Его верная сотрудница и ученица профессор Е. Л. Розенфельд вспоминала: «Парнас плохо понимал особенности нашей жизни. Его, например, очень удивляла идея планирования науки. На ученом совете он мог недоуменно спросить: «Как можно планировать открытие? Оказывается, все записывают в план то, что уже сделано, но какой в этом смысл?»
Когда в институте в связи с денежной реформой 1947 года был организован митинг, чтобы выразить поддержку и одобрение этому мероприятию, Парнас, директор института, выступил и спросил: «Зачем нужна эта реформа? Если для того, чтобы люди, как говорят у нас в Польше, подтянули пояса, то биохимики должны подумать о том, не приведет ли это к понижению количества белков, жиров и углеводов ниже уровня, необходимого для питания населения». Е. Л. Розенфельд в своих воспоминаниях пишет: «Его гибель была неизбежной».
Я думаю, он все понял, когда 18 февраля 1947 года был арестован академик, секретарь АМН СССР В. В. Парин. Он хорошо знал Ларина и не сомневался в его полной невиновности. Последовавшая за тем реакция — запреты на публикации научных статей без «актов экспертизы» и «авторских справок», подтверждающих уголовную ответственность авторов за опубликование «незавершенных работ»,— рассеяла все иллюзии. Очевидное, грубо фальсифицированное убийство великого артиста Михоэлса 13 января 1948 года стало зловещим предзнаменованием. Здоровье Парнаса расстроилось. Диабет, сердечная недостаточность, утомляемость — 17 октября 1947 года он подает заявление с просьбой освободить его от обязанностей директора созданного им института. Он хотел бы сосредоточиться на работе в лаборатории... Приказ об освобождении от должности был подписан 28 мая 1948 года. Вместо него директором стал Сергей Евгеньевич Северин, а затем Василий Николаевич Орехович.
Никто тогда не знал замыслов Сталина. Это теперь известно,, что после убийства Михоэлса началась подготовка государственной антисемитской кампании.
Готовились аресты членов Антифашистского еврейского комитета.
Основные аресты начались 13 января и закончились 28 января 1949 года. Парнас не мог не знать о них. Наверное, он мог предвидеть свою судьбу и был к ней готов. Его арестовали 29 января, и в тот же день он умер.
Вот как пишет об этом Е. Л. Розенфельд:
«...В конце 1948 года он тяжело болел. Впервые после болезни он собирался пойти на доклад ленинградского биохимика С. Е. Бреслера. Однако на доклад он не пришел. Обеспокоенные ученики Якуба Оскаровича после заседания побежали к нему домой и застали печальную картину: его квартира была опечатана, а перед дверью сидела его рыдающая жена. Обстоятельства его гибели остались неизвестными. Говорили, что он успел отравиться сразу же после ареста. Согласно другой версии, он погиб в тюрьме от диабетической комы, так как страдал тяжелым диабетом».
Слухи о том, что он умер на пороге тюремной камеры, глухо звучали в Москве. Он символически не вошел в тюрьму, и если это так, значит, на самом деле вполне понимал, с кем имеет дело, и был готов кончить жизнь, как римский патриций. Так или иначе, смерть спасла его от невыносимых пыток и издевательств.
К этому времени уже около двух лет мучали В. В. Парила. По принятым обычаям арестованных сразу зверски били. 13 января 1948 года прямо в кабинете министра МГБ Абакумова били сапогами и резиновыми палками главного врача Боткинской больницы Бориса Абрамовича Шимелиовича. Били на допросах. Избитых настолько, что они не могли ходить, носили на допросы на носилках и снова били. Избежал ли этого Парнас в первый день ареста? Я смотрю на его фотографию из «Личного дела» АМН СССР. Большой в прямом и переносном смысле, гордый человек. Можно и без яда сразу умереть от унижения и бессилия. Но то, что смерть спасла его от многолетних мучений, бесспорно. Арестованных в эти дни членов Еврейского антифашистского комитета истязали около трех лет и расстреляли 12 августа 1952 года.
Как в действительности умер Я. О. Парнас? На запрос сына, Яна Якубовича, полковник юстиции В. М. Граненов 20 июля 1993 года написал (от имени Главного управления по надзору за исполнением законов в вооруженных силах (!)) следующее:
«...28 января 1949 г. Парнас Я. С. был арестован за совершение разведывательной деятельности против СССР по заданию иностранного государства... В тот же день он был помещен во внутреннюю тюрьму МГБ СССР, где осмотрен врачом. Последний поставил диагноз: артериокардиосклероз. Гипертония. Сахарный диабет. Правосторонняя паховая грыжа. В связи с имеющимися заболеваниями ему было назначено лечение... 29 января 1949 г. в 15 час. 15 мин. Парнас Я. О. был вызван на первый допрос старшим следователем следственной части по особо важным делам МГБ СССР подполковником Ивановым.
В 17 час. 30 мин. Иванов оставил Парнаса в кабинете с надзирателем, а сам вышел в связи со служебной необходимостью. Через 10—15 минут ему доложили о плохом самочувствии Парнаса и вызове врача для оказания помощи. Во время оказания медицинской помощи в 17 час. 50 мин. Парнас Я. О. умер... Было проведено вскрытие трупа Парнаса Я. О. судебно-медицинским экспертом, который при наружном осмотре никаких телесных повреждений не установил. Смерть... наступила от инфаркта миокарда... 3 апреля 1954 г. старший следователь следственной части КГБ при СМ СССР подполковник Чеклин вынес постановление о прекращении уголовного дела в отношении Парнаса Якуба Оскаровича за отсутствием в его действиях состава преступления... Документов, в которых было бы указано место захоронения.., не сохранилось».
