Однако в Академии наук СССР, в других организациях продолжало укрепляться понимание того, что Лысенко наносит огромный вред советской науке, сельскому хозяйству, экономике. Необходимо отметить также, что в среде советских философов нашлись силы, которые взяли на себя нелёгкий труд по разработке научных философских и методологических проблем современной биологии, прежде всего генетики. Наиболее видную роль в этом сыграли труды И. Т. Фролова, активно выступившего в конце 50-х гг. против лженаучного философствования, распространенного вокруг работ Лысенко. Его исследования в этой области суммированы в книге «Философия и история генетики. Поиски и дискуссии», вышедшей в 1988 г. в издательстве «Наука».
События приводили к необычным и смелым для тех времен формам протеста. Так, например, на выборах в АН СССР в июне 1964 г. была провалена кандидатура выдвигавшегося в академики Н. И. Нуждина, одного из одиозных сторонников Лысенко. Против его кандидатуры проголосовали 126 академиков, а поддержали лишь 20.
Восстановление в правах разгромленных направлений советской биологии началось в 1964 г. после октябрьского Пленума ЦК КПСС. В 1965 г. Лысенко был снят с поста директора Института общей генетики АН СССР. Лженаучная, основанная на подлогах и фальсификациях методика работы Лысенко была вскрыта на примере деятельности Экспериментальной научно-исследовательской базы АН СССР «Горки Ленинские», руководимой самим «народным академиком» (деятельность этой базы была изучена специальной комиссией Президиума АН СССР).
Урон, нанесенный лысенковщиной советской биологии, особенно генетике, не восполнен до сих пор. Тяжкие кадровые потери, утрата традиций в ряде важнейших направлений исследований привели к серьёзному отставанию советской генетики от мирового уровня. Мы не можем сейчас воспользоваться всеми преимуществами и возможностями, которые предоставляет современная биология. Работа по восстановлению советской генетики началась, но она требует многих сил и экономических затрат. Требует она и притока новых кадров. Многие из нынешних школьников будут работать в научно-исследовательских лабораториях, в многочисленных сельскохозяйственных и биотехнологических центрах, использующих достижения современной генетики. И важно, чтобы их знания были подлинно научными, свободными от лженаучных догм, отражающими истинное состояние биологических проблем и всё богатство накопленных в мире идей о путях и подходах к их решению, о перспективах развития современной биологии.
Струнников В.А., Шамин А.Н. Т.Д. Лысенко и лысенковщина. Разгром советской генетики в 30–40-х гг. // Биология в школе. — 1989. — № 2. — С. 15–20.
Струнников В.А., Шамин А.Н. Т.Д. Лысенко и лысенковщина. Трудные годы советской биологии // Биология в школе. — 1989. — № 3. — С. 21–25.