Мария Медичи родилась во Флоренции 26 августа 1573 года, практически в тот самый день, когда ее дед, Козимо I Медичи, сын Джованни Медичи и Марии Сальвиати, представитель младшей ветви этого славного рода, принял на себя титул великого герцога Тосканского.
Представители семейного клана Медичи появились во Флоренции в XII веке. А первым в архивах города в 1201 году был упомянут некий Кьяриссимо де Медичи. Его потомок Ардинго де Медичи в 1296 году был избран гонфалоньером справедливости>4, что соответствовало высшему государственному посту во Флоренции. В последующие двадцать лет этот пост занимали еще два человека из знаменитого клана. Впоследствии Медичи были и капитан-генералами Флоренции, и герцогами Флорентийскими, и великими герцогами Тосканскими. Кроме того, среди них было четыре Римских папы и несколько членов королевских домов Европы.
Старшая ветвь рода Медичи, шедшая от Козимо Старшего, родившегося в 1389 году, закончилась со смертью Алессандро Медичи, убитого своим родственником Лоренцино в 1537 году. После этого власть в Тоскане перешла к Козимо Младшему (Козимо I Медичи), потомку Лоренцо Медичи, брата Козимо Старшего. Впрочем, и Козимо I недолго носил титул великого герцога, так как скончался естественной смертью 21 апреля 1574 года.
Отцом Марии Медичи был Франческо Медичи, старший сын Козимо I от его первой супруги Элеоноры Толедской, дочери вице-короля Неаполя, маркиза Виллафранка дона Педро Альвареса де Толедо. Козимо и Элеонора поженились в 1539 году, когда Элеоноре было семнадцать лет.
Двадцать пятого марта 1541 года у Козимо и Элеоноры родился сын, названный Франческо. Став совершеннолетним, он, как и все Медичи, начал покровительствовать наукам, основал предприятие по производству высококачественного фарфора, а также учредил специальную академию, занимавшуюся очищением итальянского языка и систематизацией его грамматики – знаменитую Академию делла Круска.
Восемнадцатого декабря 1565 года Франческо женился на Иоанне Австрийской, младшей дочери императора Священной Римской империи Фердинанда I из рода Габсбургов. Их брак оказался несчастливым, но за двенадцать лет болезненная Иоанна умудрилась произвести на свет аж восемь детей. Измученная частыми родами, она скончалась в возрасте всего тридцати одного года.
Мария была шестым ребеном Франческо и Иоанны Австрийской. Не прошло и девяти месяцев после ее рождения, как Франческо Медичи был провозглашен великим герцогом Тосканским, а еще через некоторое время он женился на своей давней любовнице Бьянке Капелло.
Эта женщина, родившаяся в 1548 году, происходила из знатной венецианской семьи (она была дочерью патриция Бартоломео Капелло). В пятнадцатилетием возрасте она бежала из Венеции со своим возлюбленным Пьетро Бонавентури, молодым флорентийцем, служащим банкирского дома Сальвиати. За поимку совратителя своей дочери Бартоломео Капелло назначил награду в тысячу дукатов.
Беглецам повезло. Во Флоренции они поженились, и вскоре Пьетро Бонавентури нашел себе покровителя в лице Франческо Медичи. Однако Венецианская республика продолжала требовать от Флоренции выдачи Бьянки и Пьетро, и тогда молодой супруг, чтобы укрепить расположение Франческо, познакомил его со своей женой и даже поспособствовал их сближению. Надо сказать, что Бьянка пошла на это сближение охотно: привыкшая к роскоши, она не находила счастья в союзе с Пьетро Бонавентури, который обернулся для нее нищетой.
Бьянка Каппелло стала любовницей Франческо Медичи. Их связь продолжалась много лет, в том числе и после женитьбы Франческо на Иоанне Австрийской. От Пьетро Бонавентури, без конца вымогавшего деньги и должности, Франческо избавился руками одного из своих придворных, приказав зарезать надоедливого супруга. Таковы уж были нравы Флоренции, в которой неугодных если не травили ядом, то просто закалывали – других вариантов не было.
Избавив Бьянку от брачных уз, Франческо поселил ее во дворце, расположенном неподалеку от его официальной резиденции, в которой обитала его законная супруга.
Иоанна Австрийская умерла при родах, так и не оставив мужу наследника (их единственный сын, родившийся в 1577 году, умер в возрасте пяти лет). Подозревали даже, что она умерла не от кровотечения, а была отравлена. Вдовец Франческо Медичи обвенчался с Бьянкой через три месяца после смерти Иоанны.
Народ Тосканы сразу невзлюбил венецианку – ее прозвали Колдуньей, считая, что она приворожила герцога.