К важным конструктивно-технологическим особенностям самолета "98" можно отнести широкое использование в конструкции планера элементов выполненных из длинномерных профилированных панелей. Прежде всего они были использованы в конструкции крыла для образования мощного центрального кессона. В крыле были применены прессованные совместно со стрингерами панели из алюминиевого сплава, которые вместе с двумя лонжеронами образовывали кессон. В ходе отработки технологии изготовления подобных панелей, конструктора, прочнисты и технологи ОКБ столкнулись с большими трудностями. Панели из-за малой относительной толщины крыла (по сравнению с предыдущими конструкциями ОКБ) были необычно высоко нагружены, что впервые потребовало применения обшивки с толщиной доходившей до 8-10 мм. Возник вопрос о конструкции панели и в первую очередь о силовой связи стрингеров с обшивкой такой толщины. Моделирование и расчеты, проведенные в ОКБ с различными толщинами обшивки и размерами стрингеров, показали, что для крепления стрингеров без существенного перетяже- ления панели нужны дюралевые заклепки малых диаметров, для которых в авиапроме нет необходимого оборудования. Это обстоятельство заставило пойти по новому смелому пути: внедрить новый технологический процесс, при котором панель прессовалась целиком вместе со стрингерами.
Реализацией этого предложения стало прессование панели в виде трубы, с последующим разворачиванием ее в требуемую поверхность панели крыла или фюзеляжа. Одним из достоинств такой технологии было резкое снижение трудоемкости изготовления планера самолета, так как при этом исключался большой объем клепальных работ. Для того чтобы при разворачивании трубы в панель "не рвать стрингера", приняли решение делать их с внешней стороны трубы. После необходимых отработок и проверок, в ходе которых было подтверждено, что данная технология не влияет на прочность панелей, она была принята для самолета "98", а затем для опытного самолета "105" и серийных Ту-22 (" 105А").
Впервые в практике ОКБ на самолете "98" было предложено использовать кормовую дистанционную пушечную установку, управление которой должен был осуществлять штурман-оператор из кабины экипажа. Специально для самолета "98" под руководством А.В.Надашкевича (Зам. А.Н.Туполева по вооружению) и Главного конструктора И.И.Торопова, возглавлявшего специализированное ОКБ по системам самолетного вооружения, была спроектирована и построена кормовая дистанционная установка под две пушки типа AM-23. Установка ДК-18 в обтекателе монтировалась под килем самолета, боекомплект установки на самолете составлял 300 снарядов (по 150 на ствол). Прицеливание осуществлялось с помощью радиолокационного прицела ПРС- 1 "Аргон", антенный блок которого был размещен на вершине киля в его задней оконечности. Помимо кормовой установки, в передней части фюзеляжа, справа по борту снизу монтировалась неподвижная пушка AM -23 с боекомплектом на 50 снарядов. Огонь из носовой пушки вел лет чик. Самолет "98" должен был иметь мощное наступательное бомбовое, ракетное и минно-торпедное вооружение.
Летчик-испытатель В.Ф.Ковалев
Все ударное вооружение размещалось внутри достаточно емкого бомбоотсека и на внешних подвесках. Система бомбового вооружения предусматривала следующие варианты загрузки: 24 бомбы ФАБ- 100, из них 8 на внешней подвеске, или 16 ФАБ-250, из них 4 на внешней подвеске, или 10 ФАБ-500, из них 2 на внешней подвеске. Система ракетного вооружения предусматривала размещение в бомбоотсеке и на внешних подвесках неуправляемых реактивных снарядов в следующих комбинациях: до 300 НУРС типа АРС-85, или до 61 ТРС-132, или до 18 ТРС-212. НУРС предполагалось размещать в специальных установках по типу, примененных на опытном штурмо- вике-пикирующем бомбардировщике "91". В варианте использования на морских ТВД самолет "98" предусматривалось вооружать торпедами типа PAT-52, МАН, МАВ и ТАН-53, а также минами типа АМД-500 и АМД-1000. Прицеливание при бомбометании осуществлялось с помощью оптического прицела ОПБ-16, синхронно связанного с РЛС "Инициатива".
Руководителем работ по теме "98" А.Н.Туполев назначил Д.С. Маркова, за опытное производство по ОКБ отвечал молодой инженер А.И.Залесский, много сделавший для создания "98-ой" машины, а затем и Ту-128, возглавляя подразделение эксплуатации Ту-128 в ОКБ. Этап проектирования самолета "98" был закончен к июлю 1955 года, к этому моменту постройка самолета в опытном производстве на заводе № 156 была закончена на 70%. С февраля 1955 года по февраль 1956 года опытный самолет стоял в ожидании двигателей АЛ-7Ф. Наконец 13 февраля АЛ-7Ф пришли на опытный завод № 156. После поставки АЛ -7Ф к концу февраля 1956 года производство машины было закончено. К лету 1956 года опытная машина была перевезена в ЖЛИ и ДБ на аэродроме в г. Жуковском.
7 июня 1956 года самолет был принят на заводские испытания, начался длительный этап наземных испытаний, необходимых доводок и проверок. В связи с затяжками по изготовлению и доводкам самолета "98" были скорректированы сроки начала испытаний. Согласно Постановлению СМ СССР № 424-261 от 28.03.56 г и Приказа МАП № 194 от 6.04.56 г срок предъявления на госиспытания первого самолета был смещен на третий квартал 1956 г.