Вооружение боевых М-5 состояло из одного пулемета «Максим», «Виккерс» или «Льюис», установленных на треноге перед правым членом экипажа, нескольких 8-ми или 50-ти фунтовых бомб. С ноября 1915 г. на отдельных экземплярах устанавливали радиотелеграфные станции разных типов с дальностью связи свыше 40 км и фотоаппараты «Потте».
Черноморские М-5 базировались в Севастополе (1-й и 2-й отряды Воздушной дивизии), Одессе и Батуме (Кавказский фронт). Кроме этого, часть аппаратов была приписана к 1, 2, 3-му корабельным авиаотрядам на гидрокрейсерах «Император Александр I», «Император Николай I», «Алмаз». В отдельных случаях самолеты транспортировали на крейсере «Память Меркурия». Самолеты корабельной авиации участвовали в рейдах к берегам Турции и Болгарии.
Руководящий состав летной школы им. Троцкого у аппарата с бортовым номером «7». Часть авиаторов, явно из офицеров, еще носит российские кокарды на своих головных уборах. Другие личности, более похожие на мотористов или на комиссаров, не имеют вообще никаких знаков отличия, а у еще одного товарища на фуражке прикреплена «капуста» (или «краб») с красной звездой
Ремонт двигателя «Гном Моносупап» на летающей лодке М-5
Большую огласку получила атака турецкого порта Зонгулдак в январе 1916 г. Целью этой набеговой операции значилось нарушение турецких перевозок угля из Зонгулдакского угольного района в Константинополь. Уголь доставляли морем по причине отсутствия полноценного железнодорожного сообщения. Эффективность русских боевых кораблей в противодействии турецким перевозкам угля оценивалась высоко, однако в начале 1916 г. последовало решение нанести удар по Зонгулдаку с использованием авиации.
В составе эскадры, вышедшей из Севастополя 24 января 1916 г. находились авиатранспорты «Император Александр I» и «Император Николай I», которые имели на борту 14 летающих лодок «Кертисс» и М-5. Авиационной группе ставилась задача атаковать турецкие объекты, недоступные корабельной артиллерии. Каждый гидроплан был вооружен двумя двухпудовыми и несколькими десятифунтовыми бомбами. Примерно в 15 милях к северу от Зонгулдака авиатранспорты спустили самолеты на воду, после чего вся группа стартовала в воздух. До цели долетели 11 машин, остальные по причине неисправностей вернулись назад. Бомбардировка порта велась в условиях плотной облачности и активного обстрела с земли. Тем не менее, ударом с воздуха удалось уничтожить турецкий пароход «Ирмингард» (Irminhard), несколько мелких судов и разрушить портовые объекты.
В 1916-17 гг. летающие лодки М-5 продолжали активно использоваться в интересах Черноморского флота и своим присутствием существенно повлияли на достижение успеха во многих боевых операциях. В начале 1918 г. практически все черноморские М-5 оказались в зоне белого движения и австрийской оккупации. В летном состоянии оставались лишь единичные экземпляры, которые просуществовали до 1919-20 гг.
На Балтике «пятаки» дебютировали как учебные машины при открытии в Петрограде 28 июля 1915 г. офицерской школы морской авиации. Поначалу в ней имелись 4 лодки М-5 и две французские ФБА. Одновременно с функционирующей школой в Петрограде решили открыть ее отделение в Баку – к обучению летчиков на Каспийском море приступили 22 ноября 1915 г.
Бакинский филиал с начала 1917 г. стал самостоятельной летной школой с прекрасно оборудованными мастерскими, ангарами и спусками на воду. В лучшие времена здесь эксплуатировалось до 20 учебных гидросамолетов М-5. Часть из них в середине 1918 г. принимала участие в отражении турецкого наступления в Закавказье, действуя в интересах оставшихся подразделений русской армии. Между тем, активное использование вело к неуклонному снижению количества пригодных к полетам машин, поэтому в 1919 г. здесь оставалось лишь два экземпляра М-5. В последующих бурных событиях гражданской войны Бакинская школа и ее имущество перестали существовать.
Точное количество учебных аппаратов, используемых петроградской школой неизвестно, скорее всего, в течение двух лет здесь их применялось до двух десятков экземпляров. В апреле 1918 г., в связи с угрозой немецкого вторжения, школу эвакуировали в Нижний Новгород – на Волгу отправились 5 учебных М-5. Такое же количество учебных «пятаков» насчитывалось в морской школе летчиков им. Троцкого, открытой 11 ноября 1918 г. на Гутуевском острове в Петрограде. В период с мая по октябрь 1919 г. летающие лодки этой школы принимали участие в боевых действиях против армии генерала Юденича, наступавшей на Петроград. В декабре 1919 г. оба упомянутые учебные заведения объединили в Военно-морскую школу авиации и перевели в Самару на Волге. Объединенная школа базировалась на барже «Евпраксия», которая была оборудована ангаром и спуском для гидросамолетов. В период 1920- 1921 гг., используя в основном М-5, здесь подготовили 48 морских летчиков. В декабре 1921 г. школу перевели в Севастополь, где отдельные экземпляры М-5 эксплуатировались до середины 1920-х годов. Известно, что в декабре 1925 г. в составе советской авиации числилось 22 таких учебных летающих лодки (очевидно совместно с М-20, отличавшейся в основном двигателем).