В ночь на 2 мая 1904 г. миноносец "Смелый" под командованием Михаила Коронатовича сопровождал в тралящем караване вместе с миноносцами "Скорый", "Сердитый", (которым в то время командовал лейтенант А.В. Колчак будущий прославленный Адмирал и вождь Белого движения) и "Стройный", минный заградитель "Амур" который выполнял задание по постановке мин заграждения в прибрежных водах Порт-Артура, на минах которого 2 мая подорвались и затонули два японских новейших броненосца "Хатцузе" и "Яшима".
Миноносец "Смелый" не учувствовал в морском бою у Шантунга 28 июля 1904 года. Оставаясь в Порт-Артуре до конца осады, (во время которой месяц службы, считался за год Государевой службы) миноносец "Смелый" нёс дозорную и тральную службу, обеспечивая чистоту прибрежных фарватеров от неприятельских мин заграждения.
Осада Порт-Артура сделала из лейтенанта М.К. Бахирева прошедшего уже и Китайскую компанию, по-настоящему стойким и выносливым офицером. Уже в середине декабря 1904 года, когда генералы Стессель и Фок поставили вопрос о предательской сдачи крепости, именно лейтенанту Бахиреву поручили возглавить отряд миноносцев и паровых катеров для прорыва блокады и разоружения в китайских портах, дабы сохранить миноносцы для будущего возрождённого Русского Императорского Флота. 20 декабря в самый канун сдачи крепости миноносцы "Статный", "Смелый", "Властный", "Сердитый", "Бойкий", "Скорый", а так же паровой катер "Ольга" под общим командованием лейтенанта Михаила Коронатовича Бахирева прорвали морскую японскую блокаду и достигли китайских портов, где и интернировались (разоружились) до конца компании. "Смелый" и "Бойкий" в германской военно-морской базе Цин-Дао, а все остальные миноносцы интернировались в китайском порту Чифу. Предприятие это имело важный характер ещё и тем, что прорвавшиеся миноносцы увозили из Порт-Артура войсковые знамёна, секретные документы, и многие другие важные для Русской чести предметы, которые не должны были попасть к неприятелю.
12 февраля 1905 года, в галерее героев Отечественной войны 1812 года Зимнего дворца, Государь Император вручил донскому казаку, старшему лейтенанту Бахиреву золотое оружие с надписью "За храбрость" – "в воздаяние отличных подвигов храбрости и самоотвержения, оказанных в делах против неприятеля под Порт-Артуром". А в декабре того же 1905 года произведен в капитаны 2 – ранга. Продолжая службу на Дальнем Востоке, Михаил Коронатович назначается в 1906 году начальником Флотилии рек Амурского бассейна. Но уже в 1907 году окончательно переводится на Балтику, командует минным крейсером "Абрек", миноносцем "Ретивый" и эсминцем "Амурец". В 1910–1911 гг. начальник 5-го дивизиона миноносцев Балтийского моря.
В 1911 году Михаил Коронатович производится в капитаны 1 ранга и становится командиром новейшего броненосного крейсера "Рюрик". Стоит сказать, что тогда "Рюрик" (построенный в Англии фирмой "Виккерс") являлся самым мощным боевым кораблём Русского Императорского Флота. Связано это было не с пресловутой "технической отсталостью" России, а с тем что революционная Государственная дума первого и второго созывов не сильно стремилась заботится об обороне Родины, ставя свои эгоистические "политические цели" выше интересов Русского народа. А потому боевые корабли вступали в строй уже в годы Первой Мировой войны. Происходило это из-за фактического противодействия корабельностроительных программ в "Думах". Броненосный крейсер "Рюрик" был флагманским кораблём командующего Балтийским флотом Адмирала Николая Оттовича фон Эссена. Он, учтя уроки Русско-японской войны, подготовил Русский Императорский Флот к предстоящей Мировой войне. А должность командира флагманского корабля это фактически должность начальника Штаба Командующего. А это говорит о многом, ответственность за образцовый порядок на корабле, и размещение штаба. Можно утверждать, что Михаил Коронатович Бахирев, был деятельным сподвижником Николая Оттовича фон Эссена в деле возрождения Флота, и стоял в одном ряду с Александром Васильевичем Колчаком, который так же принимал деятельное участие в этом процессе.
Со службой Михаила Коронатовича на "Рюрике" связан один комичный эпизод. Однажды когда к ним на "Рюрик" которым Он командовал, привезли институток, из института благородных девиц, мичмана и лейтенанты разобрали всех и повели показывать корабль, осталась их смотрительница, Коронат ходил по каюте, тёр руки, смотрел в иллюминатор, и вдруг произнёс: "Мадам! Может пивка?!". Это вероятно анекдот, как вспоминали сослуживцы, но анекдот похожий на Короната.
Уже после начала первой мировой войны 24 декабря 1914 года М.К. Бахирева "за отличие против неприятеля" произвели в контр-адмиралы и назначили командующим 1-й бригады крейсеров Балтийского моря. Через год, в декабре 1915 года Михаил Коронатович принял 1-ю бригаду линейных кораблей. Её составили только что вступившие в строй "Петропавловск", "Гангут", "Севастополь" и "Полтава".
6 декабря 1916 года Михаил Коронатович получил чин вице-адмирала. Над Россией сгущались сумерки, приближались смутные революционные события.
