Поскольку при выброске десантов транспортникам предстояло преодолевать линию фронта и действовать над территорией противника, предусматривалось их истребительное прикрытие и использование средств РЭБ — как имевшихся на ряде транспортных машин, так и специализированными постановщиками помех групповой защиты. Средства РЭБ к этому времени стали куда более эффективным средством защиты, чем пушки кормовых установок (на Ан-12 те позволяли вести огонь только при визуальной видимости противника и не обеспечивали отражение атак при полетах ночью и в облаках, не говоря уже о современных зенитных средствах). «Электронное оружие» позволяло маскировать отдельный самолет и строй, срывало обнаружение, прицеливание и работу систем наведения ПВО. Функционирование комплекта мощных СПС перекрывало широкий спектр, подавляя работу станций обнаружения и целеуказания ЗРК разных типов, вдобавок еще и позволяя глушить радиопереговоры противника. В дополнение к средствам активной защиты могли использоваться сбрасыватели дипольных отражателей, вручную или автоматически отвечавшие на облучение постановкой завесы пассивных помех требуемого диапазона. По оценке разработчика, комплексная работа средств индивидуальной и групповой защиты снижала вероятность поражения до 0,2–0,3.
Как выглядит в действии работа самолетной СПС, притом одного из первых образцов, показала демонстрация на подмосковном полигоне, где в роли противника выступала зенитная батарея с радиолокационным наведением. Для большей натурности зенитки должны были вести боевую стрельбу по цели, но в зеркальную точку (обратную по азимуту). Цель-самолет была взята на автоматическое сопровождение станцией орудийной наводки и зенитки были готовы открыть огонь. Включение ответных помех разом сорвало их работу, более того — расчеты бросились в стороны от пушек, угрожающе дергавших и раскачивавших стволами за мечущимися ложными целями.
Первые шесть самолетов Ан-12ППС прибыли на аэродром Шауляй III января 1970 г. Уже через месяц, когда и формирование его не было толком завершено, полк был задействован в проводившихся учениях соседней 26-й ВА, в ходе которых экипажи произвели десять самолето-вылетов. К началу марта полк располагал уже полной эскадрильей, включающей десять Ан-12ППС и два Ан-12БК. До конца года его самолеты двенадцать раз принимали участие в учениях разного уровня, от дивизионных, прикрывая соседей-«транспортников», до армейских, обеспечивая боевую работу ударной авиации. Что касается возможностей мощных СПС, то их работа даже на одном носителе позволяла разом заглушить радиотехнические системы на территории небольшого государства. При проведении учений на Украине в 1973 г. пара Ан-12иПС, поднявшись из Староконстантинова, поставила помехи «по полной программе», сорвав не только управление средствами ПВО, но и нарушив связь и управление полетами на окрестных аэродромах. Начальство, перебрав все резервные каналы, едва сумело докричаться до «шумовиков» с приказом: «Выключить все к чертовой матери!»
Специализированные помеховые Ан-12, набитые массой громоздкой аппаратуры, были ощутимо тяжелее обычных транспортников. Ан-12БК-ППС постоянно летали со взлетным весом 61 т, считавшимся предельным для транспортных машин. Соответственно меньшей была дальность, в строю тяжелые «помеховые» отставали, вынуждая всю группу держать меньшую скорость, особенно после «разгрузки» десанта над целью при отходе. Другим недостатком являлись дефекты электромагнитной совместимости мощной РЭБ и бортовых систем: включение СПС нарушало работу навигационного и Радиотехнического оборудования, грозя оставить самолет без связи, (е легче приходилось и бортовым операторам по авиаоборудованию, электрогенераторам и РЭБ, находившимся в грузовой кабине под непрерывным шумом, источником которого были не только винты, но и аппаратура, гудевшая на разные лады. Блоки и усилители «светили» высокочастотным и СВЧ-излучением, не лучшим образом переносимым организмом, а отсутствие полноценного кондиционирования делало их работу окончательно незавидной.
Самолеты из состава 117-го полка были задействованы и для выполнения радиотехнической разведки (РТР) далеко за пределами страны — на Ближнем Востоке. Первая группа из трёх Ан-12ПП была направлена в Египет в конце 1969 г., а в октябре 1970 г. четыре аналогичные машины появились в Сирии. Экипажи сменялись по истечении годичного срока, с 1972 г. численность сирийской группы сократили до двух машин. Их целью было вскрытие системы ПВО Израиля в интересах арабских союзников. К прикрытию ударных групп арабской авиации в непрекращающемся конфликте «войны на истощение» они, однако не привлекались ввиду очевидного риска ввода самолетов в боевое соприкосновение с противником, где несущий арабские опознавательные знаки достаточно крупный самолет неизбежно становился привлекательной целью (достаточно было и публикации в «Правде» летом 1970 г. под заголовком «Фальсификаторы», в которой клеймились западные измышления о будто бы находящихся в Египте советских военнослужащих).
«Рэбовские» Ан-12 продолжали нести боевое дежурство в Сирии до 1982 г. Поводом для прекращения их службы стали известные события июньского конфликта в Ливане, показавшие, что с техникой десятилетней давности против израильской авиации и ПВО, что называется, до зубов оснащенных суперсовременными электронными системами и средствами РЭБ недостижимого уровня, просто нечего делать. Результатом этого открытия и «разбора полетов», вызвавшего настоящее потрясение в верхушке отечественного Минобороны и ВВС в частности, стали весьма суровые мероприятия — от слетевших погон ответственных руководителей до экстренных попыток нагнать упущенное.