ВВС не были полностью удовлетворены тактико-техническими характеристиками ЯК-25РВ, но большие потолок и продолжительность полета заставили военных при отсутствии выбора согласиться на его серийный выпуск. После некоторых доработок и проведения госиспытаний самолет запустили в производство на заводе №99 в Улан-Удэ («изд. 25РВ»), На это предприятие направили летчика-испытателя ОКБ-115 Л.А.Смирнова. Он вспоминает: «До 11000 м Як-25РВ с точки зрения пилотирования мало чем отличался от других самолетов, но на высотах, близких к 20000 м, требовал повышенного внимания летчика, так как разница между максимальной и минимальной скоростями на этих высотах составляла всего 10 км/ч. Стоило немного разогнаться, и начиналась громкая «дрожь» всей машины, а когда скорость приближалась к минимальной, самолет начинал раскачиваться по крену со все возрастающей амплитудой. Ориентируясь по этим признакам, летчики старались держаться в «коридоре скорости» и заставляли Як лететь в стратосфере. От пилотов это требовало больших затрат энергии и создавало значительный дискомфорт».
В 1958 г., еще до начала испытаний опытного разведчика, в ОКБ Яковлева на его базе начали проектировать пилотируемый самолет-мишень (иногда этот тип называли «самолет-цель»). Эта модификация предназначалась для отработки истребителями ПВО перехвата цели без стрельбы во внеполигонных условиях. Главным ее отличием от базового разведчика являлось отсутствие фотоаппаратуры. Согласно Постановлению правительства, максимальная скорость пилотируемой мишени на высоте 15000 м должна была составлять 900 км/ч, потолок - 20000-21000 м, а дальность на высоте 20000 м - 2500 км. После проведения заводских испытаний опытный самолет-мишень ЯК-25РВ-І направили на госиспытания, которые завершились в 1961 г. Машина имела взлетную массу 9935 кг и массу пустого - 6285 кг. Достигнутые результаты мало чем отличались от данных опытного разведчика, а замечания военных касались в основном конструктивных недоработок. Пилотируемую мишень запустили в серию, и она выпускалась в небольшом количестве в Улан-Удэ. В августе-сентябре 1962 г. прошли контрольные испытания серийного самолета-мишени ЯК-25РВ-І №0302. Масса этой машины оказалась примерно на 240 кг меньше, чем у опытного экземпляра, что было важно, т.к. каждый килограмм влиял на высотные характеристики. При необходимости ЯК-25РВ-І мог быть переоборудован и для беспилотного полета. Штатный беспилотный радиоуправляемый вариант имел обозначение Як-25РВ-П, предназначался для отработки истребителями ПВО высотных перехватов с применением вооружения и тоже выпускался серийно. На нем дополнительно устанавливался автопилот АП-28 и другая аппаратура для беспилотного полета. Управление машиной велось с переоборудованного спортивного самолета Як-30.
Обратимся еще раз к воспоминаниям Л.А.Смирнова. «Неудобства высотных полетов закончились с появлением ЯК-25РВ-І. Летчик на борту присутствовал лишь в качестве «контролера». Он всегда был готов вмешаться в действия автопилота и добиться выполнения заданной программы. На заводе №99 при сдаче самолета следовало выполнить один полет в ручном режиме и один - в автоматическом. Чаще всего одолеть программу за два полета не удавалось, и на некоторых машинах приходилось подниматься в воздух по 10-12 раз. В автоматическом полете задание выполнялось следующим образом. Заводской пилот выруливал Як на строго определенную точку, затем летчик заказчика со стремянки проверял все в кабине (представители ВВС почему-то сами «автоматический» взлет не выполняли), после чего с КП следовала команда «разрешаю старт». Летчик нажимал на кнопку «старт», и в кабине начинали дергаться рычаги, раскачиваться ручка и т.д. Далее летчику следовало лишь контролировать поведение машины, хотя вмешиваться в управление приходилось довольно часто. Двигатели по-разному набирали обороты, и самолет на разбеге норовил отвернуть от взлетной прямой. Набирал он высоту с ощутимой раскачкой. До 8000 м сохранялась высокая вертикальная скорость (до 50 м/с). На высоте 12000 м «контролер», как правило, вынужден был выполнить коррекцию курса, после чего набор продолжался в автоматическом режиме. На потолке выполнялась «полка», а если Як норовил уйти с нее, летчик нажимал кнопку «горизонт», и автоматика старалась подтянуть машину до нужной высоты. Снижение начиналось со сброса оборотов двигателей и выпуска шасси для уменьшения скорости. На 12000 м включался второй «автоматический» режим, на котором самолет шел до высоты 400 м.»
Серийные ЯК-25РВ
Опытный ЯК-25РВ-ІІ на заводских испытаниях
Серийные ЯК-25РВ-ІІ
В конце 60-х гг. небольшое количество ЯК-25РВ оснастили двумя подкрыльевыми пилонами для подвески унифицированных фильтрогондол типа РР8311-100. Новая модификация Як-25РР предназначалась для регистрации радиоактивного заражения. С 9 по 26 октября 1971 г. проходили специальные наземные и летные испытания Як-25РР №25991201, оснащенного вместо штатных фильтрогондол контейнерами с аппаратурой ИРИС («Волна-С»), которая предназначалась для обнаружения и регистрации электромагнитных импульсов от различных излучателей. Машина получила обозначение Як-25РРВ. Пульт управления аппаратурой ИРИС находился в кабине. Самолет снабдили системой наддува и обогрева контейнеров путем отбора горячего воздуха от компрессоров двигателей. Незначительные изменения коснулись и другого оборудования. Испытания показали, что подвеска новых контейнеров и внешние элементы системы их обогрева практически не повлияли на характеристики разведчика.