Софья Алексеевна — третья дочь царя Алексея Михайловича — родилась в 1657 г. Воспитателем ее был Симеон Полоцкий. После смерти Федора Алексеевича на престол был избран Петр I. (1682). Вместе с этим возвышалась партия Нарышкиных, родственников и приверженцев матери Петра I Натальи Кирилловны.
Партия Милославских, родственников первой жены царя Алексея Михайловича, во главе которой стояла царевна Софья Алексеевна, воспользовалась проходившими тогда волнениями стрельцов, чтобы истребить главнейших представителей партии Нарышкиных и парализовать влияние на государственные дела Натальи Кирилловны. Результатом явилось провозглашение 23 мая 1682 г. двух царей, Иоанна и Петра Алексеевичей, которые должны были править совместно, причем Иоанн считался первым царем, а Петр — вторым.
29 мая, по настоянию стрельцов, за малолетством обоих царевичей правительницей государства была провозглашена царевна Софья. С этой поры и до 1687 г. она стала фактически правительницей государства. Была даже сделана попытка провозгласить ее царицей, но не нашла сочувствия среди стрельцов.
Первым делом Софьи было усмирить волнение, поднятое раскольниками, которые, под предводительством Никиты Пустосвята, добивались восстановления «старого благочестия». По распоряжению Софьи, главные предводители раскольников были схвачены, Никита Пустосвят казнен. Против раскольников были приняты суровые меры: их преследовали, били кнутом, а наиболее упорных предавали сожжению. Вслед за раскольниками были усмирены стрельцы. Начальник стрелецкого приказа князь Хованский, приобретший большую популярность среди стрельцов и обнаруживавший на каждом шагу свое высокомерие не только по отношению к боярам, но и к Софье, был схвачен и казнен. Стрельцы смирились. Начальником Стрелецкого приказа был назначен думный дьяк Шакловитый.
При Софье был заключен вечный мир с Польшей в 1686 г. Россия получила навсегда Киев, уступленный раньше по Андрусовскому миру (1667) только на два года, Смоленск; Польша окончательно отказалась от Левобережной Малороссии. Тяжелые обстоятельства, нападения турок принудили Польшу заключить такой невыгодный для нее мир. Россия обязалась за него помочь Польше в войне с Турцией, которую Польша вела в союзе с немецкой империей и Венецией.
Вследствие принятого Россией на себя обязательства любимец Софьи князь В. В. Голицын два раза ходил в Крым. Эти так называемые Крымские походы (в 1687 и 1689 гг.) окончились неудачею. Во время первого похода была зажжена степь. В этом обвинили малороссийского гетмана Самойловича, не сочувствовавшего походу. Он был низложен, а на его место избран Мазепа. Русское войско принуждено было вернуться. Во второй поход русские дошли уже до Перекопа, Голицын начал было переговоры о мире; переговоры затянулись, войско ощущало сильнейший недостаток в воде, и русские принуждены были воротиться, не заключив мира. Но, несмотря на эту неудачу, Софья наградила своего любимца как победителя.
С Китаем в правление Софьи был заключен Нерчинский договор (1689), по которому оба берега Амура, завоеванные казаками, были возвращены Китаю. Договор этот был заключен окольничим Федором Головиным и вызван постоянными столкновениями с китайцами, угрожавшими даже настоящей войной.
Правление Софьи продолжалось до 1689 г., пока Петр занимался потехами. В этом году ему исполнилось семнадцать лет и он задумал править самостоятельно. Враждебно настроенная против Софьи Наталья Кирилловна говорила о незаконности правления Софьи. Шакловитый вздумал поднять стрельцов в защиту интересов Софьи. Но они не послушались. Тогда Софья решила погубить Петра и его мать. Замысел этот не удался, так как Петру донесли о намерениях Шакловитого, и царь уехал из Преображенского, где он жил, в Троице-Сергиеву лавру. Софья уговаривала Петра возвратиться в Москву, но безуспешно посылала она с этой целью бояр, наконец патриарха. Петр не поехал в Москву, не возвратился и патриарх Иоаким, лично не расположенный к Софье. Видя неуспех своих просьб, Софья отправилась в Лавру сама, но Петр не принял ее и требовал выдачи Шакловитого, известного Сильвестра Медведева и других ее сообщников; Софья не выдала их сразу, а обратилась за помощью к стрельцам, к народу, но никто ее не слушал; иноземцы с Гордоном во главе ушли к Петру, стрельцы вынудили Софью выдать сообщников.
В. В. Голицын был сослан, Шакловитый, Медведев и состоявшие в заговоре с ними стрельцы были казнены. Софья должна была удалиться в Новодевичий монастырь; оттуда она не переставала разными тайными путями поддерживать сношения со стрельцами, которые были недовольны своей службой.
Во время пребывания Петра за границей (1698), стрельцы подняли восстание, с целью, между прочим, поручить правление снова Софье. Восстание стрельцов кончилось неудачей, главарей казнили. Петр возвратился из-за границы. Казни повторялись с новой силой.
Софья была пострижена в монашество под именем Сусанны. Пред окнами ее кельи Петр велел повесить несколько трупов казненных стрельцов. Сестра Софьи Марфа была пострижена под именем Маргариты и сослана в Александровскую слободу, в Успенский монастырь. Софья оставалась в Новодевичьем монастыре и содержалась там под самым строгим надзором. Сестрам запрещено было видеться с нею, кроме Пасхи и храмового праздника в Новодевичьем монастыре.
