После прекращения бомбардировок ВВС и ПВО вступили в фазу обновления аэродромов и строительства новой инфраструктуры. Были подготовлены планы, согласно которым предстояло модернизировать имеющуюся и закупить новую технику. В качестве основного источника приобретения авиационной техники опять предполагалась Москва, начались переговоры на предмет закупки многоцелевых самолетов Су-ЗОМК, ЗРК С-300, РЛС и др. Поставки планировалось производить в счет погашения долга СССР перед бывшей Югославией. Революция 5 октября 2000 г. свела эти планы на нет. Новое политическое руководство в Белграде сделало ставку на прозападную ориентацию страны.
Вертолет "Газель" ВВС Югославии
Прототип учебного самолета "Ласта "1с опознавательными знаками ВВС Югославии
Ремонт транспортных самолетов Ан-26
В армии началась реформа, не содержавшая в себе модернизацию, а сводившаяся к простому сокращению людей и техники (сокращение численности войск и количества частей, снятие с вооружения «неперспективной» техники). ВВС, особенно истребительная авиация, оказались в состоянии тяжелого кризиса. Советники новой власти предлагали вообще отказаться от авиации, а защиту неба Сербии поручить Венгрии. До такого не дошло, в первую очередь, из-за выступлений СМИ, но также потому, что непрочность ситуации в Косово привела к оживлению связей между Белградом и Москвой.
ВВС стали постепенно «расправлять крылья». После разделения Югославии на Сербию и Черногорию, Сербии отошла большая часть «общей» авиационной техники. Огромным успехом стало обновление ремонтного завода «Мома». За счет ремонта и модернизации, которые проводились не только в Сербии но и в России и Белоруссии, постепенно увеличивалось количество боеготовой техники. В настоящее время в ВВС и ПВО имеется около ТОО самолетов (из них 80 боевых) и 60 вертолетов.
Основными задачами ВВС и ПВО Сербии являются: контроль воздушного пространства, отражение агрессии со стороны ВВС других стран и предотвращение нежелательных инцидентов, ПВО территории и вооруженных сил, непосредственная авиационная поддержка сухопутных войск, воздушная разведка, участие в ликвидации последствий природных катастроф, участие в международных миротворческих операциях.
Дислоцированному в Земуне штабу ВВС и ПВО подчиняются 204-я и 98-я авиационные бригады, 250-я ракетная бригады, бригада BOJHH (воздушно осматранье, jавгьанье и навоенье; воздушное наблюдение, оповещение и управление), 333-й инженерный батальон, 210-й батальон связи, авиационно-медицинский институт, ремонтный завод «Мома Станойлович и музей военной авиации. С 2011 г. в ВВС и ПВО Сербии служат летчики-женщины – Сандра Радованович и Анна Тадич, пилоты «Супергалеб» из истребительно-бомбардировочной эскадрильи, а также первая женщина – пилот вертолета «Газель» Аня Крнета.
В августе 2010 г. ВВС и ПВО получили два Ми-17В, которые стали первыми за 18 лет «строго поста» новыми летательными аппаратами, «пост» продолжался с 1992 г., когда были получены последние новые «Супергалеб» и «Орао». В конце 2010 г. был закуплен и первый за долгие годы новый самолет – Пайпер «Сенека V», предназначенный для аэрофотосъемки. Начали поступать на вооружение учебные поршневые самолеты Ласта-95. Проводится модернизация ЗРК «Нева» до уровня С-125М1Т – ЗРК оснащаются тепловизионным каналом наведения. Аналогичным образом до уровня М2 модернизируются ЗРК «Куб-М».
После выхода из состава Югославии Черногории, Сербия осталась без адекватного морского полигона, где можно было производить практические пуски ракет ЗРК «Нева» и «Куб». Первые за 21 год пуски ракет ЗРК «Куб» были выполнены в сентябре 2010 г. на полигоне Шабла в Болгарии. За исключением войны 1999 г., 250-я ракетная бригада не имела возможности выполнять пуски ракет в рамках боевой подготовки с 1989 г., когда пуски производились на побережье Ядрана и в СССР. В 2011 г. на полигоне Шабла практические пуски выполняли и летчики сербских МиГ-29 (с МиГ-29 ракеты не пускали с 2003 г.).
Каждый год растет средний налет на экипаж, хотя он еще и далек от прежнего среднего налета. Месячный расход керосина на авиабазе Батайница сейчас составляет порядка 100 т, а раньше 100 тонн керосина сжигали в Батайнице за летную смену. Ожидается, что в 2013 г. средний налет достигнет 80 ч. Также в 2013 г. ожидается поступление на вооружение новых средних вертолетов, замена аналогового приборного оборудования самолета «Супергалеб» на цифровое, что позволит использовать его для обучения летчиков истребителей 4- го поколения и повысит боевую эффективность. В следующем году запланировано принять на вооружение разработанный в Сербии БЛА среднего класса «Пегас». Наивысший приоритет имеет закупка нового многоцелевого истребителя, поскольку в ВВС и ПВО осталось лишь три боеспособных МиГ-29 и несколько МиГ-21 бис, которых совершенно недостаточно для защиты неба Сербии. Изучается возможность ремонта двух вертолетов Ка-28, находящихся в музее военной авиации. Вертолеты могут быть переоборудованы в противопожарные, но выполнить подобную доработку завод «Мома» не в состоянии, поэтому, вероятно, модернизации будет проводиться в России.