Что касается концертов Бесплатной музыкальной школы и истинного их главы Балакирева, то как публика, так и критика относились к ним, в большинстве случаев, с полной антипатией, а иногда и решительной враждебностью. Правда, было еще время, когда некоторые критики признавались печатно, что под управлением Балакирева наш оркестр становится «неузнаваем», что Балакирев истинно талантливый дирижер, что исполнение его «полно жизни и огня», что делаемые ему (иногда) овации вполне заслужены, но потом эти же критики обвиняли Балакирева во множестве недостатков, а Фаминцын уверял даже, что в исполнении той или другой симфонии Бетховена «проглядывает иногда не столько желание, сколько обязанность играть, в числе другой музыки, сочинения и Бетховена». Критик Серов (прежде когда-то светлый прогрессист, а в это время ставший отчаянным ретроградом) шел еще дальше. Он говорил, что «ремесленных способностей к музыкальному делу никто и не думает отрицать у Балакирева», но у него «голова, неспособная мыслить. Такие люди не зодчие, а каменщики». Дирижировку Балакирева он находил теперь (в противоположность тому, что находил за 10 лет раньше) еще нимсе совершенно «ординарной» дирижирозки Рубинштейна.
Все эти поверхностные, легкомысленные и сильно карикатурные суждения, все эти обвинения в дилетантстве, отсутствии истинного «знания», которым так долго подвергались во время оно и Бетховен, и Глинка, и Берлиоз, и Шуман, и все со стороны тупых шульмейстеров и непроходимых педантов, все эти бесконечные противоречия, все это слепое озлобление и вражда доказывали только одно: что старому русскому музыкальному миру приходилось куда как солоно от нового, нашедшего себе выражение в концертах Бесплатной музыкальной школы, что старый мир чуял себе в новых русских музыкантах и их великолепной деятельности коренного врага и неминучую погибель. Темные массы были против школы. Лишь интеллигентное, наиважнейшее в деле прогресса, меньшинство было за нее.
Но пока шла вся эта боевая жизнь, полная тревог и волнений, неудач в одну сторону и удач в другую, во внутренней жизни самой школы произошли некоторые очень значительные изменения. В своих записках Ломакин описывает их так: «Выучившись петь в Бесплатной школе, некоторые из учеников пожелали быть вознаграждаемы за свой труд, иначе считали его непроизводительным. Желая быть участниками всех распоряжений, они роптали, что касса находится в руках учредителя (Ломакина), что все делается им произвольно, безотчетно, беспорядочно. Учение стали находить неудовлетворительным, потому что в школе нельзя сформироваться солистам, выбор пьес дурным, оркестр дорогим, все труды бесполезными, и к труженику Ломакину, жертвовавшему беззаветно своим здоровьем, временем и покоем для общей пользы, начали относиться с недоверием и подозрением. Появились даже статьи в газетах, которые его отрезвили. Вникнув в причину неудовольствия учеников в Бесплатной школе, Ломакин сознался в своей административной неспособности и в несоблюдении формалистики. Непрактичный в делах, он предавался всецело своему учительскому труду и относился беспечно к остальным вещам, полагая, что все ведется исправно, так как были в школе на жаловании учителя, секретарь, библиотекарь, помощник. Были шнуровые книги, куда записывались расходы и приходы, и отчеты печатались ежегодно в газетах. Силы и энергия Ломакина подорвались от первого толчка, и он не в состоянии был продолжать свои занятия в школе…»
С самого основания школы у нее не было никакого устава, и Ломакин управлял ею единолично и самостоятельно. Но 11 ноября 1867 года был утвержден министерством внутренних дел устав для школы, по которому управление делами ее, кроме директора, предоставлено совету, избираемому из среды членов-любителей. 28 января 1868 года Ломакин отказался от управления школою, и труд этот по уставу принял на себя Балакирев, как учредитель школы вместе с Ломакиным.
Как на осязательные результаты деятельности Бесплатной музыкальной школы, за первый период ее существования, надо указать, кроме концертов, на следующие факты. С основания школы в 1862 году и по окончании первой половины 1868 года в ней перебывала не одна тысяча человек учащихся, из которых многие, не имея вначале ни малейшего понятия о музыке, приобрели значительные познания, так что образовали два церковных хора (при греческой церкви и при церкви министра внутренних дел); кроме того, многие из учеников школы участвовали в разных других хорах: придворной певческой капеллы и дворцовой церкви великого князя Николая Николаевича, в Почтамтском хоре, в хоре русской оперы, в хоре Русского музыкального общества и др. Наконец, некоторые из молодых людей, первоначально учившихся в школе, впоследствии сделались известными певцами-солистами на оперной сцене: таковы были И. А. Мельников на петербургской, Гиляров — на киевской и т. д.