Мусорная ДНК. Путешествие в темную материю генома - [112]

Шрифт
Интервал
2010 May 11;8(5):e1000384.

10. Hah N, Murakami S, Nagari A, Danko CG, Kraus WL. Enhancer transcripts mark active estrogen receptor binding sites. Genome Res. 2013 Aug; 23(8):1210-23.

11. Lai F, rom UA, Cesaroni M, Beringer M, Taatjes DJ, Blobel GA, Shiekhattar R. Activating RNAs associate with Mediator to enhance chromatin architecture and transcription. Nature. 2013 Feb 28;494(7438):497-501.

12. Risheg H, Graham JM Jr, Clark RD, Rogers RC, Opitz JM, Moeschler JB, Peiffer AP, May M, Joseph SM, Jones JR, Stevenson RE, Schwartz CE, Friez MJ. A recurrent mutation in MED12 leading to R961W causes Opitz-Kaveggia syndrome. Nat Genet. 2007 Apr; 39(4):451-3.

13. Роль суперэнхансеров в плюрипотентных клетках впервые выявлена в: Whyte WA, Orlando DA, Hnisz D, Abraham BJ, Lin CY, Kagey MH, Rahl PB, Lee TI, Young RA. Master transcription factors and mediator establish super-enhancers at key cell identity. Cell. 2013 Apr 11;153(2):307-19.

14. Takahashi K, Yamanaka S. Induction of pluripotent stem cells from mouse embryonic and adult fibroblast cultures by defined factors. Cell. 2006 Aug 25;126(4):663-676.

15. http://www.nobelprize.org/nobel_prizes/medicine/laureates/2012.

16. Lovén J, Hoke HA, Lin CY, Lau A, Orlando DA, Vakoc CR, Bradner JE, Lee TI, Young RA. Selective inhibition of tumor oncogenes by disruption of super-enhancers. Celt. 2013 Apr 11 ; 153(2):320—34.

17. Обзор различных молекулярных причин см. в: Skibbens RV, Colquhoun JM, Green MJ, Molnar CA, Sin DN, Sullivan BJ, Tanzosh EE. Cohesinopathies of a feather flock together. PLoS Genet. 2013 Dec; 9(12):e1004036.

18. http://www.cdls.org.uk/information-centre.

19. Sanyal A, Lajoie BR. Jain G, Dekker J. The long-range interactionj-landscapeof gene promoters. Nature. 2012 Sep 6;489(7414):109-13.

20. Jackson DA, Hassan AB, Errington RJ, Cook PR. Visualization of focal sites of transcription within human nuclei. EMBO J. 1993 Mar; 12(3):1059-65.

21. Отличный обзор на эту тему: Rieder D, Trajanoski Z, McNally JG. Transcription factories. Front Genet. 2012 Oct 23;3:221. doi: 10.3389/fgene.2012.00221.eCollection 2012.

22. Iborra FJ, Pombo A, Jackson DA, Cook PR. Active RNA polymerases are localized within discrete transcription «factories» in human nuclei. J Cell Set. 1996 Jun; 109(Pt 6):1427-36.

23. Jackson DA, Iborra FJ, Manders EM, Cook PR. Numbers and organization of RNA polymerases, nascent transcripts, and transcription units in HeLa nuclei. Mol Biol Cell. 1998 Jun; 9 (6):1523-36

24. Papantonis A, Larkin JD, Wada Y, Ohta Y, Ihara S, Kodama T, Cook PR. Active RNA polymerases: mobile or immobile molecular machines? PLoS Biol. 2010 Jul 13;8(7):e1000419.

25. Osborne CS, Chakalova L, Brown KE, Carter D, Horton A, Debrand E, Goyenechea B, Mitchell JA, Lopes S, Reik W, Fraser P. Active genes dynamically colocalize to shared sites of ongoing transcription. Nat Genet. 2004 Oct; 36(10):1065-71.

26. Osborne CS, Chakalova L, Mitchell JA, Horton A, Wood AL, Bolland DJ, Corcoran AE, Fraser P. Мус dynamically and preferentially relocates to a transcription factory occupied by Igh. PLoS Biol. 2007 Aug; 5(8):e192.

Глава 13

1. Установить, кто впервые использовал это описание, трудно. См. обсуждение этого вопроса: http://engiish.stackexchange.com/questions/ 103851/where-does-the-phrase-of-boredom-punctuated-by-moments-of-terror-come-from.

