Такая система обеспечила бы преемственность учебных программ первоначального и дополнительного обучения, рациональное использование имеющегося научно-педагогического потенциала вуза и эффективность управления образовательным процессом со стороны Управления военным образованием ВВС и Управления воздушным движением и использования воздушного пространства.
Эти предпосылки и послужили достаточно веским основанием для открытия в Ейске с 2000 г. курсов по подготовке этих специалистов, которые просуществовали до реорганизации системы ЕС ОрВД в 2006 г.
В 1998 г., в связи с реорганизацией Вооруженных Сил и системы военного образования, в Ейск из Ставропольского ВВАИУ был переведен также факультет по подготовке штурманов наведения для пунктов управлений авиацией ПВО.
С 1999 г. в филиале Краснодарского ВАИ начали свою работу офицерские курсы по первоначальной подготовке специалистов для ПУ авиации ВВС, а с 2000 г. – для пунктов управлений ЕС ОрВД. Здесь же подняли на новый качественный уровень подготовки выполнение не только глазомерного, но и актуального на сегодняшний день приборного наведения с использованием современных автоматизированных систем управления.
Другими словами, на базе Ейского филиала Краснодарского ВАИ было сформировано единственное в Российской Федерации высшее учебное заведение, осуществляющее подготовку специалиста высшей квалификации, предназначенного для боевого управления авиацией и управления воздушным движением Российской Федерации. Поэтому 1998 г. можно определить, как год, завершающий становление системы подготовки специалистов по БУА и УВД и как год начала ее совершенствования и дальнейшего развития.
Учебно-материальная база Ейского филиала, а также опыт профессорско- преподавательского состава, в перспективе позволяли решать и другие, не менее важные задачи: подготовка должностных лиц полных боевых расчетов КП к эксплуатации и использованию средств вычислительной техники и АСУ в штабах и на пунктах управления; ускоренные (в угрожаемый период) курсы по подготовке авиационных наводчиков.
Поэтому было принято решение филиал Краснодарского ВВАУ ордена Дружбы народов института переформировать в ордена Ленина имени дважды Героя Советского Союза летчика-космонавта СССР В.М. Комарова филиал Военно-воздушной Краснознаменной ордена Кутузова академии имени Ю.А. Гагарина с дислокацией в г. Ейск.
Совершенствование и дальнейшее развитие военной специальности «инженер по управлению воздушным движением» продолжалось.
Согласно Распоряжения Правительства Российской Федерации 31 декабря 2004 г. ордена Ленина имени дважды Героя Советского Союза летчика-космонавта СССР В.М. Комарова филиал Военно-воздушной Краснознаменной, ордена Кутузова академии имени Ю.А. Гагарина (г. Ейск) был переименован в Ейское высшее военное авиационное ордена Ленина училище (военный институт) имени дважды Героя Советского Союза летчика-космонавта СССР В.М. Комарова.
Историческая справедливость, можно сказать, была восстановлена. «Кузница кадров» для авиационных пунктов управления снова стала работать в стенах уже не филиала, а полнокровного высшего военного заведения.
В 2008 г. в Ейское училище впервые был произведен набор девушек.
В марте 2009 г. Ейское высшее военное авиационное ордена Ленина училище (военный институт) имени дважды Героя Советского Союза летчика-космонавта СССР В.М. Комарова было переименовано в Ейское ВВАУ (ВИ) ВУНЦ ВВС «ВВА».
В 2011 г. в связи с реформированием ВС РФ и системы военного образования Ейское ВВАУ (ВИ) ВУНЦ ВВС «ВВА» прекратило существование. На базе филиала ВУНЦ ВВС «ВВА» (г. Краснодар) сформирован факультет боевого управления авиацией и управления воздушным движением.
Произошли штатные и кадровые преобразования. Факультет включал в себя три учебные кафедры и учебно-тренировочный комплекс.
Снова встала задача в кратчайшие сроки подготовить учебную базу на совершенно не приспособленных для этого объектах территории. Задача была выполнена и с 1 сентября 2011 г. начались плановые занятия.
В целях совершенствования системы военного образования в 2013 г. было принято решение о перебазировании факультета БУА и УВД в город Челябинск. Факультет вошел в состав филиала ВУНЦ ВВС «ВВА» (г. Челябинск).
Сегодня начальником филиала ВУНЦ ВВС «ВВА» (г. Челябинск) является полковник И.В. Шведов, заместителем начальника филиала по учебной и научной работе – полковник Ю.А. Панасенко, начальником учебного методического отдела – полковник Д.В. Нефедов, а начальником 2-го факультета БУА и УВД стал полковник С.А. Кедь.
На факультете работают кафедры «Теории и методики управления», «Боевого управления авиацией» и «Боевого применения автоматизированных систем управления». На базе филиала ВУНЦ ВВС «ВВА» в настоящее время ведется активная работа по обустройству факультета.
Для организации практического обучения создается учебно-тренировочный комплекс, который оснащается современными специальными тренажерами.
Выпускники Военного учебно-научного центра Военно-воздушных сил «Военно- воздушной академии имени профессора Н.Е. Жуковского и Ю.А. Гагарина» (филиал, г. Челябинск) получают высшее профессиональное образование по специальности «Эксплуатация воздушных судов и организация воздушного движения», специализации «Организация использования воздушного пространства» и направляются для прохождения службы в подразделения и воинские части на следующие офицерские должности:
