Все эти выкладки были вполне убедительны и во многом справедливы для начала 50-х годов. В дальнейшем, с появлением в составе ПВО сверхзвуковых высотных истребителей перехватчиков, вооруженных управляемыми снарядами класса "воздух - воздух", поступлением на вооружение первых комплексов ЗУРС и со значительным увеличением дальности обнаружения воздушных целей наземными и бортовыми РЛС, возможность прорыва к цели В-36 резко уменьшилась и век последнего поршневого "супербомбардировщика" кончился.
Однако, самую мощную атаку В-36-ым пришлось выдержать не со стороны русских МиГ-ов, а со стороны американских законодателей и вечного соперника ВВС США - американского флота.
В июле 1949 г палата представителей США создала комиссию для расследования обстоятельств, связанных с выдачей и изменением заказов на самолеты В-36, и политики ВВС США в вопросах стратегической бомбардировочной авиации вообще. Компания была инициирована Флотом США (US NAVY) при помощи мощнейшего лобби в Пентагоне и в кругах законодателей. Флот добивался переориентации многомиллиардных доллоровых инъекций с заказов на стратегические бомбардировщиков на создание современных авианосцев, способных нести современные скоростные реактивные бомбардировщики и штурмовики - носители ядерного оружия. В "благородной" борьбе за национальные интересы, бескорыстные противники самолета получили естественно поддержку со стороны других самолетостроительных фирм США. Комиссия допросила ряд высших офицеров ВВС США, руководителей ряда самолетостроительных фирм,в ущерб интересам которых были заказаны самолеты В-36, а также представителей ВВС флота, являвшимися главными противниками ВВС США в этом вопросе.
В ходе разбирательства противниками В-36 не были указаны какие-либо ранее неизвестные отрицательные качества самолета; они в основном критиковали назначение самолета, а в качестве доводов пользовались всем известными показателями его характеристик. Часть старых противников В-36, и в том числе бывший Главком стратегической бомбардировочной авиации США генерал Кении, заявили комиссии, что они изменили свою оценку самолета, потому что результаты летно-тактических испытаний подтвердили его хорошие качества; было налажено производство самолетов, чем были рассеяны их сомнения в отношении технической возможности осуществления развертывания серийного производства подобных машин.
Генерал Смит, заместитель начальника отдела производственных программ ВВС США, в своих показаниях сообщил, что в Райт-Филде было проведено сравнение ЛТХ самолетов В-36, В-50, В-54 и В-49 (последний с ТРД). Это сравнение показало, что сре дняя скорость В-36, на маршруте, равном максимальной дальности В-50, превышает среднюю скорость последнего; кроме того, потолок В-36 превышает потолок В-50. Характеристики В-36В лучше по всем показателям характеристик В-54, за исключением скорости над целью, модификация B-36D с включенными ТРД обладает большей скоростью над целью, чем В-54. Самолет В-36 был признан также более совершенным для применения в качестве стратегического разведчика, чем самолет Нортроп В-49, в отношении устойчивости и дальности полета.
Заместитель начальника штаба ВВС США, генерал Кертисс Ли Мэй, в своих показаниях заявил, что В-36 способен достигать целей, расположенных в любом пункте Земного шара; он заявил далее, что бомбардировщик В-36 может совершать налеты не только днем,но и ночью, и что еще не существуют истребители, которые могли бы успешно применяться ночью для атак бомбардировщиков, летящих на высоте 12000 м. Согласно утверждению Ли Мея, самолет В-36 на высоте 12000 м находился вне зоны действия существовавших тогда наземных РЛС, бомбардировка же с этой высоты может быть произведена с большой точностью с помощью новых "радарных бомб".
После долгих обсуждений и взаимных нападок сторон на В-36 и друг на друга, победил В-36 и его сторонники. Комиссия одобрила действия руководства ВВС США в отношение заказов на самолеты В-36. Но, в то же время, руководство ВВС США, помятуя о днях сенатского разбирательства,решило, при обсуждении сметы ВВС США на 1950-51 бюджетный год, указать, что предполагаемое увеличение заказа на В-36 будет последним, так как в будущем году появятся более совершенные самолеты подобного класса с ТРД (речь шла о первых опытных стратегических реактивных бомбардировщиках В-52 и В-60), характеристики которых должны быть значительно лучше характеристик В-36.
Помимо серийных самолетов бомбардировщиков и разведчиков В-36, строившихся в нескольких модификациях, было разработано несколько опытных и эксперементальных модификаций этого самолета, в ходе проектирования,испытаний и отработок которых решался большой круг задач связанных с дальнейшим развитием концепций дальнейшего развития тяжелых и сверхтяжелых самолетов, в первую очередь самолетов стратегической авиации.
Опытный транспортный самолет ХС-99 Идея создать транспортный самолет на базе бомбардировщика В-36 рассматривалась еще на ранних этапах проектирования В-36. К 20 мая 1942 года фирма подготовила чертежи на пассажирский самолет с новым фюзеляжем объемом 850 м3, крылом, силовой установкой и разнесенным хвостовым оперением по первоначальному проекту В-36. 31 декабря 1942 г ВВС заказали фирме прототип грузового самолета на базе строившегося В-36. получившего обозначение ХС-99 (43-52436). фирменное обозначение Конвэр Модель 37. Война и загрузка фирмы работами по серийным бомбардировщикам и по проекту самолета В-36 задерживали проектирование. В 1944 г работы по самолету активизировались: первоначальный проект 37 был переработан под новое однокилевое хвостовое оперение базового самолета В-36 (Модель 87). а затем началось строительство опытной машины, которое шло одновременно со строительством первых В-36. Особенностью самолета был огромный двухпалубный герметический фюзеляж, имевший длину 55,6 м и диаметр 7,66 м, который мог вместить 50000 кг грузов или 400 полностью вооруженных солдат, или 300 раненых на носилках с сопровождающим обслуживающим медицинским персоналом и оборудованием.