Уже 29 июня в Кишинев прибыли секретарь КП(б)У Н.С. Хрущев и маршал С.К. Тимошенко. На следующий день войска генерала Жукова вышли на новую границу с Румынией по реке Прут, а к середине дня 3 июля новая западная граница была полностью закрыта частями Красной Армии и НКВД.
В тот же день – 3 июля 1940 года – 55-й ИАП всем составом участвовал в воздушном параде над городом Кишиневом в честь «праздника молдавского народа, который влился в единую семью Союза Советских Социалистических Республик» 3* Вместо ожидавшихся воздушных боев полку вновь пришлось демонстрировать свою слетанность в парадном строю.
Жизнь на новых территориях переходила на мирные рельсы, и 7 июля после выполнения поставленной задачи управление Южного фронта было расформировано. А 2 августа решением VII сессии Верховного Совета СССР была образована Молдавская ССР. В ее состав вошли Григориопольский, Дубоссарский, Каменский, Рыбницкий, Слободзейский, Тираспольский районы Молдавской АССР, а также Бельцкий, Бендерский, Кишиневский, Кагульский, Оргеевский, Сорокский уезды Бессарабии. Остальные 8 районов бывшей Молдавской АССР, а также Аккерманский и большая часть Измаильского и Хотинского уездов Бессарабии вошли в состав УССР. В тот же день Указом Президиума Верховного Совета СССР в состав УССР была включена Северная Буковина, преобразованная в Черновицкую область.
После бессарабской кампании оснащение 55-го ИАП новой техникой продолжилось. К 4 августа 4-я АЭ перевооружилась с самолета И-15бис на самолет И-153. Но готовность №2, в которой постоянно находились дежурные силы полка и продолжавшаяся ровно два месяца, была отменена только 10 августа.
Одновременно готовилось третье перебазирование полка, и к 28 августа в соответствии с приказом командующего ВВС ОдВО №0042 от 16 июля 1940 года полк перелетел с аэроузла «Раздельная» на аэродром, находившийся возле молдавского села Сингурены, расположенного в 10 км северо-западнее города Бельцы. При этом офицерский состав разместился непосредственно в Бельцах. Одновременно с перебазированием полк вошел в состав формирующейся 20-й САД армейской авиации Одесского ВО. После завершения формирования 20-й САД, штаб которой был расположен в Кишиневе, в ее состав входили 4-й ИАП, 55-й ИАП, 45-й СБАП и 211-й ББАП. С 8 августа дивизией командовал генерал-майор авиации Александр Степанович Осипенко, удостоенный звания Героя Советского Союза за бои в Испании.
Лето и осень 1940 года характеризовались в 55-м ИАП проведением плановой летной подготовки. Наиболее умелы в пилотировании истребителей И-16 в тот период были опытнейший командир полка майор Иванов и командир 1-й АЭ старший лейтенант Соколов Анатолий Селиверстович, за бои на Халхин-Голе награжденный орденом Красного Знамени. Впоследствии А.И. Покрышкин вспоминал, что мастерству пилотажа и воздушного боя он учился у Иванова и Соколова. Отличным воздушным бойцом-пилотажником на И-153 был адъютант эскадрильи 4* старший лейтенант Хархалуп Семен Иванович. Сильнейшим летчиком полка считал его Григорий Речкалов, пришедший в полк в одно время с Покрышкиным и в годы Войны ставший дважды Героем Советского Союза.
В тот период среди упражнений по плану боевой подготовки летчиков была стрельба по конусу, представлявшему собой 8-метровый полотняный мешок, который в зоне воздушных стрельб на высоте около 1000 м на фале длиной около 300 м таскал за собой самолет-буксировщик. На оценку «отлично» требовалось при использовании 60 патронов сделать 12 попаданий в конус, на оценку «хорошо» – 7. Постепенно Покрышкину на И-16 удалось выйти на уровень до 40 попаданий, а затем стать снайпером воздушной стрельбы, каковых в полку было совсем немного. К июню 1941 года таких же результатов на И-153 добился и Речкалов. Выполнялись также и стрельбы по наземной мишени. При этом угол пикирования на цель у комэска Соколова достигал 70°, а его результативность восхищала молодых летчиков. Для оценки «удовлетворительно» требовалось попасть в наземную мишень пятью пулями из 30 патронов, дававшимися для выполнения задания. Конечно, отрабатывали летчики и сложный пилотаж.
Однако обучение тактике воздушного боя в то время основывалось на принципе деления истребителей на скоростные и маневренные. При групповом бое скоростные монопланы И-16 должны были действовать в верхнем ярусе на вертикалях, а летчики на маневренных бипланах И-153 должны были вести бой внизу на виражах или боевых разворотах. Основу боевого порядка в советской истребительной авиации – и в 55-м ИАП в частности – составляло звено из трех самолетов: ведущего и двух ведомых. Но в этом случае при энергичном маневрировании ведомые оказывались больше занятыми контролем дистанций в строю, чем наблюдением за обстановкой. В то же время германские Люфтваффе по результатам боев в Испании в качестве основы боевых порядков истребителей приняли пару и звено из двух пар, которые давали несравненно больше возможностей для слаженного и эффективного маневра, а само маневрирование осуществлялось преимущественно в вертикальной плоскости.
Быстро совершенствовалась в Германии и авиационная техника – как в области конструкций самолетов, так и в области промышленного производства. На этом фоне советская военная авиатехника к концу 30-х годов существенно отстала от немецкой не только по своим боевым возможностям, но и по темпам их наращивания. В ходе подготовки к медленно приближавшемуся перевооружению в 55-м ИАП был совершен определенный «маневр» матчастью: 9 сентября 1-я и 2-я АЭ перевооружились с самолета И-16 М-63 на самолет И-153. Однако истребители И-16 не ушли полностью из этих эскадрилий и продолжили свою службу. Вскоре после этого полк был проверен инспекцией ВВС ОдВО, по результатам которой был составлен акт №002305 от 18.09Л940