Принятая схема наведения позволила в дальнейшем использовать для тренировки корабельных операторов бортовой аппаратуры ракеты специально оборудованные самолеты, которые наводились на цель до момента ее захвата на автосопровождение.
Наряду с данной схемой мог применяться и автономный («резервный») режим без участия стреляющего корабля в полетном функционировании, при котором головка самонаведения сама выбирала и захватывала на автоматическое сопровождение цель.
Но вместе с очевидными достоинствами схема с избирательным поражением главной цели в ордере обладала и рядом существенных недостатков.
Первым из них была принципиально ограниченная максимальная дальность пусков. Она не могла превышать удвоенную величину удаления радиогоризонта от летящей на данной высоте ракеты. Фактически она была еще меньше. Если дальность действия радиоканалов обмена информацией ракеты и стреляющего корабля без особых сложностей можно было довести до предела геометрической радиовидимости, то дальность радиолокационного обнаружения зависела от величины эффективной поверхности кораблей-целей, а также от мощности и чувствительности радиолокационной аппаратуры.
Вторым принципиальным недостатком был демаскирующий эффект от работы радиолокационного визира и головки самонаведения. В результате противник предупреждался о нанесении удар за 10-12 мин до поддета ракет к цели. Упрощалась задача наведения перехватчиков и ракет непосредственно на приближающуюся крылатую ракету.
Третьим принципиальным недостатком данной системы наведения являлась уязвимость от активных помех противника: информация с борта ракеты ретранслировалась на корабль с того же направления, в котором располагались» вражеские корабли, а зачастую и самолеты-постановщики помех противника.
Четвертым недостатком было участие в процессе полетного функционирования стреляющего корабля. При стрельбе на максимальную дальность процесс радиолокационного обзора ордера кораблей противника и назначения главной цели завершался на удалении радиогоризонта с ракеты, летящей на высоте от 4 до 11 км, не превышавшем 250-350 км. Требовалось 10-15 мин для того, чтобы ракета со скоростью 1200-1700 км/ч удалилась бы от стреляющего корабля на это расстояние. Как правило, уже пуск ракет демаскировал стреляющий корабль. Противник, в особенности располагающей палубной авиацией, мог за это время потопить или вывести из строя этот корабль. С учетом реального соотношения сил противостоящих флотов экипажам советских надводных кораблей терять было уже нечего, но для подводников применение крылатых ракет в режиме избирательного выбора цели или в «резервном», автономном режиме был в буквальном смысле вопросом жизни или смерти.
Несмотря на общность основных принципиальных технических решений, аппаратура системы управления для ракеты П-6 разрабатывалась ленинградским НИИ-49 (ныне ЦНИИ «Гранит»), а для П-35 – московским НИИ-10 (в настоящее время ОАО «МНИИРЭ «Апьтаир»), Параллельная работа двух организаций при решении по сути дела одной и той же задачи в какой-то мере гарантировала от срыва выполнения всей программы противокорабельных ракет в случае неудачи в разработке одного из разработчиков систем управления, являвшихся ключевым элементом при создании этого оружия.
Ракета П-6 (4К48) была создана на базе своей стратегической предшественницы П-5 с обеспечением очень высокой степени унификации изделий. На обеих ракетах использовались практически одинаковые стартовые и маршевые двигатели, большая часть элементов планера, включая аэродинамические поверхности, органы управления и рулевые приводы. Основное отличие состояло в применении совершенно иных бортовой аппаратуры и боевой части. Использование радиолокационной аппаратуры определило установку радиопрозрачного обтекателя. Для обеспечения приемлемых условий преломления радиолокационного излучения обводы обтекателя П-6 характеризовались несколько большей полнотой в сравнении с носовой частью П-5. В качестве основного варианта оснащения предусматривалась фугасно-кумулятивная боевая часть массой около 1000 кг.
Исходя из наличия единого стартового контейнера габариты П-6 и П-5 были практически одинаковыми. Размещение громоздкой радиотехнической аппаратуры потребовало некоторого сокращения длины бакового отсека и, соответственно, уменьшения дальности полета по сравнению с П-5. С другой стороны, максимальная скорость полета П-6 возросла с 1300 – 1400 км/ч (у П-5) до 1400 – 1500 км/ч. При практически одинаковых двигателе, массе и геометрии ракеты прирост скорости определялся переходом на большие высоты полета. П-5 летела на высоте до 1000 м, которая определялась, с одной стороны, стремлением обеспечить скрытность от РЛС противника, с другой – безопасностью от столкновения с возвышенностями. Высота полета П-6, выбираемая из условий заблаговременного обнаружения цели радиолокационной бортовой аппаратурой и надежного информационного взаимодействия ракеты и подводной лодки с использованием радиолинии, была намного выше – до 7000 м. В разреженном воздухе П-6, как и большинство реактивных самолетов, развивала большую скорость.