекта использовался наклон антенны по вертикали. Однако «в оригинале» РЛС служила для самолетовождения и бомбометания, и ее доводкой с дополнительным осуществлением формирования фокусированного луча в режиме наведения занялся НИИ-17 В.В.Тихомирова, ведавшего в МАП радиолокационной тематикой. С марта 1949 года и эта часть проекта была сосредоточена в центральном СБ-1 (в августе 1951 года переименованном в КБ-1 Министерства вооружения).
Собственно «ракетная» часть системы «Комета-3» (К-1 II) поначалу поручалась ОКБ-51 В.Н.Челомея, представившему проект самолета-снаряда 14ХК1 с пульсирующим ВРД – развитие «ФАУ-1» с автопилотом «Аскания» и радиолокационной аппаратурой. Однако его уровень и характеристики выглядели уже совершенно бесперспективными, и с августа 1948 года все работы были переданы в ОКБ-155 А.И.Микояна.
Как и СБ-1, «фирма» Микояна тогда находилась на подъеме, располагая ощутимой поддержкой и демонстрируя незаурядные успехи в создании новой техники (к тому же, она располагалась буквально в квартале от «конторы» младшего Берия). В ОКБ-155 параллельно обычному самолетному направлению была открыта тематика «Б» по работе над беспилотной техникой под руководством М.И.Гуревича.
За основу самолета-снаряда вначале была взята схема самолета МиГ-9 с одним двигателем РД-20 с реданным расположением и подфю- зеляжным воздухозаборником. Изделие стартовой массой 2600 кг должно было иметь среднерасположенное крыло со стреловидностью 35 град. Роль носителя отводилась Ту-4, который мог нести два таких снаряда, а 210 л топлива обеспечивали «Комете» дальность до 190 км (с запасом против заданной).
Однако конструкция прототипа-истребителя к тому времени уже морально устарела, а тяга двигателя была недостаточной. Вместо отжившего свое РД-20 (BMW003) для самолета- снаряда приняли надежный, легкий и вдвое более мощный РД-500 тягой 1490 кг, обещавший значительное улучшение характеристик. Новый проект по схеме практически повторял удачный истребитель МиГ-15, заимствуя не только аэродинамические решения, но и отлаженные технологии, и конструктивно-силовую схему, что обещало (разумеется, при внесении необходимых изменений) решение многих проблем при постройке самолета-снаряда. Изделие, получившее индекс «КС» («Комета-снаряд» или «крылатый снаряд»), внешне выглядело уменьшенным вдвое МиГ-15, но отличалось объемистыми обтекателями антенных блоков, крылом с большей стреловидностью 55 град, с увеличенной удельной нагрузкой – самостоятельно взлетать и садиться ему не приходилось, да и маневренные режимы не были характерными. «КС» обладал аналогичными самолету органами управления – элеронами и рулями, но без закрылков и тормозных щитков.
Микояновское ОКБ-155 было крайне загружено основной «истребительной» тематикой и, с целью налаживания работ по самолетам-снарядам, постройки опытной серии и освоения производства, в соответствии с Постановлением СМ СССР от 1 сентября 1951 года эти задачи передавались на подмосковный завод № 1 в г.Иваньково (ныне Дубна), где в то время завершалась работа вывезенных из Германии специалистов и освобождались производственные площади. Приказом МАП там был организован филиал № 2 ОКБ-155, руководителем которого стал Я.И.Березняк. В состав филиала поначалу вошло всего 20 человек, тут же был сформирован серийно-конструкторский отдел В.С.Демидовича, организовано привлечение кадров и оборудования.