При подготовке текста к публикации издатели придерживались следующих принципов. Текст печатается в соответствии с современными нормами орфографии и пунктуации и е максимально возможным сохранением особенностей авторского языка и стиля. Так, в частности, сохраняются авторские особенности написания слов с прописной (Богослужение; Слово Божие — в значении Евангелия и др.) либо строчной буквы, некоторые авторские пометы текста знаками, например: г; авторские подчеркивания отдельных слов в рукописей дневника воспроизведены при публикации полужирным шрифтом, написанные крупными буквами — выделяются прописными. Встречающиеся в тексте малопонятные современному читателю церковно–славянские, диалектные и устаревшие слова и выражения снабжены подстрочным переводом (церк. — слав. — по Словарю Г. Дьяченко: диалектные и устаревшие — по Словарю В. Даля).
Слова, написанные в рукописи под титлами и в сокращении (например: «в.» вместо «весьма»; «к–ые» вместо «которые»; «и др.» вместо «и другие»; «и пр.» вместо «и прочие»), установленные имена современников печатаются полностью. Некоторые вычеркнутые в рукописи слова и словосочетания восстанавливаются, если они являются существенной частью следующего далее текста. Перечеркнутый косой чертой текст (что, по–видимому, относится к особым его пометам), печатается полностью.
Цитаты из Священного Писания сверены с текстом Библии издания Российского Библейского общества в переводе на церковнославянский (М., 1993) и русский (М., 1995) языки. В соответствии с общепринятыми нормами все цитаты из Библии выделены курсивом и в круглых скобках указан их источник. Перевод церковнославянского текста не дается. В случаях расхождения текста цитат Священного Писания в дневнике отца Иоанна Кронштадтского и в вышеупомянутых изданиях Библии текст рукописи не выправляется, сохранены в цитатах и авторские смысловые знаки препинания («?», «!»). В некоторых случаях издатели сочли возможным для облегчения понимания дневникового текста дополнить цитаты Священного Писания, приведенные в дневнике в сокращении: дополнения заключены в угловые скобки<>. Источник неточных некрытых цитат (аллюзий) указывается в круглых скобках с пометой: Ср. — «Сравни». При отсылке к контексту Священного Писания в круглых скобках ставится: См. — «Смотри». Цитаты из богослужебных текстов также выделяются курсивом, ссылка на источник (предлагается первоначальный источник) дается под строкой. Особо отмечены случаи наиболее частого употребления в дневнике отдельных слов и выражений из библейских и богослужебных текстов. При обращении к таким часто цитируемым выражениям после ссылки на источник ставится символ>у — «Указатель», который означает, что в дальнейшем источник этой цитаты дается только в том случае, если она представлена в полном виде, а при цитировании отдельных слов и выражений из нее или при аллюзиях дастся ссылка на Указатель. В Указателе обозначены все случаи обращения к священным текстам; номера страниц с часто цитируемыми выражениями и аллюзиями, после которых в тексте не дается ссылка на источник, ставятся в Указателе в квадратных скобках [].
Немногочисленные слова и фразы, не поддающиеся в рукописи прочтению по разным причинам, в опубликованном тексте опущены, пропуск их обозначен звездочкой, отсылающей к подстрочному примечанию; слова, прочитанные предположительно, обозначаются в тексте знаком>— в конце слова, например: «воскресенье>,<12?>— января» или так: «непр<еменно>должны быть», Отсутствующие в рукописи слова и предлоги, легко восполнимые по смыслу, ставятся в угловые скобки, например: «Человек может не хлебом одним<быть>— жив…». В квадратных скобках даны редакционные пояснения текста. Поскольку в дневнике отец Иоанн также пользуется, помимо круглых, и квадратными скобками, каждый случай авторских квадратных скобок оговаривается под строкой. Редакция сочла необходимым в связи с сугубо личным характером некоторых записей сделать небольшие сокращения, отметив их в тексте знаком купюры<…>. Все подстрочные примечания и переводы принадлежат редакции.