Далее работы переместились на Ахтубу, где с 22 июля по 25 декабря 1948 года было проведено 4 пусков 16Х с аппаратурой, обеспечивающей двухплоскостную стабилизацию - 5 самолетов-снарядов с пневматической системой управления ПСУ-20 и один с электрической ЭСУ-1. Вместе с 4 пусками в 1949 году они составили первый этап летных испытаний, в ходе которого решались задачи отработки старта с носителя, подтверждения аэродинамических характеристик. Как и следовало ожидать, на начальной стадии отработки встретилось много трудностей - только при одном пуске программа была выполнена полностью. Скорость полета от пуска к пуску увеличивалась с 714 до 780 км/ч.
Основной целью второго этапа испытаний с пуском 11 изделий была доводка двигателя Д-312. Проработали 10 вариантов двигателя, из которых для дальнейшего применения выбрали вариант с уменьшенной площадью воздухозаборника и удлиненным соплом. На стенде получена устойчивая работа в диапазоне 300-1000 км/ ч, а ресурс довели до вдвое превышающего продолжительность полета на максимальную дальность. Двигатель Д-14-4 был испытан в полете, скорость самолета-снаряда достигла 858 км/ч.
Снаряд 16Х. Компонвочная схема
16Х под фюзеляжем самолета Пе-8
Для устранения неблагоприятного влияния колебаний изменили амортизацию, ввели демпферы на рулевые машинки. Кроме того, откорректировали передаточное число кинематики рулевых машинок и изменили угол наклона гироскопа, что позволило избежать раскачку по крену, наблюдавшуюся на первых пусках этого этапа. Так как расход сжатого воздуха превысил расчетные значения, пришлось увеличить его запас в малом шар-баллоне в четвертом отсеке. Ввели раздельное снабжение воздухом гироагрегата и рулевых машинок, установили демпферы на пневмореле рулевых машинок.
Большой объем доработок на этом этапе определялся высокой аварийностью - только при двух пусках было выполнено задание, но зато на последнем третьем этапе все 13 пусков прошли успешно, была достигнута скорость 912 км/ч.
Третий этап подтвердил правильность принятых технических решений - дальнейших доработок не потребовалось.
Только пять из 34 самолетов-снарядов, испытанных в 1948-1949 годах, оснащались электрической аппаратурой системы управления ЭСУ-1, считавшейся более перспективной, чем пневматическая. По результатам двух пусков первого этапа пришлось откорректировать передаточные коэффициенты автопилота и высотный корректор.
ЭСУ-1 была доведена до относительно работоспособного состояния, однако выявилась необходимость замены схемы функционирования магнитного корректора в дискретном режиме «да-нет» пропорциональной, требовалась доработка конструкции датчиков моментов гироскопов, изменения заделки металлического волокна для повышения надежности связи золотника с демпфером рулевых машинок.
В дальнейшем работы велись с аппаратурой, обеспечивающей двухплоскостную стабилизацию, так как реальная необходимость в трехплоскостной стабилизации имелась только на втором варианте самолета-снаряда с телеуправлением.
Применявшаяся в большинстве пусков пневматическая система управления ПСУ-20А собиралась из трофейных узлов фирмы «Аскания».
Отклонение от курса на первом этапе составляло до 6 км, на третьем - не превышало трех км.
С сентября пуски проводились, как заводские летные испытания, заданные Постановлением Комитета № 2 при Совете Министров СССР от 2 февраля 1949 года.
В качестве носителей использовались Ту-2 и Пе-8, обеспечение испытаний осуществлялось с Ла-9, Ла 11 и В-25 (американского производства). Для поиска упавших самолетов-снарядов привлекались По-2.
В следующем, 1950 году, с 4 сентября по 4 ноября пусками с Пе-8 и Ту-2 в три этапа были проведены совместные летные испытания 20 самолетов-снарядов с двигателями Д 14-4 и бортовой аппаратурой ПСУ-20А на базе все тех же немецких узлов «Аскании».
В ходе первого этапа были осуществлены 4 пуска для отработки полета на повышенных скоростях. Два первых пуска второго этапа рассматривались в качестве пробных, а два последующие - как зачетные для проверки доработок, внесенных для обеспечения повышенной точности. К этому времени на самолете-снаряде установили гребни на крыле, ввели автоматический триммер стабилизации по крену, а также реализовали пиротехнический отстрел крыла для перехода к пикированию на цель.
Третий этап совместных испытаний включал 12 зачетных пусков.
По результатам испытаний на дальность 170 км была подтверждена скорость 900 км/ч, а расчетное значение максимальной дальности определено в 170 км. Все точки падения самолетов-снарядов уложились в прямоугольник 10,8 х 16 км, а для половины зачетных пусков соответствовали попаданию в квадрат 4x4 км.
Несмотря на успешный ход работ, вопрос о принятии первого варианта самолета-снаряда 16Х на вооружение мог ставиться только при использовании отечественной автоматики, а создание этой аппаратуры - АП-52 задерживались ОКБ-122 Минавиапрома. Кроме того, было признано необходимым провести дополнительные испытания двигателей и боевых частей - все проведенные пуски проводились самолетами-снарядами в инертном снаряжении. Поэтому было принято решение о проведении дополнительных испытаний, которые были заданы Постановлением от 15 октября 1951 № 3968-1814.