1888. Профессор физики А. Г. Столетов устанавливает закономерности фотоэффекта.
1889. Французские медики прислали в дар Московскому университету большую вазу из севрского фарфора за достигнутые успехи в области медицинских наук. Писатель, воспитанник университета
А. П. Чехов избран действительным членом Общества любителей Российской словесности при университете.
1890. Начало педагогической и научной деятельности (В качестве приват-доцента В. И. Вернадского. С 1898 года он становится профессором минералогии и кристаллографии.
В этом доме (Б. Овчинниковский пер., 17-1) в 1894 году был В. И. Ленин на заседании марксистского кружка, которым руководил студент А. Н. Винокуров.
1891. На медицинском факультете микробиолог доцент Г. Н. Габричевский начинает впервые в России читать лекции по бактериологии — и создает при университете бактериологическую лабораторию.
Химик В. Ф. Лугинин организует в университете впервые (на свои средства) Термохимическую лабораторию, в которой им и его учениками были разработаны оригинальные методы термохимических измерений.
Профессор гигиены Ф. Ф. Эрисман при Гигиеническом институте университета основал Московскую городскую санитарную лабораторию, первую в мире (ныне Научно-исследовательский институт имени Ф. Ф. Эрисмана).
1892. Открытие в Москве первой Географической выставки, организованной по инициативе профессора университета Д. Н. Анучина. На ее основе в университете был создан Географический музей.
1893. Сотрудник кафедры агрономической химии А. Н. Сэбанин публикует — свои биохимические исследования о зависимости состава зерна от климатических и почвенных условий.
Создание в Московском университете первой в Москве марксистской организации для пропаганды и агитации среди рабочих. Руководитель — студент медицинского факультета А. Н. Винокуров.
1894. 2-11 января проходил IX съезд русских естествоиспытателей и врачей в Москве, организованный Московским университетом. На заседаниях подсекции статистики в Актовом зале университета присутствовал В. И. Ленин.
На квартире студента А. Н. Винокурова в Б. Овчинниковском переулке, 17/1, происходила встреча В. И. Ленина с членами марксистской группы. Профессор педиатрии Н. Ф. Филатов впервые в России в университетской клинике детских болезней применил противодифтеритную сыворотку.
1895. Открытие, при университете — Бактериологического института, возглавляемого микробиологом доцентом Г. Н. Габричевским. Приват-доцент университета, физик П. Н. Лебедев доказывает тождественность электромагнитных и световых волн. Профессор химии Н. Д. Зелинский в университетской лаборатории получает первый синтетический нафтен. По инициативе профессора и директора астрономической обсерватории В. К. Цераского начато систематическое фотографирование звездного неба с целью обнаружения и исследования переменных звезд.
Аэродинамическая труба, построенная Н. Е. Жуковским в вестибюле аудиторного корпуса.
1897. Торжественное открытие памятника воспитаннику Московского университета хирургу Н. И. Пирогову в университетском Клиническом городке на Девичьем поле.
1898. Организовано Педагогическое общество при Московском университете. В 1904 году оно явилось центром большевистской пропаганды и агитации.
Начало систематического исследования Курской магнитной аномалии профессором физики Московского университета Э. Е. Лейстом.
1900. Образование при университете Русского библиографического общества. На медицинском факультете открыты клинические курсы для врачей по 5 отделениям.
Профессор химии Н. Д. Зелинский разработал метод ароматизации нефти (способ переработки нефти с целью получения так называемых ароматических углеводородов: бензола, нафталина, толуола).
Писатель А. М. Горький избран действительным членом Общества любителей Российской словесности при университете.
1901. Золотая медаль имени Нобеля, присужденная профессору химии Московского университете В. В. Марковникову за заслуги в развитии нефтяной промышленности, по решению Комитета I Международного нефтяного конгресса естествоиспытателей в Париже. Медаль вручена была ученому на заседании Совета университета.
Начало работ минералогического кружка профессора В. И. Вернадского и коллоквиума по физике профессора П. Н. Лебедева, положивших начало созданию научных школ этих ученых.
Открытие при университете Института и Музея сравнительной анатомии. Директором назначен организатор профессор М. А. Мензбир. Открытие нового здания университетской библиотеки на Моховой улице (ныне проспект Маркса, 20).
1901–1909. Профессор физики П. Н. Лебедев обнаружил и исследовал давление света на твердые тела и газы.
1902. Открытие нового здания университетского Зоологического музея (ул. Герцена, 6). Под руководством профессора Н. Е. Жуковского при кабинете механики университета была сооружена одна из первых в Европе аэродинамическая труба и разработана методика аэродинамических исследований.
«Исполнительный комитет объединенных землячеств и организаций университета» опубликовал в «Искре» «Письмо к рабочим» с призывом к рабочим объединиться в совместной борьбе за политическую свободу.