Прототипом новой модификации «Кондора» стал второй серийный FW 200В-1, после переоборудования получивший обозначение FW 200V11. На машине установили значительно увеличенную подфюзеляжную гондолу, ставшую характерной чертой всех военных «Кондоров». Оборонительное вооружение состояло из шести 7,92-мм пулеметов MG 15: два смонтировали в носовой и кормовой частях гондолы, два — на верхних турелях и два — в боковых окнах. В гондоле организовали и бомбоотсек, правда, относительно небольшой — на четыре 250-кг бомбы. Еще четыре такие же бомбы можно было разместить на наружной подвеске (два узла находились в месте стыка крыла с фюзеляжем и два — под внешними мотогондолами). На самолете установили 830-сильные моторы BMW 132Н.
По образцу FW 200V11 достроили все находившиеся на сборочной линии FW 200B-1, выпустив 10 самолетов FW 20 °C-1. За ними последовали 8 машин модификации FW 20 °C-2, отличавшейся усиленными наружными бомбодержателями (максимальная масса бомбовой нагрузки возросла с 2000 до 2900 кг) и установкой в носовой части подфюзеляжной гондолы 20-мм пушки MG FF вместо пулемета.
Мощность двигателей первых FW 20 °C была явно недостаточной. Эту проблему постарались устранить на варианте FW 20 °C-3, прототипом которого стал самолет FW 200V13. Машина получила новые 9-цилиндровые моторы «Фафнир» (1200 л.с.). Усилению подверглась хвостовая часть фюзеляжа, а кресло пилота и рабочие места стрелков верхней хвостовой и обеих гондольных установок получили бронезащиту. Бомбовая нагрузка редко превышала 2100 кг: двенадцать 50-кг или две 250-кг бомбы в бомбоотсеке, две 500-кг — под внешними мотогондолами и две 250-кг — под крылом. При разведывательных полетах с полной заправкой, как правило, брали только четыре 250-кг бомбы.
Самолет получил широкий набор радиооборудования, включая основную радиостанцию FuG X, дополнительную коротковолновую радиостанцию, радиопеленгатор Peil GV, устройство для «слепых» полетов FuBI 1 и систему опознавания «свой-чужой» FuG 25.
FW 200А «Поммерн» (бывший борт D-AMHL) после мобилизации
Серийный ударный самолет FW 20 °C-2
Бомбардировщик FW 20 °C-3/U5 (борт F8+DH, изначально KE+IT)
Самолет FW 200V11 стал прототипом боевого варианта FW 20 °C-1
В течение 1941 г. построили 47 самолетов FW 20 °C-3. В рамках этой модификации существовало несколько подвариантов, наиболее массовым из которых (21 машина) стал FW 20 °C-3/U4. Такие самолеты получили в верхней хвостовой установке 13,2-мм пулемет MG 131 вместо MG 15, бронированный топливный бак в подфюзеляжной гондоле, а также наружные узлы, приспособленные для подвески торпед. Шесть FW 20 °C-3/U3 оснастили радиолокаторами. Другие варианты — FW 20 °C-3/U1, U2, U5, U6, U7, U8 и U9 — существовали в нескольких экземплярах каждый, отличаясь составом оборудования и вооружения.
С февраля 1942 г. начались поставки самолетов FW 20 °C-4 (в общей сложности 94 машины). Этот вариант, ставший самым массовым среди «Кондоров», унаследовал от предшественника планер и силовую установку, но получил более развитое радиооборудование и мощное вооружение. В частности, в передней верхней точке стоял 15-мм пулемет MG 151, в носовой части гондолы — такой же пулеметлибо 20-мм пушка MG 151/20, в задней верхней установке — MG 131, в хвостовой части гондолы и в боковых окнах остались MG 15. Максимальная масса бомбовой нагрузки — 2100 кг.
Бомбардировщик FW 20 °C-3/U2 (борт SG+KS)
Бомбардировщик FW 20 °C-4
Бомбардировщик FW 20 °C-5 (борт F8+NT, изначально ТА+МР)
FW 20 °C-8/U10 — самолет-носитель противокорабельных ракет Hs 293
Часть самолетов оборудовали радарами. Первоначально применялись локаторы FuG 216 «Нептун» S — по сути, экспериментальные станции с дальностью обнаружения, не превышающей 9 миль (около 17 км). Шесть FW 20 °C-4/U3 получили более совершенные радары FuG 218 «Росток». В ноябре 1942 г. на «Кондорах» появились станции FuG 200 «Хоэнвиль», представлявшие собой огромный шаг вперед в развитии радиолокации — дальность обнаружения морских целей достигала 230 км. Варианты FW 20 °C-4/U1, U2 и U4 (выпущено по две единицы каждого) представляли собой специальные пассажирские (курьерские) самолеты.
Один серийный FW 20 °C-4 в конце октября 1942 г. передали испытательному центру в Пенемюнде. Самолет приспособили для подвески самолетов-снарядов Fi 103 (V1). Первый сброс такого оружия выполнили в декабре 1942 г. Испытания с применением «Кондора» в качестве самолета-носителя продолжались до апреля 1943 г. Однако в боевых условиях Fi 103 запускались с более массовых двухмоторных бомбардировщиков Не 111.
В самом начале 1943 г. в частях появились самолеты FW20 °C-5, отличавшиеся еще более усиленным оборонительным вооружением: теперь пулемет MG 151 стоял и в верхней хвостовой установке, а в боковых окнах вместо MG 15 разместили крупнокалиберные MG 131. Выпустили таких самолетов немного, всего 22, и в дальнейшем производство «Кондоров» неуклонно сокращалось — фронту в первую очередь требовались истребители и штурмовики. Тем не менее, до полного прекращения серийного выпуска в производство внедрили еще два варианта. Первый из них — FW 20 °C-6 — прежде всего, предназначался для ведения разведки. Нужда в «Кондорах»-бомбардировщиках отпала, так как FW 200 с середины 1943 г. практически прекратили удары по конвоям, сосредоточившись на разведке. Стрелковое вооружение этой модификации состояло из одного 15-мм пулемета MG 151 в верхней передней башне и пяти 13,2-мм пулеметов в других точках. Следует иметь ввиду, что состав стрелкового вооружения «Кондоров» всех модификаций мог варьироваться вследствие доработок, проводившихся в том числе непосредственно в частях. Были заложены 16 экземпляров FW 20 °C-6, но неизвестно, всех ли передали люфтваффе.