2. Обзор на эту тему: Molto Е, Fernandez A, Montoliu L. Boundaries in vertebrate genomes: different solutions to adequately insulate gene expression domains. Brief Fund Genomic Proteomic. 2009 Jul; 8(4):283-96.

3. Ishihara K, Oshimura M, Nakao M. CTCF-dependent chromatin insulator is linked to epigenetic remodeling. Mol Celt. 2006 Sep 1;23(5):733-42.

4. Lutz M, Burke LJ, Barreto G, Goeman F, Greb H, Arnold R, Schultheiss H, Brehm A, Kouzarides T, Lobanenkov V, Renkawitz R. Transcriptional repression by the insulator protein CTCF involves histone deacetylases. Nucleic Acids Res. 2000 Apr 15;28(8):1707-13.

5. Lunyak W, Prefontaine GG, Nuftez E, Cramer T, Ju BG, Ohgi KAr|-Hutt K, Roy R, Garria-Dfaz A, Zhu X, Yung Y, Montoliu L, Glass CK, Rosenfeld MG. Developmentally regulated activation of a SINE B2 repeat as a domain boundary in organogenesis. Science. 2007 Jul 13;317(5835):248-51.

6. Цит. no: Kirkland JG, Raab JR, Kamakaka RT. TFIIIC bound DNA elements in nuclear organization and insulation. Biochim Biophys Acta. 2013 Mar—Apr; 1829(3-4):418-24.

7. Так называемый синдром Тёрнера. Подробнее см. в: http://www. nhs.uk/Conditions/Turners-syndrome/Pages/Introduction.aspx.

8. Подробнее см. в: http://ghr.nlm.nih.gov/condition/triple-x-syn-drome.

9. Так называемый синдром Клайнфельтера. Подробнее см. в: http://ghr.nlm.nih.gov/condition/klinefelter-syndrome.

10. Star Trek: First Contact [«Звездный путь. Первый контакт«] (1996). Несомненно, лучший фильм из всего цикла — во всяком случае, до того, как Дж.Дж. Адамс взялся за перезагрузку проекта.

11. См. https://ghr.nlm.nih.gov/gene/SHOX.

12. Hemani G, Yang J, Vinkhuyzen A, Powell JE, Willemsen G, Hottenga JJ, Abdellaoui A, Mangino M, Valdes AM, Medland SE, Madden PA, Heath AC, Henders AK, Nyholt DR, deGeusEJ, Magnusson PK, Ingelsson E, Montgomery GW, Spector TD, Boomsma DI, Pedersen NL, Martin NG, Visscher PM. Inference of the genetic architecture underlying BMI and height with the use of 20,240 sibling pairs.

Продолжить чтение
Рекомендуем почитать
Человек в поисках себя. Очерки антропологических и этических учений. Том 1. Античность и Средневековье

Работа представляет комплексный анализ антропологических и этических учений с древнейших времен до современности в их взаимозависимости и взаимовлиянии. Адресуется студентам и аспирантам гуманитарных вузов, а также широкому кругу читателей.

Беседы о науке

Штрихи к портретам известных отечественных и зарубежных деятелей науки: академиков – Г. Марчука, Л. Окуня, Ж. Алферова, А.Сахарова, С.Вавилова, Ф.Мартенса, О.Шмидта, А. Лейпунского, Л.Канторовича, В.Кирюхина, А.Мигдала, С.Кишкина, А. Берга, философов – Н.Федорова, А. Богданова (Малиновского), Ф.Энгельса, А. Пятигорского, М.Хайдеггера, М. Мамардашвили, В.Катагощина, выдающихся ученых и конструкторов – П.Чебышёва, К. Циолковского, С.Мальцова, М. Бронштейна, Н.Бора, Д.Иваненко, А.Хинчина, Г.Вульфа, А.Чижевского, С. Лавочкина, Г.Гамова, Б.

Инквизиция и инквизиторы во Франции

После Альбигойского крестового похода — серии военных кампаний по искоренению катарской ереси на юге Франции в 1209–1229 годах — католическая церковь учредила священные трибуналы, поручив им тайный розыск еретиков, которым все-таки удалось уберечься от ее карающей десницы. Так во Франции началось становление инквизиции, которая впоследствии распространилась по всему католическому миру. Наталия Московских рассказывает, как была устроена французская инквизиция, в чем были ее особенности, как она взаимодействовала с папским престолом и королевской властью.

