В Омск, а точнее в его пригород Куломзи-но, кроме завода №288 и коллектива Бериева, прибыли ОКБ В,М. Мясищева и Д.Л. То-машевича. Для всех производственной базой стал небольшой ремонтный завод ГВФ № 166. Именно там собрали из привезенного задела и сдали военной приемке несколько Бе-4. Для этого весной 1942 г на левом берегу Иртыша соорудили примитивный гидроспуск. Заводские летные испытания проводил Котя ко в. Вооружение собранных в Омске машин было усилено: курсовой LUKAC заменили двумя 12,7-мм пулеметами УБК, количество под крыльевых бомбодержателей увеличили до четырех, и теперь самолет мог поднять 400 кг бомб (4 фугасные ФАБ-100 или 4 противолодочные ПЛАБ-100). Были также частично изменены конструкция лодки и устройство ряда систем.
Так как об использовании Бе-4 как корабельного разведчика речь уже не шла, летающей лодке пришлось осваивать новые профессии. В частности, в июне 1942 г. по требованию военных отрабатывалась техника бомбометания с пикирования. Испытания начал заводской летчик Ф.С, Лещенко, которого из-за болезни сменил СБ. Рейдель. Он обнаружил, что при переводе Бе-4 в пикирование в кабине появляется запах бензина. Тщательный послеполетный осмотр винтомоторной группы не дал результатов, и испытания решили продолжить. Через 2 дня в очередном полете в момент ввода в пике в кабине опять резко запахло бензином. Через мгновение топливо попало на выхлопные патрубки двигателя и воспламенилось. Рейдель хладнокровно вывел машину из пикирования, сбросил фонарь и дал команду штурману покинуть самолет. Однако тот замешкался, и в это время пламя стало гаснуть. Летчик решил спасти самолет Только посадив летающую лодку, он почувствовал, что у него обожжено лицо. Причиной пожара, который едва не привел к трагедии, стал дефект пробки бензобака. Ее тут же доработали, а по результатам испытаний выпустили методические рекомендации по применению Бе-4 в качестве пикирующего бомбардировщика.
Бе-4 в строевых частях морской авиации
Подъем Бе-4 самолетно-барказным краном на крейсер «Калинин»
Бе-4, установленный «по-походному» и взлетающий с катапульты крейсера «Молотов». ЧФ, 1944 г.
В 1943 г. в соответствии с приказом НКАП №267c от 3 мая, КБ Бериева было перебазировано в г. Красноярск на завод №477 - бывшие мастерские по ремонту катеров Главсевморпути. Там серийный выпуск и совершенствование Бе-4 продолжились. Значительно усилили огневую мощь самолета ракетные орудия РО-82 для реактивных снарядов РС-32. Машина №28807 имела по четыре РО-82 под каждой консолью крылаг на всех последующих их количество сократили до двух. Начиная с самолета №4770202, Бе-4 в дополнение к двум бакам в мотогондоле стали оснащать спаренными лодочными бензобаками емкостью 300 л. Затем внедрили новую систему заполнения бензобаков нейтральным газом. В маслосистему добавили еще один радиатор, размещенный на нижней поверхности центроплана крыла слева от мотогондолы. В очередной раз изменилось стрелковое вооружение. Вместо хвостовой турели со ШКАСом была установлена турель ВУБ-3 с крупнокалиберным УБТ. Однако при этом взлетная масса перевалила за 3 т, и один курсовой пулемет УБК пришлось снять.
Все эти усовершенствования были внедрены на Бе-4 №4770305, который был испытан Котяковым с 11 августа по 7 октября 1944 г., после чего его приняли в качестве эталона для серии. В таком виде Бе-4 строили вплоть до окончания производства самолета в 1945 г.
Во время войны 12 машин поступили на Черноморский флот, 12 - на Балтику, 4 - на Тихоокеанский флот Остальные самолеты попали в строевые части уже после окончания боевых действий.
В строю флотской авиации
Первыми летом 1942 г. Бе-4 получили ВВС Черноморского флота. Поскольку обстановка на театре боевых действий в это время сложилась такая, что о службе на кораблях речь не шла, все четыре гидросамолета были сведены в отдельное корректировочное звено с базированием в районе Туапсе. Осенью, после того как экипажи освоили машины, эта четверка вошла в состав 60-й отдельной авиаэскадрильи. Затем новыми гидросамолетами вооружили 82-ю отдельную эскадрилью, базировавшуюся на озере Палеостоми в Поти. На Черном море Бе-4 использовались как ближние морские разведчики, систематически просматривая 40-мильную прибрежную зону и выполняя задачи ПЛО в районах военно-морских баз. Несколько раз Бе-4 встречались в воздухе с немецкими летающими лодками BV-138 и Do-24, иногда дело доходило до стрельбы, однако эти дуэли прошли без последствий для обеих сторон, С изменением общей обстановки на фронте в нашу пользу Бе-4 появились на борту боевых кораблей. На крейсере «Молотов» по решению ГКО №4093 от 12 сентября 1943 г. установили модернизированную катапульту ЗК-1А. В Батуми в августе 1944 г с нее запускали болванки, а в следующем месяце в Новороссийске начались сдаточные испытания. В акте от 24 октября 1944 г. отмечено, что «катапульта, проверенная многократными стартами самолетов Бе-4 и «Спитфайр», работает отлично и может быть допущена к эксплуатации». В июне 1944 г. на Чф была сформирована 24-я отдельная эскадрилья корабельной авиации, в состав которой, помимо Бе-4, вошли истребители «Спитфайр» MR.VB. В июле 1945 г. в составе этой эскадрильи насчитывалось 8 Бе-4.