В ходе летной отработки встретились и с более сложными явлениями, о которых рассказал еще один участник испытаний К-5М, инженер-испытатель ОКБ-2 Леонид Евгеньевич Спасский:
"Планомерные пуски К-5М с МиГ-19 проводились первое время на высотах около пяти километров и каких-либо проблем самолету они не приносили. Пришло время для первого пуска К-5М на высоте более десяти километров. Летчик докладывает по радио: "Произвожу пуск" и сразу же смолкает. Самолет пропадает с экрана локатора, связи нет… Мы стоим на КП и слушаем, как руководитель полетов безуспешно вызывает на связь наш "борт пятьсот сорок шестой". Мысли в голове и догадки, конечно, не самые радужные… Но спустя несколько минут летчик, наконец, откликается и совсем скоро совершенно неповрежденный МиГ садится на аэродром. Оказалось, что сразу же после пуска ракеты остановились оба двигателя и летчику пришлось заняться их аварийным запуском. Естественно, что в этой ситуации из падающего самолета с "Землей" не поговоришь… Но нам в этой ситуации еще "повезло" – при испытаниях других ракет из-за аналогичной остановки двигателей произошло несколько катастроф, погибли летчики."
Столкновение с этим явлением, конечно, не стало неожиданностью. Первопричиной его было попадание пороховых газов от ракеты в двигатель самолета и изменение, в результате, его режима работы – пороховые газы искажали установившееся течение воздуха и изменяли состав горючей смеси в камере сгорания. Сложность этого явления заключалась в том, что оно заметно проявлялось лишь при взаимодействии целого комплекса причин – конструктивных особенностей двигательной установки, характеристик ракеты, условий полета и предсказанию практически не поддавалось.
Наиболее интенсивные работы в этом направлении велись в тс годы в НИИ-2 и ЦИАМ. Еще в первой половине пятидесятых годов здесь занялись изучением многообразных факторов, влияющих на это явление. Учитывая всю его многоплановость в 1953 г. сформировали специальную координационную комиссию. Обобщение полученных результатов испытаний и исследований позволило наметить и меры по устранению этого явления. Интересно, что во время запусков ШМ с Ми Г-17 это явление не отмечалось – двигатель с центробежным компрессором ВК-1Ф, установленный на этом дозвуковом истребителе оказался малочувствительным к попаданию газов от ракетного двигателя, равно как и к стрельбе из авиационных пушек. Двигатель с осевым компрессором РД-9Б на сверхзвуковом МиГ-19 подобной "добродетелью" не отличался. Имея значительно меньшие запасы по устойчивости, он преподнес множество неприятных "сюрпризов", для борьбы с которыми при шлось применять самые неординарные меры.
Для применения РС-1У еще в 1954 г. на базе МиГ-19 разработали проект самолета-носителя – СМ-7А с РЛС "Изумруд-2" и оптическим прицелом АСП-5НВ с четырьмя подкрыльевыми пусковыми устройствами АПУ-3. По результатам рассмотрения этого проекта было принято решение 06 окончательной переориентации на К-5М и соответствующие средства ее наведения. Эскизный проект оснащенного радиолокатором "Изумруд-2" самолета СМ-7М с размещением ракет К-5М (изделий "И") на четырех АПУ-4 был утвержден 7 января 1955 .г. Еще через год второй прототип всепогодного перехватчика с цельноповоротным стабилизатором СМ-7/2 доработали в ракетоносец СМ-7/2М, испытания которого провели в октябре 1957 г. Уже в 1957 г. на заводе в Горьком выпустили 7 таких машин ("тип 65") с радиолокаторами РП-2У, затем началась их массовая постройка.
Большую часть государственных испытаний ракетоносного перехватчика МиГ-19 провел летчик-испытатель Степан Микоян. Испытательные полеты с ракетами К-5М начались 14 октября 1957 г. и продолжались десять дней. В результате, была получена положительная оценка новой системы вооружения и принято решение о запуске се в серийное производство.
Кроме того, в июле – августе 1957 г. на МиГ-19 №59210406 и №59210103 провели заводские летные испытания системы "КС", регулирующей работу двигателя и предотвращающей его остановку при пуске ракет.
После принятия системы на вооружение по Постановлению от 28 ноября 1957 г. № 134-54 она получила обозначение С-2-У, ракета – РС-2У. На Горьковском заводе № 21 носитель запустили в серию под обозначением МиГ-19ПМ ("изделие 65"), выпустив 369 самолетов с 1956 по 1960 год. Таким образом, ракетоносцы составили пятую часть от без малого 1900 построенных МиГ-19. В свою очередь, в 1957 1959 годах, было выпущено и большое количество ракет РС-2У.
К сожалению, надежность радиоэлектронного оборудования МиГ-19ПМ оказалась еще ниже, чем у его предшественника – "пушечного" МиГ-19П. Значительно ухудшились и летные характеристики. Так, максимальная скорость едва превышала звуковую – большое сопротивление пилонов с ракетами снизило се с 1452 до 1250 км/час. В сочетании с частыми отказами системы управления (прежде всего – радиолокатора "Изумруд-2М") и отсутствием артиллерийского вооружения это еще больше испортило репутацию самолета. Лишь к концу периода эксплуатации МиГ-19ПМ удалось добиться приемлемых характеристик надежности аппаратуры. В начале шестидесятых годов после оснащения более совершенной аппаратурой наведения "Лазурь" перехватчики получили обозначение МиГ-19ПМЛ.