Отечественная война 1812 года глазами современников

В книге собраны воспоминания участников Отечественной войны 1812 года и заграничного похода российской армии, окончившегося торжественным вступлением в Париж в 1814 году. Эти свидетельства, принадлежащие самым разным людям — офицерам и солдатам, священнослужителям и дворянам, купцам и городским обывателям, иностранцам на русской службе, прислуге и крепостным крестьянам, — либо никогда прежде не публиковались, либо, помещенные в периодической печати, оказались вне поля зрения историков. Лишь теперь, спустя двести лет после Отечественной войны 1812 года, они занимают свое место в истории победы русского народа над наполеоновским нашествием.

О времени, пространстве и других вещах. От египетских календарей до квантовой физики

Автор книги рассказывает о появлении первых календарей и о том, как они изменялись, пока не превратились в тот, по которому мы сейчас живем. Вы узнаете много интересного и познавательного о метрических системах, денежных единицах и увлекательных парадоксах физики, химии и математики. Занимательные исторические примеры, иллюстрируя сухие факты, превращаются в яркие рассказы, благодаря живому и образному языку автора.

Этюды о Галилее

Одна из первых монографий Александра Койре «Этюды о Галилее» представляет собой три, по словам самого автора, независимых друг от друга работы, которые тем не менее складываются в единое целое. В их центре – проблема рождения классической науки, становление идей Нового времени, сменивших антично-средневековые представления об устройстве мира и закономерностях физических явлений. Койре, видевший научную, философскую и религиозную мысли в тесной взаимосвязи друг с другом, обращается здесь к сюжетам и персонажам, которые будут находиться в поле внимания философа на протяжении значительной части его творческого пути.

Растут ли волосы у покойника? Мифы современной науки

В науке часто возникают мифы, которые порой отличаются поразительной живучестью. Они передаются из поколения в поколение, появляясь на страницах книг, на интернетовских сайтах, звучат в научных докладах и в разговорах обычных людей.Именно таким мифам и посвятил свою книгу известный немецкий популяризатор науки Э. П. Фишер. Он рассказывает, почему весь мир полагает, что пенициллин открыл Александр Флеминг, а родители троечников утешают себя тем, что великий Эйнштейн в школе тоже не был отличником. Фишер говорит и о мифах, возникших в последние годы, например, о запрограммированности нашей жизни в генах или о том, что мы должны в день выпивать два литра воды.

Коннектом

Что такое человек? Какую роль в формировании личности играют гены, а какую – процессы, происходящие в нашем мозге? Сегодня ученые считают, что личность и интеллект определяются коннектомом, совокупностью связей между нейронами. Описание коннектома человека – невероятно сложная задача, ее решение станет не менее важным этапом в развитии науки, чем расшифровка генома, недаром в 2009 году Национальный институт здоровья США запустил специальный проект – «Коннектом человека», в котором сегодня участвуют уже ученые многих стран.В своей книге Себастьян Сеунг, известный американский ученый, профессор компьютерной нейробиологии Массачусетского технологического института, рассказывает о самых последних результатах, полученных на пути изучения коннектома человека, и о том, зачем нам это все нужно.

Теории всего на свете

«Напишите о вашем самом любимом, самом интересном, глубоком и изящном объяснении», – попросил издатель и писатель Джон Брокман известнейших ученых всего мира, работающих в разных областях науки, а потом собрал полученные эссе в книге, которую вы сейчас держите в руках. На ее страницах – рассказы о теориях, помогающих понять главные идеи физики и астрономии, экономики и психологии, биологии и многих других наук. Чтение это увлекательное, ведь среди авторов сборника – Джаред Даймонд, Нассим Талеб, Стивен Пинкер, Мэтт Ридли, Ричард Докинз и другие выдающиеся умы современности.

Частица на краю Вселенной. Как охота на бозон Хиггса ведет нас к границам нового мира

Автор книги, известный американский физик-теоретик и блестящий популяризатор науки, рассказывает о физике элементарных частиц, о последних достижениях ученых в этой области, о грандиозных ускорителях и о самой загадочной частице, прозванной частицей Бога, о которой все слышали, но мало кто действительно понимает ее природу Перевернув последнюю страницу, читатель наконец узнает, почему эта частица так важна и почему на ее поиски и изучение свойств ученые не жалеют ни времени, ни сил, ни денег.Лондонское Королевское научное общество назвало книгу лучшей научно-популярной книгой 2013 года.