Начиная с 1962 г, системой «Букет» было оснащено: 34 самолета станцией СПС-22Н, 9 - СПС-ЗЗН, 28 - СПС-44Н и 20 - СПС-55Н. С переходом к полетам на малых высотах некоторые Ту-16П переоснащались станцией СПС-77, оптимизированной для работы в таких условиях. Дорабатывали не только Ту-16СПС, но и Ту-16 «Елка» (см. ниже), а также некоторые другие модификации самолета.
Опыт применения Ту-16П показал, что при плотном расположении летящих в строю ударных машин применение системы «Букет» чревато подавлением не только РЛС противника, но и своих же бортовых радиолокаторов. Поэтому «Букет» в 1972 г. пришлось доработать и дополнить специальной аппаратурой, способной излучать мощный сигнал с узкой диаграммой направленности луча, 10 самолетов Ту-16П (со станциями СПС-22Н и СПС-44Н) были оборудованы аппаратурой «Фикус». Пять ее направленных антенн с системой вращения устанавливались под фюзеляжем между шпангоутами №34 и №45 под большим радиопрозрачным обтекателем. Испытания усовершенствованной системы постановки помех проводились на Ту- 16П № 1882409 и № 1883117.
Постановщик помех Ту-16СПС
Постановщик помех Ту-16Е известен в НАТО под обозначением Badger-H
Ту-16А, задействованный для испытаний станции РЭП «Сирень»
На одну из серийных куйбышевских машин (№1882106) планировали установить опытную аппаратуру «Силикат», комплект агрегатов которой был полностью готов в марте 1956 г. Несколько позднее вместо «Силиката» на этот самолет установили новую систему постановки активных радиопомех «Фонарь», однако эти варианты в серийное производство запущены не были. Во второй половине 60-х гг. серийный Ту-16П №5202907 оборудовали станцией СПС-100 «Резеда-АК». С самолета сняли прицел «Аргон» и заднюю пушечную установку, а вместо нее установили хвостовой отсек с аппаратурой станции. В комплект СПС-100 входила и станция предупреждения об облучении СПО-3 «Сирена-3». В этом виде постановщик помех успешно прошел испытания, и систему СПС-100 приняли для Ту-16. Однако строевые Ту-16П ими не оснащались, их получили, начиная с 1969 гм некоторые другие модификации Ту-16. Несколько Ту-16П оборудовали станцией СПС-120 «Кактус», блоки которой также разместили в грузоотсеке на платформе.
В течение 1970-80 гг. оборудование Ту-16П постоянно модернизировалось. В частности, устанавливались станции индивидуальной и групповой защиты типа СПС-151, СПС-152 или СПС-153 из комплекта «Сирень». Блоки станций «Сирень» располагались в техническом отсеке фюзеляжа и в хвостовом контейнере-обтекателе, установленном вместо задней стрелковой установки ДК-7. Передающие антенны системы располагались по обоим бортам фюзеляжа в районе воздухозаборников двигателей, приемные -в районе первого шпангоута фюзеляжа.
Ту-16П с РПЗ-59. 21 июля 1959 г. вышло Постановление Совмина №832-372, которое предусматривало создание новой пассивной противорадиолокационной системы индивидуальной защиты Ту* 16. На основании этого документа на базе серийной УР класса «воздух-воздух» К-5 (К-51) ОКБ-134 разработало опытные образцы противорадиолокационной ракеты РПЗ-59 «Автострада-1». После пуска этой ракеты с Ту-16 из ее заднего отсека выбрасывались пачки дипольных отражателей, образуя перед самолетом облако пассивных помех. На держатели ДПУ-РПЗ в грузоотсеке Ту-16 можно было подвесить шесть ракет, запускаемых как одиночно, так и серией через определенные интервалы. Госиспытания системы проводились на доработанном Ту-16П №8204130 до начала 1964 г и показали, что в данном виде она неприемлема: полет ракет был неустойчивым и опасным для самолета-носителя, были случаи самопроизвольного схода ракет и т.д. С учетом полученного опыта в 1964 г. развернулось создание новой противорадиолокационной системы «Пилон», включающей самолет-носитель Ту-16П со станцией «Букет» и 12 ракет РПЗ-59, размещенных на подкрыльевых пилонах (по шесть под каждой плоскостью). С 1972 г. небольшое число Ту-16П было оборудовано такой системой.
Ту-16 «Елка» и Ту-16Е. Параллельно с созданием постановщика активных помех Ту- 16СПС в ОКБ-156 разрабатывался постановщик пассивных помех, получивший обозначение Ту-16 «Елка». Во всю длину его грузоотсека располагались 7 автоматов сброса пассивных помех АСО-16. В створках отсека имелись вырезы (на левой - три, на правой - четыре) для выводных горловин автоматов. В незанятом объеме отсека можно было подвешивать бомбовое вооружение. Кроме того, на Ту-16 «Елка» устанавливалась помеховая станция СПС-4 «Модуляция», ее обтекатель каплевидной формы крепился перед грузоотсеком. При снятии АСО-16 самолет превращался в полноценный бомбардировщик. В 60-е гг. на машины этой модификации в дополнение к семи АСО-16 стали устанавливать два автомата АПП-22. В этом случае места для размещения бомб уже не оставалось.
В 1957 г. завод №1 выпустил 42 серийных Ту-16 «Елка» с системой дозаправки топливом в полете, еще 10 машин в том же году сдал ВВС завод №64. Кроме того, 19 бомбардировщиков завода №22 были переоборудованы в этот вариант (все они имели систему дозаправки). Таким образом, в общей сложности ВВС получили 71 постановщик помех этой модификации. В дальнейшем самолеты Ту-16 «Елка» неоднократно модернизировались и дорабатывались, постепенно приближаясь по характеристикам к Ту-16ПТ становясь комбинированными постановщиками активных и пассивных помех.